Nature #540 (7633) + онлайны: странности морских коньков, VIP-условия для РНК теплового шока, изменение репертуара фермента с помощью света

• Биоинженерия. Спецвыпуск Nature освящен полимерам. Одна из его статей рассказывает о воспроизводстве биологических функций в искусственно созданных полимерах. — Mimicking biological functionality with polymers for biomedical applications.
• Химическая биология. Свет переводит никотинамидные кофакторы ферментов в возбужденное состояние. За счет облучения светом ферментов с такими кофакторами можно изменить тип реакции, которую катализирует фермент. — Chemical biology: A radical change in enzyme catalysis, Accessing non-natural reactivity by irradiating nicotinamide-dependent enzymes with light.
• Генетика. Морские коньки — это очень странные рыбы. У них нет чешуи, зубов, тазовых и хвостового плавников. Еще одна забавная особенность — сумка, в которой самцы вынашивают эмбрионы. Секвенирование генома полосатохвостого конька Hippocampus comes показало, какие генетические варианты связаны с этими необычными чертами. Интересно, что скорость эволюции генов морских коньков выше, чем у других рыб. — The seahorse genome and the evolution of its specialized morphology.
• Рак, молекeлярка. В опухолях пациентов с раком толстой кишки резко снижена экспрессия гена NLRC3. Соответствующий белок подавляет сигналлинг mTOR, а через него — деление клеток, и особенно сильно эти эффекты по каким-то причинам проявляются в клетках эпителия кишечника. — NLRC3 is an inhibitory sensor of PI3K—mTOR pathways in cancer.
• Молекулярка. Рядовые мРНК еще в ходе своего синтеза проходят тщательные проверки, которые определяют, достойны ли эти молекулы экспортироваться из ядра. И только для мРНК, которые кодируют белки теплового шока, закон не писан — они отправляются на экспорт без всяких проверок. При этом проверки обычных мРНК во время синтеза мРНК белков теплового шока приостанавливаются, так что рядовые РНК в эти тяжелые времена вообще теряют шанс покинуть ядро. — mRNA quality control is bypassed for immediate export of stress-responsive transcripts.
• Рак. Сразу две работы на мышах продемонстрировали, что при раке груди ранних стадий опухолевые клетки могут распространяться по организму даже более активно, чем на более поздних стадиях. И хотя большинство этих ранних раковых клеток не делятся активно, с развитием рака они образуют на новых местах метастазы. — Metastasis: Pathways of parallel progression, Mechanism of early dissemination and metastasis in Her2⁺ mammary cancer, Early dissemination seeds metastasis in breast cancer.
• Структурка. Кальциевые каналы Slo1 активируются как высокими концентрациями ионов кальция внутри клетки, так и мембранным потенциалом. Чтобы изучить влияние двух этих факторов по отдельности, исследователи получили структуры Slo1 в присутствии и отсутствии кальция. — Structural biology: Ion-channel mechanisms revealed, Structural basis for gating the high-conductance Ca²⁺-activated K⁺ channel, Cryo-EM structure of the open high-conductance Ca²⁺-activated K⁺ channel.
• Биоинженерия. Трегалоза-6-фосфат — сигнальная молекула растений, управляющая использованием сахарозы. Ученые получили аналоги этих молекул, способные проникать в ткани растений и влиять на метаболизм углеводов. Синтетический аналог трегалоза-6-фосфата увеличивает урожай зерна и устойчивость растений к засухе. — Chemical intervention in plant sugar signalling increases yield and resilience.
• Микробиология, структурка. Инжектисома — органелла некоторых грамотрицательных бактерий, представляющая собой канал, по которому в клетку-мишень передаются патогенные белки. Интересно, что у инжектисомы есть базальное тело, как и у жгутиков. В новой работе описывается структура базального тела инжектисомы патогенных бактерий Salmonella enterica. — Near-atomic-resolution cryo-EM analysis of the Salmonella T3S injectisome basal body.

Science #354(6318) + онлайны: персистентность бактерий, гибкие капсиды ВИЧ-1, функции длинных некодирующих РНК

• Микробиология. Помимо устойчивости к антибиотикам у бактерий может развиваться персистентность — способность впадать в спячку и переживать в этом состоянии периоды лечения. Обзор в свежем номере Science посвящен механизмам персистентности у бактерий. — Mechanisms of bacterial persistence during stress and antibiotic exposure.
• Структурка. Хеликазы Ski2-Ski3-Ski8 связываются с рибосомой, сидящей на мРНК, и направляют мРНК на деградацию в экзосому, если с ней что-то не так. В новой статье описывается структура всего этого многостороннего взаимодействия — хеликаз, мРНК и рибосомы. — The cryo-EM structure of a ribosome—Ski2-Ski3-Ski8 helicase complex.
• Структурка, вирусология. Структурки капсидов ВИЧ-1 показали, что эти белковые оболочки гибкие. Возможно, это помогает вирусу взаимодействовать с белками хозяйских клеток. — The structure and flexibility of conical HIV-1 capsids determined within intact virions.
• Биоинженерия. Ученые научились находить в белках петли, находящиеся близко к поверхности и влияющие на активность белка. В такие петли можно вставлять сенсоры, реагирующие на свет или связывания лиганда, и получать управляемые версии белков. — Engineering extrinsic disorder to control protein activity in living cells.
• Молекулярка. Человеческие клетки синтезируют много длинных некодирующих РНК, но какая часть этих молекул критически важна, до сих пор было непонятно. Чтобы прояснить этот вопрос, американские исследователи с помощью CRISPR дезактивировали 16401 длинных некодирующих РНК в 7 типах клеток. Оказалось, что 499 длинных некодирующих РНК требуются для нормального роста клеток, и при этом 89% из них важны лишь для одного типа исследованных клеток. — CRISPRi-based genome-scale identification of functional long noncoding RNA loci in human cells.
• Структурка. Процессома — это комплекс из РНК и белков, участвующий в сборке малых субъединиц рибосом эукариот. Чтобы РНК малой субъединицы рибосомы приняла правильную форму, ее домены нужно складывать отдельно, и процессома создает для этого подходящие условия. — Architecture of the yeast small subunit processome.
• Структурка. Структурка сплайсосомы дрожжей, находящейся в процессе удаления интрона, образовавшего лассо. — Structure of a yeast step II catalytically activated spliceosome.