Nature #521(7553) + онлайны: таламус направляет к цели, бактерия управляет диатомовыми, механизм хромотрипсиса раскрывает себя

• Геномика, рак. Низкодифференцированный серозный рак яичников по-прежнему очень часто заканчивается смертью больных. За последние 30 лет методы его лечения не слишком изменились. Чтобы лучше понять природу этого рака, австралийские учёные просеквенировали геномы опухолевых клеток 92 пациентов. Обнаружилось, что мутации выключают супрессоры опухолей RB1, NF1, RAD51B и PTEN. Помимо этого, у отдельных испытуемых не метилирован промотор печально известного BRCA1 и не только. — Whole—genome characterization of chemoresistant ovarian cancer.
• Нейробиология. Как дойти до нужной цели? Благодаря прошлогодней Нобелевской премии по физиологии и медицине многие узнали, что для этого нужен гиппокамп («биомолекула» писала об этом). Однако это ещё не всё. Гиппокамп не доведёт животное до точки назначения, если не будет получать сигналы от медиальной префронтальной коры. Прежде чем попасть в поле CA1 гиппокампа, эти сигналы проходят через одно из медиальных ядер таламуса — nucleus reuniens. — A prefrontal—thalamo—hippocampal circuit for goal-directed spatial navigation.
• Микробиология, экология. Продуценты-растения и бактерии, очевидно, вступают в экологические взаимодействия друг с другом. Но какие? В условиях моря узнать это довольно сложно, однако про береговые сообщества мы кое-что узнали. Значительная часть фитопланктона в них — это диатомовые водоросли, и делением их двусторонне-симметричных клеток управляют с помощью индол-3-уксусной кислоты бактерии, такие как Sulfitobacter. — Interaction and signalling between a cosmopolitan phytoplankton and associated bacteria.
• Рак, омики. Эстроген-независимый рак груди на поздних стадиях развития в 85% случаев даёт метастазы в кости. Ситуацию усугубляет гипоксия, возникающая у клеток в зонах поражения опухолями. Количественный анализ секретома (выделяемых клеткой веществ) изголодавшихся по кислороду клеток показывает, что их фермент лизилоксидаза «натравливает» опухолевые клетки на кости, активируя размножение остеокластов. Теоретически, на лизилоксидазу можно повлиять, осталось выработать стратегии влияния. — The hypoxic cancer secretome induces pre-metastatic bone lesions through lysyl oxidase.
• Молекулярка, микроскопия. Четыре года назад исследователи рака обнаружили новый вид мутаций — хромотрипсис. Хромосомы (иногда одна, иногда несколько) буквально разрываются на кусочки, а затем эти кусочки в произвольном порядке собираются обратно. Секвенирование геномов отдельных клеток, а также визуализация таких клеток in vivo свидетельствуют, что при хромотрипсисе образуются микроядра, в каждом из которых оказываются заключены фрагменты пострадавших хромосом. — Chromothripsis from DNA damage in micronuclei, Cell biology: The micronucleus gets its big break.
• Молекулярка, биофизика. Откорретикрованная мартовская статья японцев рассказывает о том, как малые интерферирующие РНК дрозофилы собираются вместе с ферментами в комплексы сайленсинга. — Defining fundamental steps in the assembly of the Drosophila RNAi enzyme complex.
• Клеточная биология. Комплекс Гольджи знаком всем, кто не слишком сильно забыл школьный курс биологии. Эта система отсеков-цистерн, связанных трубочками, сортирует молекулы для импорта и экспорта. Трубочки комплекса Гольджи позволяют «возить грузы» к плазматической мембране клетки и обратно. Комплекс белков COPI на трубочках (а не на цистернах) Гольджи определяет, в какую сторону должен двигаться молекулярный груз, благодаря подсказке ГТФазы CDC42. — Coordinated regulation of bidirectional COPI transport at the Golgi by CDC42.
• Антропология, эволюция. Не Люси единой были живы австралопитеки! Один из новых видов, Australopithecus deyiremida, был найден недавно, а обитал от 3,5-3,3 миллиона лет назад на территории нынешней Эфиопии. Фишка этого австралопитека в том, что в строении его челюстей множество «поздних» черт, присущих более эволюционно молодым парантропам и даже Homo. — New species from Ethiopia further expands Middle Pliocene hominin diversity.
• Мнение, библиометрия. Какой процент упомянутых здесь статей произведёт фурор в научном сообществе? Как скоро это случится? Анализ 22 миллионов академических публикаций показывает, что «спящих красавиц» — статей, пролежавших незаметными десятилетия, а затем ставших весьма известными — не так уж мало. Авторы работы, вышедшей в PNAS, даже создали свод правил, позволяющих оценить принадлежность научной статьи к классу «спящих красавиц». — Wakey wakey.

Science #348(6238) + онлайны: изменяем убеждения, возвращаем память, отращиваем голову на зависть дрозофиле

• Отозванная статья. Публикация об однополых браках, вышедшая в одном из прошлых номеров, оказалась не совсем честной. Её авторы утверждали, что достаточно один раз рассказать случайному прохожему о том, что однополые браки — это не так плохо, чтобы он поменял своё мнение на менее консервативное. Претензии к статье связаны в основном с финансированием исследования. Оказалось, что участникам (среди них были люди всех сексуальных ориентаций) давали деньги за опросы, коих было несколько. Адвокат автора статьи утверждает, что добровольцы заполняли один опросник бесплатно. К тому же, источник средств для работы — не тот, что указан в заявке. Впрочем, и в плане статистики к исследованию есть вопросы. — Editorial retraction, When contact changes minds: An experiment on transmission of support for gay equality.
• Медицина, спорные темы. Хирург из Каролинского университета, успешно пересаживавший своим пациентам трахеи, оказался не вполне добросовестным: в своих статьях он замалчивал побочные эффекты и осложнения от проведённых операций. У виновника есть две недели, чтобы как-то объяснить происходящее. — Report finds misconduct by surgeon.
• Нейробиология, психология. И всё-таки людские убеждения легко изменить... Но недостаточно воспользоваться оплаченными услугами добровольцев с улицы, как это сделали авторы отозванной статьи. Нужно рассказать испытуемому, что люди всех рас и сексуальных ориентаций равны, а потом воспроизводить определённый звук, пока тот спит. Достаточно одной попытки, но эффект сохраняется недолго: 1 неделю. — Unlearning implicit social biases during sleep.
• Нейробиология. Память, ты где? Быть может, в «клетках энграммы» — нейронах, активность синапсов у которых меняется после долговременного запоминания некой информации. Если после консолидации (перевода из кратковременной в долговременную) памяти заблокировать в таких клетках синтез белка, выученное «забудется», потому что усилившиеся синаптические контакты некому будет поддерживать. Но что удивительно, если на такие заблокированные клетки подействовать напрямую оптогенетическими методами, информацию из памяти снова можно будет извлечь. Расследование нобелевского лауреата Судзуми Тонегавы. — Engram cells retain memory under retrograde amnesia.
  биомолекула: «Амнезия: воспоминания не стираются, просто их трудно пробудить — без оптогенетики»
• Клеточная биология. Деление под давлением — девиз нескольких публикаций в последних номерах Science. Если двумя неделями ранее в журнале рассказывали про рак, теперь речь идёт о размножении клеток здорового эпителия. Если растянуть листок эпителия, в его клетках активируется транскрипция генов Yap1 и бета-катенина, а вслед за этим начнётся митоз. — Mechanical strain induces E-cadherin—dependent Yap1 and β-catenin activation to drive cell cycle entry.
• Биология развития. Дрозофилы без гена bicoid вместо головы отращивают хвост и, конечно, в таком состоянии долго не живут. Многие другие насекомые спокойно обходятся без bicoid. За счёт чего? Новое исследование генома звонцов показало: они образуют голову благодаря действию счёт гена panish, которого у дрозофил нет. Удивительное дело! И дрозофилы, и звонцы — насекомые из отряда Двукрылые, а такая важная характеристика, как ось тела, у них определяется разными участками ДНК. Хорошо бы выяснить, почему. — A cysteine-clamp gene drives embryo polarity in the midge Chironomus.
• Эпигенетика. Как гетерохроматин становится тем, чем он является? Дрозофилы сослужили хорошую службу, дав немало сведений для ответа на этот вопрос. Время обратиться позвоночным и исследовать комплекс белков под названием Human Silencing Hub (HUSH), которого у мух нет. Три белка, TASOR, MPP8 и перифилин, мешают ретровирусам интегрироваться в гетерохроматин, а самому гетерохроматину — транскрибироваться. — Epigenetic silencing by the HUSH complex mediates position-effect variegation in human cells.
• Микробиология. Один из видов цианобактерий, обитающих в составе биоплёнок в Йеллоустонском парке, делится на несколько... морф? экологических групп? популяций? Ответ, наиболее близкий к реальности, — полов. Анализ геномов показывает, что эти бактерии активно рекомбинируют друг с другом, в результате чего генетическое разнообразие вида многократно увеличивается. — Fine-scale diversity and extensive recombination in a quasisexual bacterial population occupying a broad niche, Flexible gene pools.
  биомолекула: «Как обойтись без полового размножения, не отказываясь от его преимуществ?»
• Сельское хозяйство. Хорошая и плохая новость одновременно: изменения климата ударит в первую очередь не по овощам и фруктам, а по растениям, которые мы употребляем «для вкуса». Под угрозой чайное дерево, какао, табак и не только они. — The endangered palates list, Reading the tea leaves for effects of climate change.
• Эпидемиология. Оспу мы победили, а как насчёт кори? Учитывая недавние события во Вьетнаме — не очень. И, казалось бы, всё есть: вакцина есть, меры предосторожности... Пусть вирус кори — один из самых заразных, есть кое-что ещё более контагиозное — уныние. Именно оно настигло борцов с полиомиелитом около 20 лет назад, когда выяснилось, что это заболевание до конца победить не удалось. Скорее всего, та же судьба постигнет и корь: вспоминать о ней мы будем реже, но опасаться ей заболеть не перестанем. — Is measles next?
• Диагностика. Диагностика с помощью бактериальных колоний: о да, детка. В последнем номере Science Translational Medicine рассказано две истории. (1) Мышь глотает колонию бактерий, которые, если обнаружат рак, красят мочу мышки в красный цвет. (2) Бактерии добавляют к моче пациентов, больных диабетом, и чем там больше сахара, тем красней станет моча. — Engineered bacteria detect cancer and diabetes in urine, Programmable probiotics for detection of cancer in urine, Detection of pathological biomarkers in human clinical samples via amplifying genetic switches and logic gates.