Nature #525(7567) + онлайны: вредная пластичность, белок для хранения меди и самый древний черепаший череп

• Генетика, молекулярка. Увеличение количества повторов GGGGCC в некодирующих областях генома вызывает нейродегенеративные заболевания. Теперь мы знаем, как именно повторы влияют на нервные клетки: размножение повторов изменяет активность генов, отвечающих за образование пор в ядерной мембраны, из-за чего нарушается транспорт между цитоплазмой и ядром. — Neurodegeneration: Problems at the nuclear pore, The C9orf72 repeat expansion disrupts nucleocytoplasmic transport, GGGGCC repeat expansion in C9orf72 compromises nucleocytoplasmic transport.
• Экология. Люди часто переселяют других живых существ в новые места обитания. В свежем Nature опубликован первый глобальный анализ последствий переселения растений людьми. Там много интересных цифр, например — 3,9% видов сосудистых растений человек уже распространил там, где эти виды изначально не встречались. — Ecology: Global trends in plant naturalization, Global exchange and accumulation of non-native plants.
• Генетика, иммунология. Вопреки ожиданиям, правильные гены антител при переключении их классов в B-клетках собираются не с 50% вероятностью (или собираются, или не собираются), а значительно чаще. Как же мудра природа. — Molecular biology: Unequal opportunity during class switching, Orientation-specific joining of AID-initiated DNA breaks promotes antibody class switching.
• Структурка. Взаимодействие белков synaptotagmin-1 и SNARE необходимо для синхронного выделения медиатора из везикул, открывающихся в синаптическую щель. Благодаря структурам комплексов этих белков мы теперь лучше понимаем, как работает синаптическая передача сигналов между нервными клетками. — Architecture of the synaptotagmin—SNARE machinery for neuronal exocytosis.
• Структурка. Структурка огромного ферментного комплекса E. coli, расщепляющего связи между углеродом и фосфором. — Structural insights into the bacterial carbon—phosphorus lyase machinery.
• Биоинженерия. Если долго смотреть, как складывается ДНК-оригами, можно понять, как ее лучше проектировать, чтобы по ходу сборки возникало меньше ошибок. — Guiding the folding pathway of DNA origami.
• Генетика. Пролапс митрального клапана — болезнь с сильным наследственным компонентом, который обуславливается, как оказалось, мутацией гена DCHS1. Из-за таких мутаций нарушается миграция клеток в эмбриональном развитии, и еще тогда закладываются основы заболевания. — Mutations in DCHS1 cause mitral valve prolapse.
• Молекулярка. Метаноокисляющим бактериям в больших количествах нужна медь. Оказалось, у них есть специальный белок, чтобы ее аккуратно хранить. — A four-helix bundle stores copper for methane oxidation.
• Эволюция. Фенотипическая пластичность — это способность одного генотипа проявляться по-разному в различных условиях. Эксперименты на гуппи, приспосабливающихся к жизни с хищными цихлидами, показали, что адаптивная пластичность ослабляет отбор и замедляет эволюцию. — Evolutionary biology: Perplexing effects of phenotypic plasticity, Non-adaptive plasticity potentiates rapid adaptive evolution of gene expression in nature.
• Молекулярка, рак. Ген белка p53 чаще всего мутирует при раке. Его мутации, способствующие раку, как оказалось, влияют на структуру хроматина, увеличивая количества и метильных, и ацетильных меток на гистонах. — Cancer: Mutant p53 and chromatin regulation, Gain-of-function p53 mutants co-opt chromatin pathways to drive cancer growth.
• Молекулярка, рак. Ингибиторы киназ неплохо помогают подавлять развитие хронической миелоидной лейкемии, но влияют далеко не на все раковые стволовые клетки. Оказалось, что от оставшихся из таких клеток можно эффективно избавляться с помощью глитазонов — антидиабетических препаратов. — Cancer: Repositioned to kill stem cells, Erosion of the chronic myeloid leukaemia stem cell pool by PPARγ agonists.
• Молекулярка, рак. При раке часто нарабатываются избыточные количества транскрипционного фактора MYC. Из-за этого начинают активнее работать многие гены. А спалайсосомы перестают справляться с потоком предшественников РНК, которые им нужно обрабатывать. — The spliceosome is a therapeutic vulnerability in MYC-driven cancer.
• Экология. Появилась первая подробная глобальная карта плотности деревьев. Теперь мы можем более аккуартно оценить, сколько их на Земле (3,04 триллиона). — Mapping tree density at a global scale.
• Палеонтология. У черепах странный не только панцирь, но и череп. Интересно, что у ископаемых возрастом 260 миллионов лет обнаружились не только зачатки оригинального плана черепашьего тела, но и черепа. — Evolutionary origin of the turtle skull.
• Молекулярка, рак. Активно расселяющиеся по организму опухолевые клетки используют похожие каскады на те, что характерны для стволовых клеток. Хотя детали этих каскадов не полностью совпадают. — Distinct EMT programs control normal mammary stem cells and tumour-initiating cells.
• Молекулярка. С помощью оптического пинцета ученые прощупали все стадии инициации транскрипции РНК-полимеразой II. И кое-в чем прощупанное отличалось от принятых ранее представлений о начале транскрипции. — Real-time observation of the initiation of RNA polymerase II transcription.
• Биоинженерия. Раньше уже были сконструированы самособрирающиеся структуры из ДНК или из белков, а теперь вот — и из того, и из другого вместе. — Computational design of co-assembling protein—DNA nanowires.

Science #349(6252) + онлайны: плюсы деревенской жизни, структура пищевых пирамид и искусственные микротрубочки

• Наука и общество. Спецвыпуск Science посвящен науке в Иране — государстве, страдающем от последствий экономической и политической изоляции. — Iran, science, and collaboration, Unsanctioned science.
• Микробиология, иммунология. Найдено объяснение интересному наблюдению о том, что у детей, выросших на молочных фермах, реже развивается астма. Оказывается, бактерии, обитающие на фермах, вызывают воспалительный ответ в легких. А работа фермента, участвующего в таком защитном ответе, как раз нарушена у больных с астмой. — How farm life prevents asthma, Farm dust and endotoxin protect against allergy through A20 induction in lung epithelial cells.
• Экология. Тринитротолуол — не только опасное взрывчатое вещество, но и химикат, плохо влияющий на состояние растений. Оказалось, что его токсичность обуславливается работой определенного фермента, который делает из тринитротолуола свободные радикалы. Чем менее активен этот фермент, чем выше устойчивость растений к загрязнению среды. — Lighting the fuse on toxic TNT, Monodehydroascorbate reductase mediates TNT toxicity in plants.
• Экология. Трофическая структура сообщества — то есть, сколько в нем хищников, а сколько жертв — определяет его продуктивность и влияние на окружающую среду. Поэтому исследовать законы, определяющие число видов на разных уровнях пищевой пирамиды очень важно. На примере двух тысяч сообществ обнаружилась закономерность — чем больше общая биомасса организмов сообщества, тем выше отношение основания пищевой пирамиды к ее верхушке. — Energy flows in ecosystems, The predator-prey power law: Biomass scaling across terrestrial and aquatic biomes.
• Иммунология. Клетки иммунной системы — компанейские ребята: направляясь куда-то, они выделяют сигналы, привлекающие товарищей. Вот и при гриппе, направляясь в зараженную трахею, нейтрофилы выделяют цитокины, привлекающие другие иммунные клетки — цитотоксические Т-клетки. — Fragmented communication between immune cells, Neutrophil trails guide influenza-specific CD8⁺ T cells in the airways.
• Молекулярка, химия. Комплексы молекул в живых клетках не просто самостоятельно собираются, их структура еще и отвечает на самые разные сигналы. Например, тубулин собирается в микротрубочки, если есть достаточное количество молекул ГТФ, а если этих молекул недостаточно, микротрубочки, наоборот, начинают разбираться. Подобную саморегулирующуюся систему из синтетических молекул удалось сконструировать химикам. — Fueling connections between chemistry and biology, Transient assembly of active materials fueled by a chemical reaction.
• Экология. Обзор, посвященный связи структуры сообщества организмов и его устойчивости к инфекциям. — Why infectious disease research needs community ecology.
• Структурка. Структурка белка Vps33 в комплексе с двумя рецепторами SNARE. Вся эта сложная конструкция должна собираться, когда необходило слить мембраны двух внутриклеточных пузырьков, в мембраны которых встроены SNARE. — A direct role for the Sec1/Munc18-family protein Vps33 as a template for SNARE assembly.
• Микробиология, эволюция. Исследование системы разделения ДНК после деления архей, показало, что у некоторых ее компонентов есть сходство с бактериальными, а у некоторых — с эукариотическими аналогами. — Structures of archaeal DNA segregation machinery reveal bacterial and eukaryotic linkages.
• Молекулярка, рак. Маленькая ГТФаза RAB35 может сать очень опасной, если в ее гене произойдут определенные мутации. Тогда на начинает работать не переставая, нарушая трафик клеточных мембран и подавляя апоптоз, что способствует переходу клетки на путь злокачественности. — Identification of an oncogenic RAB protein.