Nature #534 (7609) + онлайны: ДНК-мутации на стыке двух процессов, нейронные механизмы удовольствия от агрессии, вирусный белок, изменяющий хроматин

• Иммунология, рак. Т-клетки способны распознавать молекулярные метки опухолевых клеток — неоантигены. Собственно, на этом и основана иммунотерапия рака. Однако по мере развития опухоли составляющие её клетки могут перестать образовывать часть своих неоантигенов. А вот изменяется ли при этом спектр неоантигенов, воспринимаемых Т-клетками? Оказывается, да. — Neoantigen landscape dynamics during human melanoma—T cell interactions.
• Структурка. Криоэлектронная микроскопия показала, как должен выглядеть глутаматный рецептор типа AMPA в комплексе с трансмембранными белками, которые управляют его активностью. — Architecture of fully occupied GluA2 AMPA receptor—TARP complex elucidated by cryo-EM.
• Структурка. Многие метаботропные рецепторы связываются с G-белками — ферментами, которыми движет ГТФ. Один из таких рецепторов — бета-адренорецептор. На его примере удалось показать, как меняется конформация связывающихся с G-белками рецепторов, когда к ним присоединяется какое-нибудь вещество-агонист извне клетки. — Allosteric coupling from G protein to the agonist-binding pocket in GPCRs.
• Молекулярка. Ферменты, обеспечивающие репликацию и транскрипцию ДНК, могут одновременно использовать одну и ту же молекулу нуклеиновой кислоты, расплетая её, создавая в ней разрывы и зашивая их заново. Если «аппараты» для удвоения и считывания ДНК столкнутся, могут появиться мутации: делеции, дупликации и им подобные. В статье подробно рассматриваются причины, по которым может возникнуть тот или иной тип мутации. — The nature of mutations induced by replication—transcription collisions.
• Вирусология. Среди генов аденовирусов есть один, который кодирует основный белок VII. Этот белок по структуре очень похож на гистоны — до такой степени, что способен изменять состав белков хроматина клетки-хозяина. В конечном счёте это приводит к тому, что «белки воспаления», такие как HMGB1, не образуются в достаточном количестве, и организм не реагирует должным образом на присутствие чужака–аденовируса. — A core viral protein binds host nucleosomes to sequester immune danger signals.
• Экология. Когда говорят о том, как человек вредит лесам, обычно вспоминают про вырубки лесов и другие масштабные мероприятия. Тем не менее, исследования амазонских джунглей в Бразилии показывают, что просто посещение лесов человеком (плюс сбор пищи и материала для костров) снижает биоразнообразие на людных участках леса ничуть не меньше, чем его вырубка. — Anthropogenic disturbance in tropical forests can double biodiversity loss from deforestation, Conservation: The rainforest’s ’do not disturb’ signs.
• Экология. Изменение климата, естественно, тоже влияет на живые организмы. А кому глобальное потепление страшнее — растениям, хищникам или травоядным? Учёные разбирают этот вопрос на примере Британии, и ответ на него оказывается довольно неожиданным. — Phenological sensitivity to climate across taxa and trophic levels, Phenology: Interactions of climate change and species.
• Иммунология, медицина. Вероятно, вакцину против вируса Зика можно будет получить уже весьма скоро. Пока исследования на мышах показали, что самую мощную защиту от инфицирования даёт использование участка ДНК, содержащего гены белков премембраны и оболочки данного вируса. Притом лучше, если в этих генах не будет никаких специально сделанных мутаций. — Vaccine protection against Zika virus from Brazil.
• Биология развития. Калифорнийские учёные проследили за тем, как кардиомиоциты образуют стенку желудочка и выяснили, что для правильного хода этого процесса важна активность сигнальных белков Notch и Erbb2. — Coordinating cardiomyocyte interactions to direct ventricular chamber morphogenesis.
• Клеточная биология. Когда начинается деление клетки, оболочка её ядра зачастую разрушается. При этом хромосомы не слипаются в однородную массу, а остаются разделёнными. Оказывается, это всё благодаря белку Ki-67. Он служит в качестве сурфактанта и держит хромосомы на расстоянии друг от друга за счёт конфигурации зарядов на поверхности самого себя. — Ki-67 acts as a biological surfactant to disperse mitotic chromosomes.
• Фармакология, вирусология. Гликопротеины оболочки вируса Эбола отвечают за проникновение последнего в клетку-хозяина. В то же время, эти гликопротеины — слабое место вируса. Они состоят из двух субъединиц. Эти субъединицы можно насильно отделить друг от друга и таким образом нарушить целостность оболочки вируса, если использовать известное противораковое средство торемифен и ещё более известное обезболивающее ибупрофен. — Toremifene interacts with and destabilizes the Ebola virus glycoprotein.
• Фармакология, рак. Мутантную тирозинфосфатазу SHP2 часто находят у больных синдромом Нунан, а также различными формами рака. Это неудивительно: данный белок участвует в передаче ростовых сигналов между клетками. К счастью, найдена небольшая молекула, которая способна подавлять активность «неправильной» SHP2 и вызываемое её деление раковых клеток. — Allosteric inhibition of SHP2 phosphatase inhibits cancers driven by receptor tyrosine kinases.
• Физиология растений. Считается, что деревья листопадных лесов днём потребляют больше углекислого газа, чем ночью. Эксперименты показывают, что это не так. А значит, уровень газообмена в таких лесах ранее оценивали неправильно. Важно скорректировать наши расчёты газообмена в лесах и эффективности фотосинтеза деревьев, ведь на их основании в том числе строятся модели изменения климата. — Seasonality of temperate forest photosynthesis and daytime respiration.
• Нейробиология. Агрессия может быть разрушительна для самого агрессора, но почему же тогда некоторые раз за разом повторяют акты деструктивного поведения? Дело в том, что агрессия может приносить удовлетворение. За возникновение последнего отвечают связи между базальными ядрами переднего мозга и поводком промежуточного мозга (по-латыни habenula). — Basal forebrain projections to the lateral habenula modulate aggression reward.

Science #353 (6294) + онлайны: ген маскулинности комаров, пространственная транскриптомика, межполовые различия в физиологии растений

• Микробиология. Палочка псевдотуберкулёза Yersinia pseudotuberculosis вызывает, как можно догадаться по её названию, псевдотуберкулёз (он же дальневосточная скарлатиноподобная лихорадка). Чтобы эффективнее заражать клетки людей и животных, во время инфекции она многократно копирует свою вирулентную плазмиду. Регуляция вирулентности с помощью числа копий плазмид — стратегия, о которой раньше не знали. — Increased plasmid copy number is essential forYersinia T3SS function and virulence.
• Иммунология. В идеале лекарство против аутоиммунного заболевания должно уничтожать только клетки, поднятые по ложной тревоге, а не все клетки иммунной системы подряд. Такой избирательности попробовали достигнуть за счёт создания химерного рецептора, направляющего Т-клетки только на аутореактивные В-лимфоциты. — Reengineering chimeric antigen receptor T cells for targeted therapy of autoimmune disease.
• Иммунология, медицина. Для восстановления повреждённого участка ткани нужна слаженная работа иммунных клеток, вызывающих воспаление и сдерживающих его. Число первых, кстати, можно увеличить с помощью мезенцефалического нейротрофного фактора астроцитов (mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor, MANF), и тогда заживление ткани пойдёт быстрее. — Immune modulation by MANF promotes tissue repair and regenerative success in the retina.
• Экология. Мужские и женские растения одного и того же вида имеют различную физиологию: например, им может требоваться различное количество воды. Поэтому изменение климата иногда приводит к тому, что растения одного пола начинают численно преобладать над растениями другого пола. В итоге это плохо сказывается на скорости размножения особей данного вида. — Sex-specific responses to climate change in plants alter population sex ratio and performance.
• Экология, физиология растений. Повышение концентрации углекислого газа в атмосфере, в принципе, идёт на руку растениям. Правда, кроме углерода им нужен ещё азот. То, как добавление усвояемого азота в почву влияет на скорость поглощения CO₂ растениями, зависит от отношений этих растений с микоризой. — Mycorrhizal association as a primary control of the CO2 fertilization effect.
• Генетика. Yob — это не ругательство на транслите, а название гена, который эспрессируется у самцов малярийных комаров. Экспрессия в норме начинается через 2 часа после откладки яиц, но если её запустить раньше, в живых останутся только эмбрионы-самцы. Если «выключить» Yob, самцы погибнут. Это можно использовать для контроля численности переносчиков малярии. — A maleness gene in the malaria mosquito Anopheles gambiae.
• Генетика, молекулярка. Теперь можно построить транскриптомный ландшафт некой части организма. Экспрессию РНК научились анализировать в отдельных слоях ткани (нарезанных как на микротоме) и потом складывать результаты в пространственную модель. — Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.
• Структурка. Как и в Nature, в Science разбирают структуру глутаматного AMPA-рецептора в комплексе с регулирующими его трансмембранными белками. Правда, на сей раз это другой коллектив авторов и другие регуляторные белки. — Elucidation of AMPA receptor—stargazin complexes by cryo—electron microscopy.
• Зоология. Большие фрегаты могут месяцами находиться в воздухе за счёт своей развитой способности распознавать восходящие и нисходящие токи воздуха. Попадая в нужную струю, птица летит, практически не тратя энергии. — Frigate birds track atmospheric conditions over months-long transoceanic flights.