http://galachem.ru/akcii-i-rasprodazhi/mn_nucleozol-2017/
Оглавление

Цисгеномика: новое слово в селекции растений

  • 905
  • 2,5
  • 0
  • 1
Добавить в избранное
Такой натюрморт можно вырастить с помощью разных технологий или вовсе без них. Но, одинаковые на картинке, плоды могут обладать разительно отличающимися вкусовыми и питательными свойствами, устойчивостью к порче и т.д. На их «разработку» и выращивание можно потратить десятилетия и тонны пестицидов, а можно... Впрочем, нет, у нас — пока нельзя.

Статья на конкурс «био/мол/текст»: Испокон веков люди пытаются улучшить урожаи сельскохозяйственных культур. Статья повествует о том, какими средствами пользовались селекционеры на протяжении развития растениеводства, а особое внимание уделяется одному из самых современных и многообещающих методов молекулярной генетики растений — цисгеномике. Пора узнать, чем отличаются трансгенные организмы от цисгенных!

От неосознанного отбора к направленной селекции и генетической модификации растений

С незапамятных времен люди стремились улучшить качество и свойства используемых растений. Для этого они выбирали лучшие плоды и самые крупные зерна, бессознательно изменяя растения в нужном направлении. С развитием генетики, открывшей законы наследственности и изменчивости, появилась возможность осознанно управлять передачей необходимых признаков. Экспериментаторы поняли, что методом простого отбора человек не может получить принципиально новых свойств у разводимых организмов, так как при отборе можно выделить только те генотипы, которые уже существуют в популяции. Поэтому для получения новых сортов растений стали применять гибридизацию — скрещивание организмов с желаемыми признаками. Несмотря на то, что этот метод используется уже более века, процесс создания новых сортов остается очень трудоемким и требует многих лет напряженной работы. Современное сельское хозяйство испытывает острую необходимость в новых сортах, отличающихся устойчивостью к воздействию биотических и абиотических факторов окружающей среды, высокой продуктивностью и продолжительными сроками хранения урожая. На сегодняшний день показано, что такими качествами обладают дикие предки культивируемых растений. Чтобы передать их «полезные» гены современным сортам, необходимо проведение межвидового скрещивания, которое технологически сложнее и возможно далеко не для всех культур в силу генетической несовместимости.

Выход из этой ситуации появился с развитием генетической инженерии, которая сделала возможным перенос генов из одного организма в другой.

Различные виды генетически модифицированных растений

Генетически модифицированный организм (ГМО) — организм, генотип которого был целенаправленно изменен при помощи методов генной инженерии *. Основными способами биотехнологического изменения генома растений являются: искусственный мутагенез (физический и химический), трансгенез — введение гена неродственного организма, интрагенез — введение гена самогό организма или его «выключение», а также цисгенез — введение гена близкородственного вида, с которым возможно природное скрещивание.

* — На биомолекуле можно найти и размышления о пользе/вреде ГМ-растений, и «рецептуру приготовления» ГМ-риса и даже стратегии создания растительных фабрик: «Трансгенные растения — спасители планеты или бомбы замедленного действия?» [1], «Готовим ГМ-рис вместе» [2], «Растения-биофабрики» [3]. — Ред.

В 1994 году появилось первое коммерческое генно-инженерное растение — томат Flavr Savr [1, 4]. Вслед за этим стали активно создаваться трансгенные растения, устойчивые к биотическим и абиотическим факторам среды. (Отметим, что трансгенным считают такой организм, в геном которого искусственно введен ген, который не может быть приобретен при естественном скрещивании.) Ученые нашли необходимые гены устойчивости в геномах бактерий и насекомых и перенесли их в растительные организмы [5]. Обывателю покажется, что это достаточно рискованно, потому что, на первый взгляд, в природе такого быть не может (хотя есть и исключения — например, почвенная бактерия Agrobacterium tumefaciens переносит свои гены в растительные клетки для получения необходимых метаболитов).

Другая проблема, с которой связано получение трансгенных растений, — это использование антибиотиков. Для того чтобы узнать, попал ли интересующий ученых ген в геном растительной клетки, необходим некий маркер (репортер), который отделит клетки с внедрившимся чужеродным геном от неудачных образцов. Такими репортерами и являются гены, кодирующие устойчивость к антибиотикам. Клетки, подвергшиеся изменениям, высаживают на среду с антибиотиком, и, если они остались живы, значит, ген устойчивости проник в их геном, а с ним — и наш целевой ген. Несмотря на то, что трансгенные растения являются мощным фактором развития сельского хозяйства и экономики, возможность их использования провоцирует широкое общественное обсуждение.

Принимая во внимание всеобщую обеспокоенность биологической безопасностью трансгенных продуктов питания, в настоящее время активно разрабатывается новый подход для модификации сортов растений — цисгенез [5–7].

Применение геномного секвенирования сельскохозяйственно-значимых культур, таких как кукуруза, картофель, рис, и разработка эффективных технологий выделения новых генов расширили границы возможностей улучшения сельскохозяйственных культур. В последние десятилетия описан широкий круг генов, кодирующих важные качественные и количественные признаки как самих сельскохозяйственных культур, так и их дикорастущих родственников. Эти гены выделены и перенесены в геномы элитных сортов. Полученные в результате таких манипуляций растения называют цисгенными, чтобы отделить их от понятия трансгенов [5].

Цисгенез — такая технология генетической модификации рекомбинантной ДНК, при которой манипуляция происходит с использованием ДНК того же или близкородственного вида растения, с которым возможен половой процесс [8]. В отличие от трансгенных, такие растения не содержат гены неродственных организмов и гены устойчивости к антибиотикам (рис. 1). Это дает возможность ожидать, что общество с большей легкостью воспримет цисгенные растения, нежели трансгенные. Так, опрос в штате Миссисипи показал, что 81% респондентов готов употреблять в пищу цисгенные растения, в то время как лишь 14-23% согласны на трансгенные [5].

Таблица 1. Характеристики различных подходов генетической модификации
ТрансгенезЦисгенезИнтрагенез
  • Для внедрения в геном растения используются гены любого организма (растения, бактерий, насекомых и др.)
  • Ген редактируется, изменяется
  • Используются маркерные гены
  • Используется ген близкородственного вида, с которым возможно природное скрещивание
  • Все компоненты гена (промотор, интроны и терминатор) сохраняются в природной форме
  • Селекционные маркеры удаляются
  • Ген и его регуляторные элементы могут принадлежать самому растению или видам, с которыми возможно перекрестное опыление
  • Последовательность основных элементов может быть изменена
  • Возможно выключение гена
  • Селекционные маркеры удаляются
Виды изменений генома

Рисунок 1. Изменение генома при классической селекции, трансгенезе и цисгенезе.

Цисгенез = классическая селекция?

Современное состояние вопроса о повышении качества и урожайности сельскохозяйственных растений можно объяснить на примере такой стратегически важной культуры, как картофель.

Представим себе, что у нас есть элитный сорт картофеля, который дает прекрасный — качественный и обильный — урожай, но подвержен инфекционным заболеваниям. А еще нам известно, что есть вид дикого картофеля, который не дает никакого съедобного урожая, но при этом устойчив к болезням. Первым делом мы пытаемся выяснить, что в геноме дикого вида определяет его устойчивость (см. врезку). Возможности современной молекулярной генетики и геномики растений позволяют нам найти тот ген, который отвечает за устойчивость, выделить его открытую рамку считывания и участок ДНК, контролирующий его экспрессию, вырезать их, клонировать и внедрить в геном нашего элитного сорта, не внося никаких кардинальных изменений ни в геном сорта, ни в нуклеотидную последовательность гена, которой мы оперируем. Таким образом, если наши манипуляции прошли успешно, мы получаем исходный элитный сорт картофеля, который так же дает прекрасные клубни, но при этом не подвержен заражению паразитами, и мы не теряем урожай.

На сегодняшний день цисгеномика является альтернативным подходом, а основным инструментом создания новых сортов растений остаются классические методы селекции. Для этого мы скрещиваем наш элитный сорт с диким видом картофеля, получаем гибрид, у которого половина генетического материала происходит от исходного элитного сорта, а половина — от дикого предка. Таким образом мы приобретаем устойчивый к паразитам гибрид. Заметим, что мы при этом теряем половину полезных генов, которые были у элитного сорта, и наш новый гибрид не дает такого обильного и вкусного урожая, который долго хранится и не боится холодов. Более того, помимо желаемого гена устойчивости от дикого предка наш гибрид получает еще тысячи ненужных (а возможно, и опасных) сцепленных с ним генов, продукты которых могут оказаться токсичными. Подобная ситуация нас не устраивает, и мы проводим так называемое «обратное насыщающее скрещивание»: пытаемся вернуть нашему гибриду «утерянные» гены элитной родительской формы. Для этого мы опять скрещиваем наш гибрид с элитным сортом, тем самым «разбавляя» его генόм. И так множество раз. Заметим, что после каждого скрещивания должно пройти достаточно времени, чтобы новый гибрид вырос и дал урожай. В результате процесс классической селекции обычно затягивается на десятки лет.

Если вы всё еще против генетически модифицированных растений, представим следующую ситуацию: у нас есть элитный сорт картофеля, единственным слабым местом которого является подверженность заболеваниям. Классическая селекция отнимает слишком много сил и времени и не дает надежного результата, а генетически модифицированные растения не внушают доверия. Даже в этой ситуации есть альтернатива! Химическая промышленность изобрела огромное количество разнообразных пестицидов, которые защитят наш картофель от болезней. Этот путь самый простой и самый опасный: загрязнение окружающей среды химическими реагентами может привести к катастрофическим последствиям (см. врезку).


Таблица 2. Сравнение современных методов улучшения продуктивности растений.
МетодПринцип методаДостоинстваНедостатки
Классическая селекцияГибридизацияМногократные скрещивания видов или сортов с интересующими селекционера признаками с дальнейшим искусственным отборомПроверено временем, не вызывает опасений в обществеТребует больших временных затрат (от трех до 15 лет)
Скрещивание возможно не для всех растений
Искусственный мутагенезФизическая (радиация) и химическая (супермутагены) обработка семян растений и самих растений с дальнейшим жестким отборомОбразование новых признаков и свойствТребует больших временных затрат
Низкая продуктивность, опасность для здоровья экспериментатора
ГМОТрансгенезГен, определяющий хозяйственно важные признаки, переносится в геном изменяемого растения из бактерии, насекомого или другого неродственного организмаСуществует большое разнообразие потенциально полезных генов, которые можно перенести в культурные растенияВызывает опасения в обществе
ИнтрагенезУлучшение свойств растения за счет внедрения в его геном дополнительной копии своего же гена (сверхэкспрессия)Не используются чужеродные геныМало потенциально значимых генов в геноме самого растения, при этом многие признаки могут иметь полигенную природу
ЦисгенезВ геном элитного сорта переносится ген из близкородственного вида растения, с которым потенциально возможно скрещивание в природеРезультат метода абсолютно аналогичен классической селекционной работе, но при этом существенно экономит время и гарантирует отсутствие попадания в геном нежелательных сцепленных генов растения-донораКруг интересных хозяйственно важных генов меньше по сравнению с трансгенными растениями
Другие способы повышения продуктивности растенийХимические реагентыХимические реагенты распыляются в большом количестве на поля и напрямую убивают вредителей растений (бактерий, грибы, сорняки и насекомых), тем самым повышая урожайностьСкоростьНаносится существенный вред окружающей среде, нарушается баланс в природе. Химические вещества накапливаются в растениях и продуктах питания, в результате попадая в организм потребителей
Биологические способыОбработка тепличных растений
  • бактериофагами — против бактериальных болезней,
  • «полезными» микроорганизмами — против насекомых
  • насекомыми, питающимися насекомыми-вредителями (например, божьи коровки питаются тлей)
БезопасностьВысокая стоимость

Итак, цисгенные растения, главной целью создания которых является перенесение генов устойчивости в коммерчески успешные сорта, экономят время селекционеров, не требуют применения пестицидов, не нарушают экосистему, затраты на их выращивание минимальны, а урожай максимальный. В 2012 году Европейское агентство по безопасности продуктов питания (EFSA) опубликовало доклад, в котором сравнивался потенциальный вред растительных продуктов, полученных различными способами. В результате был сделан вывод о том, что риски, связанные с употреблением цисгенных растений и сортов, полученных методами классической селекции, сопоставимы [17].

Однако формально цисгенные растения подходят под определение генетически модифицированных организмов. В России правовое регулирование данной области базируется на Федеральном законе от 05.07.1996 № 86-ФЗ «О государственном регулировании в области генно-инженерной деятельности». В 2015 году правительство приняло законопроект об отказе от применения технологий генетической модификации при производстве продуктов питания. Если ситуация изменится, использование этой технологии приведет к бурному развитию сельского хозяйства.

Литература

  1. Трансгенные растения — спасители планеты или бомбы замедленного действия?;
  2. Готовим ГМ-рис вместе;
  3. Растения-биофабрики;
  4. Википедия: «Flavr Savr» (англ.);
  5. Telem R.S., Wani S.H., Singh N.B., Nandini R., Sadhukhan R., Bhattacharya S., Mandal N. (2013). Cisgenics — a sustainable approach for crop improvement. Curr. Genomics. 14, 468–476;
  6. Jacobsen E. and Schouten H.J. (2008). Cisgenesis, a new tool for traditional plant breeding, should be exempted from the regulation on genetically modified organisms in a step by step approach. Potato Research51, 75–88;
  7. Espinoza C., Schlechter R., Herrera D., Torres E., Serrano A., Medina C., Arce-Johnson P. (2013). Cisgenesis and intragenesis: new tools for improving crops. Biol. Res. 46, 323–331;
  8. Schouten H.J., Krens F.A., Jacobsen E. (2006). Cisgenic plants are similar to traditionally bred plants: international regulations for genetically modified organisms should be altered to exempt cisgenesis. EMBO Rep. 7, 750–753;
  9. Ellis J. and Jones D. (1998). Structure and function of proteins controlling strain-specific pathogen resistance in plants. Curr. Opin. Plant Biol1, 288–293;
  10. Яды — высокоточное оружие: компьютерное исследование природных нейротоксинов;
  11. Flor H.H. (1971). Current status of the gene-for — gene concept. Ann. Rev. Phytopathol. 9, 275–296;
  12. Шамрай С.Н. (2003). Гены устойчивости растений: молекулярная и генетическая организация, функции и эволюция. Журнал общей биологии64, 195–214;
  13. Чекалин Н.М. Генетические основы селекции зернобобовых культур на устойчивость к патогенам. Полтава: Iнтерграфiка, 2003. — 186 с.;
  14. Шорохов М.Н. Рынок средств защиты растений (СЗР) в мире и России. СПб: Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 2003. — 25 с.;
  15. Куценко С.А. Основы токсикологии. М.: Фолиант, 2004. — 570 с.;
  16. Википедия: «Бхопальская катастрофа»;
  17. Andersson H.C., Arpaia S., Bartsch D., Casacuberta J., Davies H., du Jardin P. et al. (2012). Scientific opinion addressing the safety assessment of plants developed through cisgenesis and intragenesis. EFSA Journal10, 2561..

Комментарии

Вас также может заинтересовать