Конкурс «Био/Мол/Текст»-2020/2021

Эта работа опубликована в номинации «Наглядно о ненаглядном» конкурса «Био/Мол/Текст»-2020/2021.

---

Генеральный партнер конкурса — ежегодная биотехнологическая конференция BiotechClub, организованная международной инновационной биотехнологической компанией BIOCAD.

---

Спонсор конкурса — компания SkyGen: передовой дистрибьютор продукции для life science на российском рынке.

---

Спонсор конкурса — компания «Диаэм»: крупнейший поставщик оборудования, реагентов и расходных материалов для биологических исследований и производств.

---

«Книжный» спонсор конкурса — «Альпина нон-фикшн»

Словарь для пояснения терминов, которые упомянуты в комиксе

Геном

вся генетическая информация, которая располагается в клетке живого организма (но геном есть и у любого вируса). Сюда входят и ядерная ДНК, и митохондриальная, и пластидная (у растений и некоторых простейших). В очень общем приближении можно считать, что каждая соматическая (не половая) клетка одного определенного организма обладает идентичным геномом с любой другой не половой клеткой этого же организма.

Дифференциальная экспрессия генов

различие в экспрессии генов между разными клетками, тканями (в том числе на разных стадиях развития) как одного, так и разных организмов.

Личинка (эхиноплютеус)

планктонная личинка морского ежа.

Метилирование

эпигенетическая модификация молекулы ДНК, при которой к цитозину, находящемуся в CpG-динуклеотиде, присоединяется метильная группа CH₃. Сама последовательность ДНК не изменяется, но изменяется возможность «считывания» ДНК в данной позиции.

Нейрохимия

раздел биохимии, который изучает химические и клеточные механизмы деятельности нервной системы.

Пурпурный ёж Strongylocentrotus purpuratus

модельный организм, который широко используется в исследованиях в нейробиологии, биологии развития, иммунологии, эволюционной биологии, клеточной биологии, биологии старения и многих других научных дисциплинах. Это свободноживущее подвижное морское беспозвоночное животное, обладающее целым рядом преимуществ. Оно удивительно долгоживущее (более 50 лет!), плодовитое (производит до миллионов гамет каждый год), очень простое и удобное в содержании в лабораторных условиях.

Тирозинкиназа

фермент, который переносит фосфатную группу от молекулы АТФ к тирозиновым остаткам белков, находящимся внутри клетки.

Транскриптом

все транскрипты, то есть и матричные РНК, и некодирующие РНК, синтезируемые клеткой. Как раз разница в числе транскриптов и обусловливает дифференциальную экспрессию генов, указанную в словаре выше.

Фенотип

совокупность внешних и внутренних признаков организма, опосредованных и генотипом, и внешней средой.

Фенотипическая пластичность

способность организма к проявлению разных фенотипов в отличающихся условиях окружающей среды. Важно, что генотип остается неизменным. Кстати, при этом эпигенетические модификации у организмов в разных условиях могут различаться, и как раз играть роль в фенотипической пластичности.

Экспрессия генов

преобразование наследственной информации, хранящейся в ДНК (геноме), в функциональный генный продукт — РНК или белок.

Эпигенетическая модификация

это модификация ДНК, приводящая к «включению» или «выключению» генов, но не изменяющая саму последовательность ДНК.

KCl

хлорид калия, индуцирует (вызывает) нерест морского ежа [1].

Литература

1. Charrid Resgalla Jr., Juliana Cristina Friedrichsen, Rafael Camargo Souza, Danielle Cristina Vieira, Karoliny Deucher, Marcus Adonai Castro da Silva. (2020). Assessment of sea urchin spawning induction and oocyte conservation applied to ecotoxicological assays. Ocean Coast. Res.. 68;
2. Justin D. Pretorius, James L. L. Lichtenstein, Erika J. Eliason, Adrian C. Stier, Jonathan N. Pruitt. (2019). Predator‐induced selection on urchin activity level depends on urchin body size. Ethology. 125, 716-723;
3. Charles A. Ettensohn. (2017). Sea Urchins as a Model System for Studying Embryonic Development. Reference Module in Biomedical Sciences;
4. Q. Tu, R. A. Cameron, K. C. Worley, R. A. Gibbs, E. H. Davidson. (2012). Gene structure in the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus based on transcriptome analysis. Genome Research. 22, 2079-2087;
5. Jeannette Loram, Andrea Bodnar. (2012). Age-related changes in gene expression in tissues of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. Mechanisms of Ageing and Development. 133, 338-347;
6. David A. Scholnick, Alexandra E. Winslow. (2020). The role of fasting on spine regeneration and bacteremia in the purple sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. PLoS ONE. 15, e0228711;
7. Keegan Lutek, Rasmeet Singh Dhaliwal, Terence J. Van Raay, Andreas Heyland. (2018). Sea urchin histamine receptor 1 regulates programmed cell death in larval Strongylocentrotus purpuratus. Sci Rep. 8;
8. Noriyuki Satoh, David L. Garbers. (1985). Protein tyrosine kinase activity of eggs of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus: The regulation of its increase after fertilization. Developmental Biology. 111, 515-519;
9. Natalie J. Wood, Teresa Mattiello, Matthew L. Rowe, Lizzy Ward, Margherita Perillo, et. al.. (2018). Neuropeptidergic Systems in Pluteus Larvae of the Sea Urchin Strongylocentrotus purpuratus: Neurochemical Complexity in a “Simple” Nervous System. Front. Endocrinol.. 9;
10. M.E. Strader, J.M. Wong, L.C. Kozal, T.S. Leach, G.E. Hofmann. (2019). Parental environments alter DNA methylation in offspring of the purple sea urchin, Strongylocentrotus purpuratus. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology. 517, 54-64;
11. Echinobase: The Echinoderm resource.