биомолекула.ру. Взгляд изнутри.
 

Логин:
Пароль:


Сообщение о лженауке

Природа лженауки. Теория серой зоны

[21 ноября, 2010 г.]

Слишком легко опровергать мошенников от науки, гораздо труднее разобраться, что есть наука, а что лженаука, находясь на переднем крае исследований.

В основе моей теории серой зоны лежит известное в методологии науки явление, называемое логическим разрывом. Поскольку оно имеет место только на переднем крае науки, то и теория серой зоны применима только к развивающимся областям научного знания (логические разрывы в арифметике, сопромате и географии исключены).

Примером логического разрыва, имевшего место в прошлом науки, является логическая несовместимость геоцентрической системы Птолемея и гелиоцентрической теории Коперника (подробнее о логическом разрыве см. здесь: http://www.bioparadigma.spb.ru/teorii.htm ). В силу логической несовместимости переход от одной теории к другой является серой зоной в развитии науки ввиду невозможности согласования старых представлений с новыми.

Широкую известность в своё время получили критерии лженауки, сформулированные М.В. Волькенштейном ( http://vivovoco.rsl.ru/VV/MISC/1/FALSE.HTM ), повергавшиеся однако и злой, и ироничной критике. И в этом нет ничего удивительного. В самом деле, при ближайшем рассмотрении мы увидим ограниченность даже такого очевидного положения научного метода, как требование экспериментального подтверждения теории. Если абсолютизировать этот критерий, то немало теорий физики элементарных частиц надо было признать лженаучными еще 20-30 лет назад на том основании, что проверить их истинность в эксперименте на протяжении всех этих лет было невозможно из-за необходимости дорогостоящего оборудования, которого в лабораториях не было (Дж. Хорган. Конец науки. http://www.ozon.ru/context/detail/id/1823708/ ). Только теперь, с введением в строй большого адронного коллайдера ( http://www.prime-tass.ru/news/show.asp?id=822023&ct=news ), у некоторых теорий появилась надежда на экспериментальную проверку. Но среди тех, кто выжил, оказавшись в серой зоне, счастливчиков - единицы. Правилом является другое развитие событий: Иванова растоптали, выгнали, закопали; через 50 лет выяснилось, что он был прав.

Распознавание лжеучения осложняется еще и тем обстоятельством, что в науке в принципе нет непротиворечивых теорий. Любая теория, даже широко признанная, сталкивается с фактами, которые ей не удается объяснить удовлетворительно. Более того, Карл Поппер ( http://ru.wikipedia.org/wiki/Поппер,_Карл_Рэймонд ) считал, что теория, которую невозможно опровергнуть вообще не может быть отнесена к разряду научных. Примером неопровержимой теории может быть та или иная религиозная система (христианский философ Тертуллиан: «Верую ибо абсурдно»).

Что касается лжетеорий, гнездящихся в тылах науки, то на нее моя теория серой зоны не распространяется. Подоплекой таких учений является либо корыстный интерес, либо широкий спектр психиатрических состояний.

Вывод. В быстро развивающихся областях знания, оказавшихся в серой зоне смены понятий и представлений, распознавание ошибочных теорий невозможно.

P.S. Вот пример того, как легко оказаться в списке неблагонадежных. Большой обманный тупайзер: http://www.youtube.com/watch?v=YgFRvC5pmbU

Автор: Матвеев Владимир.

Число просмотров: 1162.

Вернуться в раздел «Лженаука»

Комментарии

(Оставить комментарий) (показывать сначала старые комментарии)

Требуется "мембранное" объяснение

Матвеев Владимир — 18 марта, 2011 г. 14:06. (ссылка)

Просьба к коллегам дать современное объяснение ряду давно известных физиологических явлений.
Заголовок: Properties of the living cells found in the conditions of diffusion equilibrium between the cell and medium. Equilibrium cell physiology
Резюме: Известно, что в состоянии равновесия свойства системы остаются неизменными во времени. По этой причине это состояние связывают в физиологии с представлением о гомеостазе. Однако в этой главе вы узнаете, что состояние равновесия имеет гораздо более широкое значение для физиологии. Здесь мы впервые вводим понятие «равновесная физиология», которая является наукой о свойствах клетки, обнаруживаемых только в условиях диффузионного равновесия веществ при их распределении между клеткой и средой. Исследования в этой области сравнительно простые (такова история), но открывают новые перспективы в исследовании живой клетки. Наша задача – показать экспериментальные подходы равновесной физиологии и основные результаты, полученные при этом. Часто эти результаты носят странный, необъяснимый характер.
Рукопись (на русском) можно скачать отсюда: http://www.filefactory.com/file/ca275cf/n/Matveev_2011_Equilibrium_Physiology_Rus.pdf
(Рукопись написана для последующего перевода на английский).

(ответить)

Господину Старокадомскому

Матвеев Владимир — 25 ноября, 2010 г. 09:50. (ссылка) (свернуть ветвь)

Не знаю, что Вы там включаете, но с Вами очень трудно говорить, г-н Старокадомский. Крайне неприятно заниматься ЗДЕСЬ ликбезом, но, как говориться, кто, если не я.

Итак, с точки зрения общепринятых представлений, ионную асимметрию между клеткой и средой обеспечивает мембранный насос – Na-K-АТФаза. Благодаря этой помпе, концентрация К+ в клетке больше, чем в среде, а концентрация Na+ меньше, чем в среде. Работает помпа непрерывно, затрачивая энергию. Как только она перестает работать, K+ выходит из клетки, а Na+, наоборот, входит в нее. Если мы снова включим насос, то он начнет откачивать Na+ из клетки, а К+ будет закачиваться в клетку. Движение в обоих направлениях будет происходить ПРОТИВ концентрационного градиента. Спрашивается, какой эксперимент необходимо поставить, чтобы ДОКАЗАТЬ реальность мембранного насоса?

Возьмем гигантский аксон кальмара. (После того, как на этом объекте была сделана работа, отмеченная Нобелевской премией (http://n-t.ru/nl/mf/hodgkin.htm), только ленивый не работал с этим нервным волокном). Выдавим из него аксоплазму по отработанной методике ¬¬– получим ТЕНЬ аксона. После этой процедуры внутри аксона окажется омывающий раствор, например натуральная или искусственная морская вода. Состав раствора, оказавшегося внутри аксона, будет служить нам ТОЧКОЙ ОТСЧЕТА (натрия и калия в нем будет столько же, сколько и в омывающем растворе). Добавим внутрь аксона АТФ и надежно перевяжем концы аксона так, чтобы его содержимое не смешивалось с раствором извне. Приготовим достаточное количество таких препаратов, и время от времени будем отбирать препарат за препаратом и измерять содержание интересующих нас ионов внутри аксона. Возьмем первый аксон через 10 мин после начала опыта (проводим анализ содержимого, записываем), второй аксон – через 20 мин, третий – через час, и так далее. Если Na-K-АТФаза действительно выполняет функцию насоса, то количество Na+ в аксоне должно со временем убывать, а К+ – нарастать. В результате проведенного эксперимента мы должны получить кривые, которые стали бы апофеозом теории мембранного насоса! Нобель был бы обеспечен!!! Естественно, что такие эксперименты ставили (нобеля-то хочется), но соответствующих статей почему-то нет. Почему? Да потому, что Na-K-АТФаза не хотела качать, работа у нее другая. Какая? Неизвестно. Все видят в ней только насос, остальное никого не интересует. Кроме того, всем известно, что публиковать отрицательные результаты намного сложнее, чем положительные, а тут под сомнение ставилась реальность насоса (святая святых), на котором в физиологии клетки держится ВСЁ! Такую статью (с отрицательным результатом) отказались бы печатать даже зачуханные Известия Академии наук какой-нибудь Гваделупы.

Вместо описанного РЕШАЮЩЕГО эксперимента, литература переполнена статьями об активности Na-K-АТФазы, о том, что ее ингибирует, а что активирует, как ее активность сказывается на проницаемости мембраны для того или иного иона. Построены миллионы графиков, выведены тысячи уравнений. Каплю из этого моря информации (которая подавляет, поражает, восхищает) прислал мне г-н Старокадомский, полагая, что после его убийственного сообщения я должен просто застрелиться. Надеюсь, теперь г-н Старокадомский понял, о чем спор, о каком камне преткновения речь. Если он соблаговолит прислать мне ссылки на статьи, ДОКАЗЫВАЮЩИЕ насосную функцию Na-K-АТФазы, а не факт ее существования, то я буду ему весьма признателен.

В литературе имеется изрядное количество статей, построенных по следующему протоколу: в мембрану везикул встраивают Na-K-АТФазу, нагружают их ионами Na+ (можно меченными), добавляют АТФ и пропускают через колонку с сефадексом, например, чтобы отделить везикулы от маточного раствора. Оказывается, в контрольных везикулах (без АТФ) содержание Na+ НИЖЕ, чем в опытных (с АТФ). Из этого наблюдения авторы делают вывод, что в присутствии АТФ Na-K-АТФаза выполняет роль НАСОСА и качает натрий внутрь везикул (почему внутрь, а не наружу? – это уже мелочи, главное – качает!!!). Но можно ли считать такого рода эксперименты ДОКАЗАТЕЛЬСТВОМ насосной функции Na-K-АТФазы? Нет!

Как только везикулы отделяются от маточного раствора, Na+ из нее начинает выходить по градиенту. Из контрольных везикул Na+ выходит БЫСТРЕЕ, чем из опытных. Единственное объяснение этому явлению авторы видят в работе насоса: мол, натрий поначалу вырывается из везикулы, а АТФаза хватает его, и снова заталкивает в везикулу. Но возможно и другое объяснение: АТФ будучи гидрофобным полианионом, взаимодействует с липидной мембраной и изменяет ее физические свойства. В этих новых условиях взаимодействие липидов со встроенной АТФазой также изменяется. Итогом этих изменений является СНИЖЕНИЕ проницаемости мембран со встроенной АТФазой для Na+. Эта контринтерпретация никем не проверялась, а если возможны ДВА объяснения явления, то его механизм не может считаться доказанным. Опять насосная функция Na-K-АТФазы оказывается не более, чем предположением.

Заключение: где доказательства НАСОСНОЙ функции Na-K-АТФазы? Ссылки в студию!

(ответить)

Re: C Новым годом, коллеги!

Матвеев Владимир — 11 января, 2011 г. 12:31. (ссылка)

Проведенное здесь, на этом сайте, обсуждение насосной роли Na,K-АТФазы (доказана она или нет) навело меня на мысль разослать коллегам обращение с просьбой высказать свое мнение по этому предмету. Интересующиеся результатами опроса могут скачать все полученные мною сообщения: http://fsmpt.ifolder.ru/21257193
Буду признателен коллегам за комментарии конструктивного характера.

(ответить)

Re: Господину Старокадомскому

Браже Алексей — 22 декабря, 2010 г. 11:51. (ссылка) (свернуть ветвь)

>(почему внутрь, а не наружу? – это уже мелочи, главное – качает!!!).
Поскольку АТФ удобнее добавлять снаружи, то АТФ-азу удобнее встраивать "inside-out". В этом случае, она действительно должна откачивать Na из везикул. Кроме того, в везикулах небольшого объема изменение концентрации Na будет заметно.

(ответить)

Re: "Откачивание" - как априорна форма мышления

Матвеев Владимир — 22 декабря, 2010 г. 12:34. (ссылка)

Об "откачивании" начнем говорить тогда, когда будет доказано, что АТФ не влияет на проницаемость везикулярных мембран. См. мое пространное сообщение выше.

(ответить)

Re: Господину Старокадомскому

Браже Алексей — 22 декабря, 2010 г. 11:46. (ссылка) (свернуть ветвь)

>Итак, с точки зрения общепринятых представлений, ионную асимметрию между клеткой и средой обеспечивает мембранный насос – Na-K-АТФаза. Благодаря >этой помпе, концентрация К+ в клетке больше, чем в среде, а концентрация Na+ меньше, чем в среде. Работает помпа непрерывно, затрачивая энергию. >Как только она перестает работать, K+ выходит из клетки, а Na+, наоборот, входит в нее. Если мы снова включим насос, то он начнет откачивать Na+ >из клетки, а К+ будет закачиваться в клетку.
Хотелось бы заметить, что общепринятые представления заключаются немного не в этом.
1. >Как только она перестает работать, K+ выходит из клетки, а Na+, наоборот, входит в нее.
Нет, когда она не работает поддерживается концентрация, близкая к равновесной по K, потому что Na проницаемость мембраны мала. Объемы
2. Работа насоса существенно регулируется [Na]i и [K]o (причем, у разных типов клеток -- вклад разный). В покое активность (и затраты энергии)
малы.
3. Na,K-АТФ-аза -- не единственный насос клетки, не им одним поддерживается/регулируется тот же Na.

(ответить)

Re: Na,K-АТФ-аза -- не единственный насос клетки

Матвеев Владимир — 22 декабря, 2010 г. 12:24. (ссылка)

В настоящее время насчитывают уже более 27 типов мембранных насосов (а кроме насосов в клетке есть и масса других потребителей АТФ). Никто не задается вопросом, а хватает ли клетке АТФ на всех? Этот вопрос имеет смысл, если понимать, что насосы - гипотеза. Только Линг взялся за такого рода расчеты ( http://www.bioparadigma.spb.ru/files/Ling-1997-Debunking.pdf ). По его данным, клетка вырабатывает в десятки раз меньше АТФ, чем то количество, которое требуют насосы, если бы они были реальностью. Кроме того, Алексей, хочу обратить Ваше внимание на то, что я стремлюсь не обсуждать общепринятые представления, а оспаривать их. Поэтому и Вам задаю вопрос: в какой работе доказано, что Na,K-АТФ-аза выполняет насосную функцию? Естественно, что при решении этой задачи экспериментаторы должны исходить из того, указанная насосная функция - гипотеза.

(ответить)

Re: Господину Старокадомскому

Старокадомский Петр — 7 декабря, 2010 г. 00:10. (ссылка) (свернуть ветвь)

Я думаю, что ваш вопрос довольно хитро поставлен. Дайте доказательства что ДНК действительно двойная спираль! Работы Крика и уотсона - так это ж в кристаллах, а где гарантия что в клетке она ведет себя так же! И так без конца. Эксперименты на тенях аксонов, которые вы критикуете - ну так это одна из эксп. моделей, которые можно критиковать без конца.
Кстати, простамривая литературу, я наткнулся на интересную работы на arxiv.com: Monitoring Ion Channel Function In Real Time Through Quantum Decoherence (ссылка на статью; ссылка на обсуждение). Почти уверен, вас они не переубедят, но работа мне понравилась!

(ответить)

Re: Re: Господину Старокадомскому

Матвеев Владимир — 7 декабря, 2010 г. 07:35. (ссылка) (свернуть ветвь)

Петр, не надо мудрить. Ничего метафизического в моих рассуждениях нет. Если Вас не устраивает предложенный мною протокол эксперимента, предложите свой.

(ответить)

А есть ли дополнительные данные из других областей биологии, например структурной, что АТФ может менять структуру липидного слоя, и при этом уменьшать ее проницаемость для ионов? На сколько разработана ваша версия?

(ответить)

Re: Re:

Матвеев Владимир — 7 декабря, 2010 г. 08:46. (ссылка)

А кому это надо? Никому! Гидрофобность АТФ близка к гидрофобности гептанола, поэтому не может быть никаких сомнений, что она действительно взаимодействует с гидрофобными структурами, в том числе и с липидной мембраной. А если состав липидной мембраны изменится, изменяться и ее свойства. Я не знаю работ по влиянию АТФ на ПРОНИЦАЕМОСТЬ липидной мембраны к ионам. Они никому не нужны, их никто не будет финансировать. И так ясно, что АТФ может взаимодействовать ТОЛЬКО с Na-K-АТФазой (а валиномицин - только с липидами). Не так ли? Вот где надо копать тем, кто борется с лженаукой. Бороться с откровенными мошенниками куда проще.

(ответить)

Доказательства в сотнях работ

Чугунов Антон — 6 декабря, 2010 г. 23:47. (ссылка) (свернуть ветвь)

А мне вот кажется, что сама постановка вашего гипотетического эксперимента — когда Na+,K+-АТФаза должна бы создать нативные градиенты ионов «с нуля» (когда по обе стороны мембраны — одно и то же) — некорректна. Дело в том, что в природе этот насос (ну позвольте мне называть его так!) лишь поддерживает градиенты, все время «сползающие» из-за частичной проницаемости мембран для ионов и периодического открытия ионных каналов (для создания того же потенциала действия). Так что я, хотя и не нашел за два вечера в статьях описания вашего «решающего» эксперимента, всё же склонен оставлять за АТФазой её функцию «из учебников».

В учебники же она попала отнюдь не случайно — например, нобелевский лауреат Дженс Скоу сорок лет жизни положил на этот фермент, и все его работы направлены именно на доказательство насосной функции АТФазы. Вот слова из его нобелевской лекции, почти слово в слово повторяющие положения его старого обзора (Skou, 1965; pdf, 3.5 Мб):

Эта работа суммирует десятилетие исследований самого Скоу и десятков других крупнейших биохимиков, все работы которых направлены именно на установление роли АТФазы как мембранного насоса. Проведены сотни дотошных экспериментов, доказывающих её АТФазную активность и сродство к различным ионам (не только калию и натрию, но и другим щелочным металлам —  см., например, Garrahan & Glynn, 1967 [pdf, 2.9 Мб]); показана различная аффинность к ионам в цитоплазматической и внеклеточной части фермента, зависящая от фосфорилирования, — в общем, в итоге В ДЕТАЛЯХ описан механизм «выкачивания» натрия и закачивания калия:

Я не большой специалист по биохимии АТФазы, так что не могу точно выделить именно те факты, которые бы убедили вас наиболее эффективно — прочтите, например, один старый (Glynn, 1993 [pdf, 4.5 Мб]) и один новый (Glynn, 2002) обзор. Вот, чисто наугад взятый график из старой статьи (Garrahan & Glynn, 1967), где показывается истечение радиоактивного натрия из клетки с одновременным расщеплением АТФ, причем этот процесс зависит от концентрации калия ВНЕ клетки:

Каюсь — экспериментов по созданию трансмембранных градиентов «с нуля» я так и не нашёл (не так много времени на это, да и не совсем моя область) — но мне кажется, что их может не быть именно из-за извращенной небиологической постановки подобного вопроса. Na+,K+-АТФаза не создает эти потенциалы, она их поддерживает. А откуда они берутся (за исключением тривиального ответа — «от родительской клетки»), известно только эволюции.

(ответить)

Re: Доказательства в сотнях работ

Матвеев Владимир — 7 декабря, 2010 г. 11:25. (ссылка) (свернуть ветвь)

Рисунок, приведенный Чугуновым, иллюстрирует изменение ПРОНИЦАЕМОСТИ теней и не является доказательством насосной функции Na,K-АТФазы. Это настолько очевидно, что странно видеть его здесь, в этом обсуждении.

Для того, чтобы показать, как нужно ставить ПРЯМЫЕ эксперименты, приведу вот эту иллюстрацию:

Данные, представленные на рисунке показывают, что чем больше в тенях эритроцитов остается белка, тем больше в них К+ и меньше Na+. Это означает, что решающую роль в распределении указанных ионов между клеткой и средой играет не мембранный насос, а белки цитоплазмы.

(ответить)

Re: Re: Доказательства в сотнях работ

Чугунов Антон — 7 декабря, 2010 г. 12:50. (ссылка) (свернуть ветвь)

Верно ли я понял: вы считаете, что картинку из статьи Гаррахана и Глинна можно трактовать таким образом, что внутриклеточная АТФ встречается с внеклеточным калием в центре мембраны и образует канал для выхода из клетки натрия (причем при этом АТФ расщепляется)?
Просто, если исключить из картины существование белка-активного транспортера, то, кажется, объяснить эксперимент можно только таким образом.

(ответить)

Re: Re: Re: Доказательства в сотнях работ

Матвеев Владимир — 7 декабря, 2010 г. 13:51. (ссылка) (свернуть ветвь)

Чем меньше человек знает, тем меньше объяснений он может предложить. Вы, например, не знаете (и не хотите знать), что кроме "транспортера" может иметь место обмен ионов, адсорбированных на белках мембраны. Сорбционные явления хорошо известны в физхимии и хорошо изучены. Знающему о таком явлении, как адсорбция, не приходится извращаться, придумывая мембранный "насос". Белки - это органические вещества, отличающиеся исключительной способностью взаимодействовать с другими веществами. В число этих взаимодействий входит и адсорбция ионов остатками бикарбоновых аминокислот. Карбоксильные группы белка способны изменять свою избирательность и в одних условиях связывают К+ в присутствии Na+, в других - наоборот. Взаимодействие белка (в данном случае это Na,K-АТФаза) с АТФ и другими "участниками" эксперимента влияет на селективность адсорбции. Таким образом, результаты Гаррахана и Глинна могут быть поняты и в терминах адсорбции, но для этого требуется перевести эту статью с языка "насосов" на язык адсорбции. Адсорбция - это простой и понятный механизм, а что такое "качание через мембрану" достоверно не известно. Ни здесь, ни где бы то ни было еще доказательств не представлено.
Итак, Вас привлекает экзотика, а мне по нраву старая добрая адсорбция.

(ответить)

Re: Нужно знать не только ноги, но и откуда они растут...

Матвеев Владимир — 20 декабря, 2010 г. 09:50. (ссылка)

История представлений о мембранном транспорте: Ling G.N. A Historically Significant Study that at Once Disproves the Membrane (Pump) Theory and Confirms that Nano-protoplasm Is the Ultimate Physical Basis of Life—Yet so Simple and Low-cost that it Could Easily Be Repeated in Many High School Biology Classrooms Worldwide. http://gilbertling.org/PCP40_ling_ochsenfeld.pdf

(ответить)

Re: Сорбция vs насосов

Матвеев Владимир — 20 декабря, 2010 г. 09:46. (ссылка)

Перевод на язык сорбционных явлений механизма окислительного фосфорилирования:
Ling G.N. Oxidative Phosphorylation And Mitochondrial Physiology: A Critical Review of Chemiosmotic Theory, And Reinterpretation By The Association-Induction Hypothesis. http://gilbertling.org/PCP13-29_ling.pdf

(ответить)

На языке адсорбции

Чугунов Антон — 7 декабря, 2010 г. 14:16. (ссылка) (свернуть ветвь)

Ну вот и объясните, как там что на языке адсорбции у Гаррахана и Глинна.
Они почему-то считают, что АТФаза, активность которой зависит от концентрации калия вне клетки, затрачивает энергию АТФ, чтобы выкачивать натрий и закачивать калий, пока не настанет равновесный потенциал.
А что с точки зрения адсорбции? 1) Зачем тратится АТФ? 2) Почему адсорбция на белках цитоплазмы зависит от концентрации калия ВНЕ клетки? 3) От чего КОНКРЕТНО зависит селективность адсорбции на белках? 4) Почему меняется проницаемость мембраны (если исключить роль каналов и насосов), что позволяет натрию зайти в клетку (а это нужно ещё до того, как он адсорбируется на молекулах белков)? 5) Какие именно белки выступают в качестве ведущего сорбента (и одинаковые ли они в разных клетках)?

(ответить)

Re: На языке адсорбции

Матвеев Владимир — 7 декабря, 2010 г. 14:59. (ссылка)

Вы фактически переписали оглавление книги Линга. Поздравляю! (Мой просветительский труд не пропал даром).
Надеюсь, Вы не ждете от меня беспримерной жертвы и не предложите мне переписать книгу Линга СЮДА.
Прямым методом показано, что ведущим сорбентом К+ в мыщцах является миозин.
Всякий перевод - это большой труд. При необходимости это можно сделать. Но если бы я и перевел на язык сорбции Гаррахана и Глинна, то поймете ли Вы его? Ведь Вы по-линговски не балакаете.

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Доказательства в сотнях работ

Полянский Антон — 7 декабря, 2010 г. 14:06. (ссылка) (свернуть ветвь)

Вообще-то карбоксильные группы проявляют, в первую очередь, сродство к двувалентным катионам. Ну да ладно. Мне тоже по душе больше простые физико-химические механизмы, чем пространные феноменологические теории. Однако данное утверждение "Карбоксильные группы белка способны изменять свою избирательность и в одних условиях связывают К+ в присутствии Na+, в других - наоборот" требует объяснение на химическом уровне. А тем более в свете того, что "взаимодействие белка (в данном случае это Na,K-АТФаза) с АТФ и другими "участниками" эксперимента влияет на селективность адсорбции". Что это за условия, влияющие на избирательность взаимодействия карбоксильных групп? Пока звучит слишком туманно, не менее, чем насосный механизм.

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Re: Доказательства в сотнях работ

Матвеев Владимир — 7 декабря, 2010 г. 14:48. (ссылка) (свернуть ветвь)

Вы, Антон, затронули очень важный вопрос: что влияет на избирательность карбоксильных групп белка. Это интереснейшая тема, независимо от того, на чашу какой теории она льет воду. Все мы прекрасно знаем ответ на этот вопрос, и этот ответ настолько простой, что возвращает нас на школьную скамью. Вспомним гомологический ряд хлорпроизводных уксусной кислоты: монохлоруксусная, дихлоруксусная, трихлоруксусная. В ряду от уксусной до трихлоруксусной кислоты сила взаимодействия (сродство) карбоксильной группы с протоном падает в 15 000 раз. Это называется, как известно, индуктивным эффектом.

А теперь спросим себя, что невероятного в том, что индуктивный эффект работает и в белках? Да ничего! АТФ, как мощный акцептор электронов, присоединяясь к белку, изменяет электронную плотность на его функциональных группах (в том числе на карбоксильных). Это неизбежно сказывается на сродстве карбоксильных групп к катионам. Но изменяться может не только сродство к одному виду иона, но и относительное сродство к РАЗНЫМ катионам: при одной электронной плотности на карбоксиле он лучше связывается с К+, при другой – с Na+. Известны ведь ионообменные смолы с бОльшим сродством к К+ (в присутствии Na+) и с обратной селективностью. Реальность селективной адсорбции доказана, в отличие от мембранного насоса. После десорбции АТФ или при ее ферментативном расщеплении свойства той же Na,K-АТФазы кардинально изменяются: теперь она лучше связывает Na+, а не K+. Эти циклы могут повторяться сколь угодно долго, а конечный результат будет зависеть от того, частью какого механизма является Na,K-АТФаза в данной структуре. Эстафетная передача ионов от одной молекулы-сорбента к другой не представляет ничего фантастического, но создает при этом иллюзию транспорта.
P.S. Двухвалентные катионы должны иметь возможность связываться с ДВУМЯ карбоксильными группами, а для этого они должны сблизиться на небольшое расстояние.

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Re: Re: Доказательства в сотнях работ

Полянский Антон — 7 декабря, 2010 г. 15:01. (ссылка)

Мембрана как композитная ионно-обменная смола - неплохая аналогия, но тут уникальность белковой структуры уходит на второй план (а мы все еще помним про Анфинсена). Как теперь привести все к общему знаменателю?

(ответить)

Re: Доказательства в сотнях работ

 — 7 декабря, 2010 г. 04:28. (ссылка) (свернуть ветвь) (редактировать) (удалить)

Кстати хорошим вопросом Антон закончил свой комментарий! Получается, что с ранних времен эволюции клетка была отделена от среды, и это разделение не прекращалось ни на секунду! Т.е. градиент постепенно сформировался когда-то очень давно, и может ферментов, его сделавших, уже и не осталось - они замениись более поздними формами Na,K-насосов - и с тех пор градиент передается от родителей к дочерней клетке - каждый раз! Просто как огонь у первобытных племен!
P.S. Это не значит что я согласен с вашей теорией, Владимир Владимирович! :)

(ответить)

(ответить)

Re: Re: Доказательства в сотнях работ

Матвеев Владимир — 7 декабря, 2010 г. 09:34. (ссылка)

По-поводу этой статьи (Monitoring Ion Channel Function In Real Time Through Quantum Decoherence), ссылку на которую Вы мне дали: у искусственных мембран из полиэтилена, силикона, тефлона (продырявленных на ускорителях атомными ядрами) тоже можно "мониторить" каналы - они тоже открываются и закрываются. Вот запись изменения состояния каналов:
http://www.molekulare-physiologie.de/images/patch_data.jpg
Для натуральных и искусственных мембран эти картинки не отличимы. Причины такого сходства нуждаются в объяснении. Но кому это нужно, если и ТАК понятно, что каналы есть?..
P.S. Каналы есть, как и Na,K-АТФаза. Весь вопрос в том, что они делают на поверхности клетки НА САМОМ ДЕЛЕ.

(ответить)

Re: Re: Доказательства в сотнях работ

Матвеев Владимир — 7 декабря, 2010 г. 08:21. (ссылка) (свернуть ветвь)

Отнести возникновение ионного градиента в далекое прошлое, оставив Na+,K+-АТФазе современности лишь роль его хранителя, - это УХОД от решения проблемы. Это все равно, что сказать: жизнь возникла не на Земле, а в другом месте, ее сюда только занесло. А раз возникновение жизни произошло где-то ТАМ, то мы не можем изучать ее происхождение ЗДЕСЬ. Такое объяснение устроит очень немногих, потому что это несерьезно.

Кроме того, ионный градиент возник не миллиарды лет назад, он возникает постоянно и сегодня. При мышечном сокращении, при тепловом шоке содержание К+ в клетках резко снижается, а содержание Na+ значительно возрастает. Тем не менее, если мы вернем клетку в нормальные условия, она ВОССТАНОВИТ ионный градиент. Судя по тому, что мне здесь сказали, Na+,K+-АТФаза не формирует, а только поддерживает градиент. Но как он восстановился в таком случае?

Na+,K+-АТФаза хорошо изучена из-за приписываемой ей роли, но любой другой фермент мог бы стать объектом столь же тщательного изучения. По любому другому ферменту также можно было бы опубликовать море статей. Но вопрос состоит не в том, какие свойства можно изучать, а в том, зачем их изучать. Пока не представлено ДОКАЗАТЕЛЬСТВ насосной функции Na+,K+-АТФазы, она останется просто одним из многих ферментов, которые можно изучать до посинения. Что касается речи Скоу, то речи ничего не доказывают.

Почему опыты Ходжкина и Хаксли на тенях аксона – это хорошо, а использовать эти же тени для доказательства насосной функции Na+,K+-АТФазы – это уже извращение? Ну, придумайте свой эксперимент. За чем дело встало?

(ответить)

"...6) критиковать не предлагая"

Чугунов Антон — 7 декабря, 2010 г. 10:32. (ссылка) (свернуть ветвь)

Знаете, Владимир, теперь уже вы уходите от ответа. На этот раз я дал вам подробный ответ с большим количеством примеров и ссылок по теме (!). И не надо прикидываться, что речи Скоу — пустые. Они подводят итог десятилетию активных работ (1955—1965), которые суммированы в его обзоре, даже pdf которого я для вас выложил. Там доказательств море, и их я тут дублировать не буду. И не считаться с ними нельзя. А вы все своё твердите — не доказано, не доказано. Это уже безосновательно получается. Прочитайте — и сформулируйте поточнее, где именно вам эта теория кажется неправильной (только не говорите, что везде — от начала и до конца).
Что еще можно посоветовать — это почитать про концентрации ионов в состоянии деполяризации, когда «бежит» потенциал действия (и не забывать, что это концентрации локальные!), и посчитать химические потенциалы в покое и в возбуждении. Скорее всего, это будет пределами нормальной работы АТФазы и даст какие-то объяснения, почему она может не работать при идентичных растворах внутри и снаружи мембраны (если это действительно так).
А упрекать меня тем, что я прикрываюсь эволюцией, не надо — просто это уже более широкий вопрос, который нас увел бы далеко в сторону от обсуждения насосной роли АТФазы. И я не говорил, что в возбудимых тканях потенциалы вообще не сдвигаются — конечно, сдвигаются (сокращения мышц, потенциалы действия и т. п.) Просто это не то же самое, как восстанавливать их с нуля, когда вся цитоплазма заменена на изотонический раствор.
Я пока беру тайм-аут, и так много времени потратил на изучение вопроса, чего вы кажется не оценили;-)

(ответить)

Re: Re: Re: Не надо сотню, достаточно одной работы...

Матвеев Владимир — 7 декабря, 2010 г. 11:05. (ссылка) (свернуть ветвь)

И Вы, Антон, и я признаем, что статей по обсуждаемой проблеме тьма, но все свидетельства в пользу насосной функции Na+,K+-АТФазы носят косвенный характер и исходят от людей, которым доказательства не нужны (по большому счету). И не надо вываливать здесь ВСЁ, приведите всего лишь ОДНУ ссылку на решающий эксперимент, а не на обзор косвенных улик (я сам прочту статью). Вы этого не сделали, хотя и потратили на это много времени (это все равно пойдет Вам на пользу и без моей благодарности).

Восстановлением ионной асимметрии с нуля, как Вы выражаетесь, это ЕДИНСТВЕННЫЙ способ доказательства. Наука беспощадна, и не станет гладить Вас по головке (или ниже) из жалости... Это Вы можете уговорить себя, что Вы правы, но какое это имеет отношение к истинному положению вещей?

Итог дискуссии: пока не найдено работы с описанием РЕШАЮЩЕГО эксперимента. Ее не могут найти уже на протяжении 60 лет. Time out, видимо, необходим, но мой прогноз таков: time out перерастет в life out.

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Не надо сотню, достаточно одной работы...

Браже Алексей — 22 декабря, 2010 г. 11:29. (ссылка) (свернуть ветвь)

Вот, кстати. Известно же, например, для нервных волокон: при проведении серий потенциалов действия меняются концентрации Na в аксоне и K снаружи от аксона. Потом восстанавливаются. Если заблокировать Na,K-АТФ-азу, то не восстанавливаются, и не развивается дополнительной гиперполяризации, обеспечиваемой суммарным током насоса.

(ответить)

Re: Насосы против адсорбции

Матвеев Владимир — 22 декабря, 2010 г. 12:29. (ссылка)

Ну, во-первых, нужно говорить не обо ВСЕМ аксоне, а только о микроскопически тонком поверхностном слое нервного волокна. Во-вторых, есть и адсорбционный механизм, объясняющий нервный импульс. Пока право на жизнь имеют два объяснения (канально-насосное и адсорбционное), ни одно из них не может быть принято просто на веру.

(ответить)

Re: Природа лженауки. Теория серой зоны

Старокадомский Петр — 23 ноября, 2010 г. 05:10. (ссылка) (свернуть ветвь)

Ошибочная теория не равна лженауке. Лженаука - это сознательный обман, используя научные термины. Все остальное - это наука, и все остальные теории имеют права существовать. точно так же, как разные люди имеют право принимать одни теории и не принимать другие. Но давайте будем честны на обе стороны - из-за этого они не становятся лжеучеными или инквизиторами от науки.
Вы нам предлагаете свою теорию, мы ее "не покупаем". Какая из теорий ошибочна - покажет время, зачем же вы хотите получить все "здесь и сейчас"?

(ответить)

Re: Re: Природа лженауки. Теория серой зоны

Матвеев Владимир — 23 ноября, 2010 г. 07:25. (ссылка) (свернуть ветвь)

Во-первых, ЗДЕСЬ я вам ничего не предлагаю. Во-вторых, что лично Вы знаете о том, что Вы «не покупаете»? Ничего! Так что «давайте будем честны».
Вы пишите о сознательном обмане. Но это уже не лженаука, а мошенничество. Вещи нужно называть своими именами, это значительно упрощает дело. Если поверить Вам на слово, то кругом – тишь да гладь, да божья благодать («пусть цветут 100 цветов!», как говаривал Мао Цзэдун). Но это не так. Если мы говорим 2х2 = 4, то принимать это равенство не ПРАВО, а ОБЯЗАННОСТЬ мыслящего человека. Наука по своей природе антидемократична, но решения в ней принимают общим голосованием. В этом главное противоречие науки. Об этом написаны сотни книг. За всем этим стоит борьба.

(ответить)

(комментарий удалён)


(комментарий удалён)


Re: Re: Re: Re: Re: Природа лженауки. Теория серой зоны

Старокадомский Петр — 23 ноября, 2010 г. 20:36. (ссылка) (свернуть ветвь)

Послушайте, а о чем мы спорим?

Во-первых, ЗДЕСЬ я вам ничего не предлагаю.
Но это вы пришли к нам на сайт, а не наоборот!

Во-вторых, что лично Вы знаете о том, что Вы «не покупаете»? Ничего! Так что «давайте будем честны».
Ну, я занимаюсь "этим" уже лет 15 наверное, поэтому думаю, как раз я то и знаю, о чем идет речь.

Вы пишите о сознательном обмане. Но это уже не лженаука, а мошенничество.
А что ж тогда такое "лженаука"? несознательный обман? сознательный не обман? Потрудитесь высказываться более однозначно, пока что это псевдо-философское переливание с пустого в порожнее.

Вещи нужно называть своими именами, это значительно упрощает дело. Если поверить Вам на слово, то кругом – тишь да гладь, да божья благодать («пусть цветут 100 цветов!», как говаривал Мао Дзэдун).
О чем это?

Но это не так. Если мы говорим 2х2 = 4, то принимать это равенство не ПРАВО, а ОБЯЗАННОСТЬ мыслящего человека.
А вы не принимаете что 2х2=4? Если вы идете в булочную, и хотите купить баранку за 4 копейки, а у вас 2 монетки по две копейки - как вы поступите?

Наука по своей природе антидемократична, но решения в ней принимают общим голосованием. В этом главное противоречие науки. Об этом написаны сотни книг. За всем этим стоит борьба.
просто какая-то битва за Берлин!
А о чем это все? Про что вообще идет речь? Я не против спора, но только если он имеет смысл.

(ответить)

Re: Где мои пятнадцать лет?

Матвеев Владимир — 23 ноября, 2010 г. 21:41. (ссылка) (свернуть ветвь)

Если Вы ЭТИМ занимались 15 лет, то что помешало Вам ответить на элементарный вопрос о природе мембранного потенциала? (Рубрика "Вопрос к редакции").

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Природа лженауки. Теория серой зоны

Старокадомский Петр — 23 ноября, 2010 г. 21:47. (ссылка) (свернуть ветвь)

Калий в клетку, натрий наружу. Туда же, наружу, ионы хлора. Это если в состояние покоя.
Про Na, K-канал у нас недавно была хорошая новость.
Там зеленые кружки — ионы натрия, красные квадратики — ионы калия, черные кружки с плюсом внутри — протоны, голубые шарики — вода.

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Природа лженауки. Теория серой зоны

Матвеев Владимир — 23 ноября, 2010 г. 21:50. (ссылка) (свернуть ветвь)

А у меня плохая новость: реальность мембранных насосов не удалось показать на тенях гигантского аксона кальмара.

(ответить)

Ссылку пожалуйста.

(ответить)

Re: Тени, тени, тени...

Матвеев Владимир — 24 ноября, 2010 г. 08:36. (ссылка) (свернуть ветвь)

Как можно дать ссылку на то, чего нет? Если Вам непонятно, повторю еще раз: нет публикаций, в которых показано, что тени гигантского аксона кальмара качали калий внутрь, а натрий - наружу. Не-е-ет!!!

(ответить)

Re: Re: Тени, тени, тени...

Старокадомский Петр — 24 ноября, 2010 г. 19:21. (ссылка) (свернуть ветвь)

Владимир Владимирович, ну это не серьезно. Вы говорите - нет, я говорю - есть! Мы ж не в детском саду, право слово.
Я вас спросил в предыдущем комментарии следующее: есть ли у вас ссылка на экспериментальную статью в нормальном журнале, где говориться, что на тенях кальмара не обнаружены K, Na-насосы, или что там не обнаружена их активность? Если реальность насосов не удалось показать на кальмарах, как вы написали выше, - это означает, что кто-то этим занимался и показал, что они не работают в данной экспериментальной системе. Это так?

(ответить)

Re: Про ЭТО не пишут...

Матвеев Владимир — 24 ноября, 2010 г. 21:12. (ссылка) (свернуть ветвь)

Об этом сообщали в докладе на конференции (иначе говоря, об этой неудаче перешептывались между собой). Статьи с ТАКИМ отрицательным результатом не опубликовали бы даже Доклады Папуасской Академии наук. Вот Вам легче. Вы утверждаете, что на указанном объекте успешные результаты были опубликованы. Почему томите? Искренне Ваш, Владимир Васильевич.
P.S. Не найдете статей на аксоне, приведите успешные результаты на любом другом объекте. Помните: нужны результаты по НЕТТО показателю, а не по увеличению/снижению СКОРОСТИ потоков через мембрану. Т.е.: включаем насосы и ионный состав в масштабе ВСЕЙ клетки изменяется: натрий уходит, а калия становится всё больше и больше.

(ответить)

Re: Re: Про ЭТО не пишут...

Старокадомский Петр — 24 ноября, 2010 г. 21:27. (ссылка) (свернуть ветвь)

я прекращаю разговор.

(ответить)

Re: Re: Re: Про ЭТО не пишут...

Матвеев Владимир — 24 ноября, 2010 г. 21:28. (ссылка) (свернуть ветвь)

А у Вас другого выхода и нет.

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Про ЭТО не пишут...

Старокадомский Петр — 25 ноября, 2010 г. 02:16. (ссылка)

У нас с вами по разному Google работает? Или PubMed?
Выкладываю ссылки про то, что у кальмаров эти каналы исследуются довольно активно:

1, Недавняя статья Гэдсби:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17562821
2, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2544655
3, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2821820
4, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6328314
5, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/4687021
6, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/5422602

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Re: Re: Природа лженауки. Теория серой зоны

Матвеев Владимир — 23 ноября, 2010 г. 21:24. (ссылка) (свернуть ветвь)

Вы пишите о сознательном обмане. Но это уже не лженаука, а мошенничество.
А что ж тогда такое "лженаука"? несознательный обман? сознательный не обман? Потрудитесь высказываться более однозначно, пока что это псевдо-философское переливание с пустого в порожнее.
Искреннее заблуждение - самый страшный вид лженауки. Таких заблуждающихся гораздо больше, чем настоящих мошенников.

Наука по своей природе антидемократична, но решения в ней принимают общим голосованием. В этом главное противоречие науки. Об этом написаны сотни книг. За всем этим стоит борьба. просто какая-то битва за Берлин! А о чем это все? Про что вообще идет речь? Я не против спора, но только если он имеет смысл.
Тем, кто пишет "как все", битва за Берлин не грозит. Свою жизнь они проводят тихо и мирно, чего и Вам желаю. Я имею ввиду такие явления в науке, о которых пишет, например, известный методолог науки Кун (http://psylib.org.ua/books/kunts01/index.htm). Читали? Если читали, то к чему Ваши многочисленные вопросы? Чтобы толочь воду? Я пас - нет смысла.

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Природа лженауки. Теория серой зоны

Матвеев Владимир — 8 декабря, 2010 г. 07:39. (ссылка)

Полезное, как мне кажется, напоминание для нынешних и будущих участников этой дискуссии:

Типичная дискуссия в интернете:
http://video.mail.ru/inbox/vladimir.matveev/47/392.html

Гимн узкого (очень) специалиста:
http://video.mail.ru/inbox/vladimir.matveev/6/111.html

Дискуссия как спортивное состязание:
http://www.bioparadigma.spb.ru/discussions.htm

(ответить)

Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Природа лженауки. Теория серой зоны

Матвеев Владимир — 6 декабря, 2010 г. 10:17. (ссылка) (свернуть ветвь)

Список приёмов антинаучной дискуссии:
1) конструировать рассуждения из взаимоисключающих высказываний.
2) объяснять при помощи порочных кругов.
3) объяснять при помощи тавтологий.
4) объяснять непознанное через непознанное.
5) объяснять непознанное через непознаваемое.
6) критиковать не предлагая.
7) апеллировать к авторитетам.
8) апеллировать к догмам.
9) апеллировать к мнению большинства.
10) обсуждать не идеи оппонентов, но их (оппонентов) личности.
11) отвечать вопросом на вопрос.
12) опровергать факты догмами.
13) опровергать общее частным.
14) опровергать частное единичным.
15) опровергать абстрактное конкретным.
16) опровергать логичное алогичным.
17) сравнивать несравнимое.
18) отвечать на логику и факты эмоциями и оскорблениями.
19) игнорировать тему.
20) игнорировать факты.
21) игнорировать число, количество и меру.
22) игнорировать причинно-следственные связи.
23) использовать административно-силовой ресурс.
24) приписать оппоненту абсурдные утверждения и разгромить их.
25) опровергать не точку зрения оппонента, а свое представление о ней.
Автор Аксиолог
http://corum.mephist.ru/index.php?showtopic=26643&st=0&gopid=397942&#entry397942

(ответить)

Re: Письмо вэб-мастеру

Матвеев Владимир — 20 декабря, 2010 г. 10:44. (ссылка)

Письмо по почте не прошло, поэтому оставлю его здесь.

Уважаемый вэб-мастер!
Считаю необходимым сообщить Вам, что при распечатке страниц сайта http://biomolecula.ru на виртуальных принтерах (pdffactory, djvu-printer) обрезаются тексты по правому полю и соответствующие файлы оказываются нечитабельными. Этот недостаток существенно ограничивает возможности использования материалов вашего сайта. Может быть это легко исправить?
Заранее признателен,
Матвеев Владимир Васильевич

(ответить)

Яндекс.Метрика

© 2007–2015 «биомолекула.ру»
Электропочта: info@biomolecula.ru
О проекте · RSS · Сослаться на нас

Дизайн и программирование —
Batch2k15.

Сопровождение сайта — НТК «Биотекст».

Условия использования сайта
Об ошибках сообщайте вебмастеру.