Nature #538 (7626) + онлайны: пересадка нейронов, псевдо-псевдогены, «пациент О» и распространение ВИЧ по Америке

• Клеточная биология. Слияние митохондрий не происходит должным образом, если в гене белка митофузина, Mfn, есть мутация. На уровне целого организма она проявляется в неизлечимом нейродегенеративном заболевании Шарко-Мари-Тута. Вернуть нормальные способности к слиянию митохондриям организмов с мутацией в гене митофузина можно с помощью специального пептида. Этот пептид стабилизирует митофузин в такой конформации, которая благоприятствует слиянию митохондрий. — Correcting mitochondrial fusion by manipulating mitofusin conformations.
• Молекулярка, биохимия. Разбираем, что нужно для сборки комплексов и суперкомплексов дыхательной цепи и как такая сборка происходит. — Mechanism of super-assembly of respiratory complexes III and IV.
• Структурка. Вакуолярные АТФ-синтазы, как можно догадаться из их названия, задействованы в процессах, обеспечиваемых вакуолями. В числе таких процессов эндоцитоз и аутофагия, за изучение которой в 2016 году присудили Нобелевскую премию. Структуру различных частей вакуолярной АТФ-синтазы помогли определить голодающие дрожжи. Именно у них аутофагия идёт наиболее интенсивно. — Atomic model for the membrane-embedded VO motor of a eukaryotic V-ATPase.
• Иммунология. R- и S- 2-гидроксиглутараты есть в организме здоровых людей, но функция этих веществ не вполне ясна. Теперь обнаружилось, что оба этих изомера накапливаются в CD8⁺ T-лимфоцитах, когда активируются Т-клеточные рецепторы. При этом на дальнейшую судьбу CD8⁺ T-лимфоцитов влияет главным образом один изомер — S-2-гидроксиглутарат. — S-2-hydroxyglutarate regulates CD8⁺ T-lymphocyte fate.
• Генетика, молекулярка. Псевдогены — это бывшие гены, в которых произошли нонсенс-мутации и теперь большинство из них не кодируют белков. Функции РНК и белков, которые получаются при транскрипции и трансляции псевдогенов, не ясны. А у сейшельской дрозофилы, которая питается только плодами растения Morinda citrifolia, один из псевдогенов, Ir75a, кодирует рецептор, отвечающий за восприятие уксусной кислоты. Так что это псевдо-псевдоген. — Olfactory receptor pseudo-pseudogenes.
• Генетика. Настоящую ДНК кишечной палочки пробуют заменить искусственной с синонимичными нуклеотидами, и выходит неплохо. — Defining synonymous codon compression schemes by genome recoding.
• Молекулярка, рак. Перед началом лейкемии онкогенные мутации возникают не только в клетках крови, но и в клетках костного мозга, окружающих гемопоэтические стволовые клетки. Видимо, окружение оказывает на будущие элементы крови большее влияние, чем считалось. — Leukaemogenic effects of Ptpn11 activating mutations in the stem cell microenvironment, Cancer: Bad neighbours cause bad blood.
• Молекулярка. Белок-шаперон Hsp70 помогает другим белкам верно «складываться», то есть приобретать определённую конформацию Обычно его находят в скоплениях совсем не свёрнутых белков, но теперь выяснилось, что он может и «досворачивать» белки, уже почти принявшие нужную конформацию. — Alternative modes of client binding enable functional plasticity of Hsp70, Molecular biology: Mature proteins braced by a chaperone.
• Молекулярка. Изменение экспрессии одних генов влияет на работу близлежащих участков ДНК. Таким образом, нокаут по одному гену не означает, что все остальные работают как обычно. — Local regulation of gene expression by lncRNA promoters, transcription and splicing.
• Молекулярка, биология развития. Ген HAND2 давно в эволюции приобрёл роль регулятора эмбрионального развития сердца. Организмы с делециями в HAND2 не доживают до рождения. Его экспрессией, как оказалось, управляет работа ряда некодирующих ДНК. — Transcription of the non-coding RNA upperhand controls Hand2 expression and heart development.
• Нейробиология, биология развития. В зрительную кору взрослых мышей пересадили нервные клетки от соответствующих эмбрионов. Как ни странно, эти новые нейроны прижились и встроились в уже имеющиеся системы связей внутри этой коры. — Transplanted embryonic neurons integrate into adult neocortical circuits.
• Вирусология, ВИЧ. Американские исследователи провели генетический анализ образцов крови нескольких тысяч мужчин, живших в Нью-Йорке и вступавших в гомосексуальные связи. Собственно, образцы крови, которые попали в руки учёных, все эти мужчины сдали для анализа на гепатит B. У нескольких процентов из них в новом исследовании нашли фрагменты РНК ВИЧ. С помощью новых методов восстановления РНК из этих фрагментов удалось собрать несколько геномов вируса. По ним учёные определили, что ВИЧ попал в США на 10 лет раньше, чем его туда якобы принёс «пациент О» — канадский бортпроводник Гаэтан Дюга, которого общество долгое время уже после его смерти обвиняло в разжигании эпидемии СПИДа в Америке. — 1970s and ‘Patient 0’ HIV-1 genomes illuminate early HIV/AIDS history in North America.

Science #354 (6311) + онлайны: любовные подвиги бонобо, метаболизм дрожжей, самый подробный портрет эндоплазматической сети

• Физиология растений. Для растений важна не только интенсивность освещения, но и температура окружающей среды. Сопоставлять сигналы о первом и втором знаменитому лабораторному растению арабидопсису помогает белок фитохром B. — Phytochrome B integrates light and temperature signals in Arabidopsis, Phytochromes function as thermosensors in Arabidopsis.
• Эпигенетика, иммунология. При раке и хронических вирусных инфекциях Т-клетки «изнашиваются» (это ещё называют T cell exhaustion). Если блокировать в них путь PD-1, то «изнашивания» всё равно не удаётся избежать, хотя в теории такая мера должна была помочь перепрограммировать их в Т-клетки памяти. Такое ощущение, что T_EX — это «просто» ещё один вариант дифференцировки Т-клеток. — The epigenetic landscape of T cell exhaustion, Epigenetic stability of exhausted T cells limits durability of reinvigoration by PD-1 blockade.
• Нейробиология. Ещё одна работа о том, как новые нервные клетки у взрослых животных встраиваются в имеющиеся системы связей между нейронами. Только на этот раз клетки не донорские, они появились в организме самих подопытных животных. Чем больше различных впечатлений получает животное, тем быстрее у него образуются новые нейроны в гиппокампе и тем больше отростков они образуют. — A disynaptic feedback network activated by experience promotes the integration of new granule cells.
• Этология, генетика. Карликовые шимпанзе бонобо, известные своей любвеобильностью, каким-то образом скрещивались с обыкновенными шимпанзе, если верить анализу геномов последних. Мало того что это два разных вида обезьян и их способность дать плодовитых гибридов низка, так ещё шимпанзе и бонобо разделяет большая река Конго. А эти обезьяны, как известно, не умеют плавать. Впрочем, чего не сделаешь ради любви. — Chimpanzee genomic diversity reveals ancient admixture with bonobos.
• Биохимия. С помощью радиоактивных изотопов исследователи досконально изучили метаболизм дрожжей: 56 реакций, 100 метаболитов, 370 ферментов и взаимоотношения всего этого «домашнего хозяйства» дрожжевой клетки подверглись тщательному анализу. — Systems-level analysis of mechanisms regulating yeast metabolic flux.
• Клеточная биология. При атеросклерозе появляются старые наполненные липидами макрофаги (так называемые пенистые клетки, foam cells). Как выяснилось, они негативно действуют на здоровье человека не только в разгар заболевания, но и на его ранних стадиях. Сначала пенистые клетки вызывают усиление экспрессии воспалительных цитокинов, потом — матриксных металлопротеиназ, разрушающих атеросклеротические бляшки и косвенно виновных в образовании тромбов. — Senescent intimal foam cells are deleterious at all stages of atherosclerosis.
• Клеточная биология. Работу эндоплазматического ретикулума увидели в ультраразрешении. Функций у эндоплазматической сети множество: это и взаимодействие с другими органеллами и координация их работы, и место презентации антигена для MHC 1 класса, и многое другое. Разнообразны не только «профессии» эндоплазматического ретикулума, но и, как видно из этой новой работы, составляющие его структурные элементы. — Increased spatiotemporal resolution reveals highly dynamic dense tubular matrices in the peripheral ER, A finer look at a fine cellular meshwork.