биомолекула.ру. Взгляд изнутри.
 

Логин:
Пароль:


Новые стандарты качества для сиквенсов геномов

[12 октября, 2009 г.]

Секвенирование геномов в наши дни идёт стахановскими темпами, и, предположительно, через два года число видов с прочтённой ДНК превысит 10 000. Однако «качество» прочтения может быть сильно разным, и, согласно принятой в 1996 году «бермудской» классификации, большая часть последовательностей (в том числе, геном человека) попадает в категорию «черновиков» (draft sequence). Дело в том, что эта схема, предложенная более 10 лет назад на симпозиуме на Бермудских островах при участии ведущих игроков рынка секвенирования геномов, включает всего две категории: «черновик» и «законченный» геном, чего явно недостаточно. (Кроме того, в геномных базах зачастую отсутствует такая важная для оценки «качества» геномов информация, как число и тип прочтений, уровень случайных ошибок и др.)
Группа учёных из нескольких ведущих центров по секвенированию предлагает ввести новую классификацию, включающую шесть уровней «оконченности»:

  1. «обычный черновик» («standard draft»);
  2. «качественный черновик» («High quality draft»);
  3. «высококачественный черновик» («Improved high quality draft»), проверенный компьютерными алгоритмами и частично аннотированный людьми;
  4. «улучшение с аннотацией» («Annotation-directed improvement»), которое описывает частично секвенированные участки с максимальной детализацией;
  5. «неконтигуальный завершенный» («Noncontiguous finished») геном, аннотированный как вручную, так и автоматически, и, за исключением некоторых особо сложных («recalcitrant») мест, идентичный завершённому геному;
  6. «завершённый» («finished») геном, содержащий минимально возможное число ошибок.
Пока эта классификация устраивает не всех участников «гонки за геномы», но это уже лучше, чем бывшая «двухбалльная система». — ScienceDaily, Science.

Автор: Чугунов Антон.

Число просмотров: 9.

Вернуться в раздел «Телетайп»

 

Комментарии

(Оставить комментарий) (показывать сначала старые комментарии)

Яндекс.Метрика

© 2007–2015 «биомолекула.ру»
Электропочта: info@biomolecula.ru
О проекте · RSS · Сослаться на нас

Дизайн и программирование —
Batch2k15.

Сопровождение сайта — НТК «Биотекст».

Условия использования сайта
Об ошибках сообщайте вебмастеру.