https://www.thermofisher.com/ru/ru/home/products-and-services/promotions/russia-promos.html?cid=PJT6312-WPR2373-russiapromos-FURL-0620-EU
Подписаться
Биомолекула

Аптамеры: графический гайд

Аптамеры: графический гайд

  • 502
  • 0,0
  • 2
  • 6
Добавить в избранное print
Обзор

Комикс на конкурс «Био/Мол/Текст»: ДНК-технологии, такие как ПЦР и секвенирование генома, изменили мир, но наука не останавливается на достигнутом и постоянно создает новое. Аптамеры — это молодая ДНК-технология, появившаяся в 90-х годах ХХ века и быстро заинтересовавшая химиков, биологов и многих междисциплинарных специалистов.

Конкурс «Био/Мол/Текст»-2020/2021

Победитель конкурса «Био/Мол/Текст»-2020/2021Эта работа заняла первое место в номинации «Наглядно о ненаглядном» конкурса «Био/Мол/Текст»-2020/2021.


BiotechClub

Генеральный партнер конкурса — ежегодная биотехнологическая конференция BiotechClub, организованная международной инновационной биотехнологической компанией BIOCAD.


SkyGen

Спонсор конкурса — компания SkyGen: передовой дистрибьютор продукции для life science на российском рынке.


«Диа-М»

Спонсор конкурса — компания «Диаэм»: крупнейший поставщик оборудования, реагентов и расходных материалов для биологических исследований и производств.


«Альпина нон-фикшн»

«Книжный» спонсор конкурса — «Альпина нон-фикшн»

Что такое аптамеры? Как это работает? Почему их называют синтетическими антителами? Экскурс в эти вопросы вы найдете на страницах комикса. Иллюстративный гайд рассказывает об основных идеях технологии аптамеров, направлениях исследований и развития в этой области. Комикс будет интересен как специалистам, работающим в смежных областях, так и читателям, более далеким от молекулярной биологии.

Комикс в формате pdf.

Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Аптамеры: графический гайд
Таблица. Для дальнейшего чтения: примеры мишеней и соответствующих аптамеров
Класс мишениПримерИсточник
Белки Фибриноген [8]
Белок Tat вируса иммунодефицита человека (HIV-1) [9]
Рицин [10]
Пептиды Аргинин-вазопрессин [11]
Нейропептид Y [12]
Пептидогликан [13]
Неорганические ионы Никель(II) [14]
Арсенат- и арсенит-анионы [15]
Кадмий(II) [16]
Малые органические молекулы Холевая кислота [17]
Бисфенол А [18]
Кокаин [19]
Полисахариды (1→3)-β-D-глюкан (курдлан) [20]
Липополисахарид (ЛПС) [21]
Целлобиоза [22]
Вирусы Вирус гепатита С (неструктурный белок 3) [23]
Вирус человеческого гриппа (белок гемагглютинин) [24]
Норовирусы человека (HuNoV) [25]
Клетки Клетки гепатоцеллюлярной карциномы человека (LH86) [26]
Мелкоклеточный рак легкого [27]
Lactobacillum acidophilius [28]
Ткани Ткани рака груди и клетки MCF7 [29]
Метастазы рака кишечника в мышах (p68, РНК-хеликаза) [30]

Литература

  1. Kyung-Mi Song, Seonghwan Lee, Changill Ban. (2012). Aptamers and Their Biological Applications. Sensors. 12, 612-631;
  2. Sergey A. Lapa, Alexander V. Chudinov, Edward N. Timofeev. (2016). The Toolbox for Modified Aptamers. Mol Biotechnol. 58, 79-92;
  3. Jiehua Zhou, John Rossi. (2017). Aptamers as targeted therapeutics: current potential and challenges. Nat Rev Drug Discov. 16, 181-202;
  4. Shunxiang Gao, Xin Zheng, Binghua Jiao, Lianghua Wang. (2016). Post-SELEX optimization of aptamers. Anal Bioanal Chem. 408, 4567-4573;
  5. Andrew Kinghorn, Lewis Fraser, Shaolin Liang, Simon Shiu, Julian Tanner. (2017). Aptamer Bioinformatics. IJMS. 18, 2516;
  6. Наступает эра стереоизомеров;
  7. Язык программирования: «ДНК»;
  8. Minyong Li, Na Lin, Zhen Huang, Lupei Du, Craig Altier, et. al.. (2008). Selecting Aptamers for a Glycoprotein through the Incorporation of the Boronic Acid Moiety. J. Am. Chem. Soc.. 130, 12636-12638;
  9. Rika Yamamoto, Masato Katahira, Satoshi Nishikawa, Tadashi Baba, Kazunari Taira, Penmetcha K. R. Kumar. (2000). A novel RNA motif that binds efficiently and specifically to the Tat protein of HIV and inhibits the trans -activation by Tat of transcription in vitro and in vivo. Genes to Cells. 5, 371-388;
  10. Jijun Tang, Jianwei Xie, Ningsheng Shao, Yan Yan. (2006). The DNA aptamers that specifically recognize ricin toxin are selected by twoin vitro selection methods. Electrophoresis. 27, 1303-1311;
  11. K. P. Williams, X.-H. Liu, T. N. M. Schumacher, H. Y. Lin, D. A. Ausiello, et. al.. (1997). Bioactive and nuclease-resistant L-DNA ligand of vasopressin. Proceedings of the National Academy of Sciences. 94, 11285-11290;
  12. Daniela Proske, Martin Höfliger, Richard M. Söll, Annette G. Beck-Sickinger, Michael Famulok. (2002). A Y2 Receptor Mimetic Aptamer Directed against Neuropeptide Y. Journal of Biological Chemistry. 277, 11416-11422;
  13. Iêda Mendes Ferreira, Camila Maria de Souza Lacerda, Lígia Santana de Faria, Cristiane Rodrigues Corrêa, Antero Silva Ribeiro de Andrade. (2014). Selection of Peptidoglycan-Specific Aptamers for Bacterial Cells Identification. Appl Biochem Biotechnol. 174, 2548-2556;
  14. Hofmann H. P., Limmer S., Hornung V., Sprinzl M. (1997). Ni2+-binding RNA motifs with an asymmetric purine-rich internal loop and a G-A base pair. RNA (New York, N.Y.). 3(11), 1289–1300;
  15. Mina Kim, Hyun-Ju Um, SunBaek Bang, Sang-Hee Lee, Suk-Jung Oh, et. al.. (2009). Arsenic Removal from Vietnamese Groundwater Using the Arsenic-Binding DNA Aptamer. Environ. Sci. Technol.. 43, 9335-9340;
  16. Yuangen Wu, Shenshan Zhan, Lumei Wang, Pei Zhou. (2014). Selection of a DNA aptamer for cadmium detection based on cationic polymer mediated aggregation of gold nanoparticles. Analyst. 139, 1550-1561;
  17. Teru Kato, Taro Takemura, Kazuyoshi Yano, Kazunori Ikebukuro, Isao Karube. (2000). In vitro selection of DNA aptamers which bind to cholic acid. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Structure and Expression. 1493, 12-18;
  18. Minjoung Jo, Ji-Young Ahn, Joohyung Lee, Seram Lee, Sun Woo Hong, et. al.. (2011). Development of Single-Stranded DNA Aptamers for Specific Bisphenol A Detection. Oligonucleotides. 21, 85-91;
  19. Milan N. Stojanovic, Paloma de Prada, Donald W. Landry. (2001). Aptamer-Based Folding Fluorescent Sensor for Cocaine. J. Am. Chem. Soc.. 123, 4928-4931;
  20. Swee Yang Low, Jane E. Hill, Jordan Peccia. (2009). DNA aptamers bind specifically and selectively to (1→3)-β-d-glucans. Biochemical and Biophysical Research Communications. 378, 701-705;
  21. J.L. Ding, S.T. Gan, B. Ho. (2009). Single-Stranded DNA Oligoaptamers: Molecular Recognition and LPS Antagonism Are Length- and Secondary Structure-Dependent. J Innate Immun. 1, 46-58;
  22. Q. Yang, I. J. Goldstein, H.-Y. Mei, D. R. Engelke. (1998). DNA ligands that bind tightly and selectively to cellobiose. Proceedings of the National Academy of Sciences. 95, 5462-5467;
  23. Kotaro Fukuda, Daesety Vishnuvardhan, Satoru Sekiya, Joonsung Hwang, Nobuko Kakiuchi, et. al.. (2000). Isolation and characterization of RNA aptamers specific for the hepatitis C virus nonstructural protein 3 protease. European Journal of Biochemistry. 267, 3685-3694;
  24. Tomoko S. Misono, Penmetcha K.R. Kumar. (2005). Selection of RNA aptamers against human influenza virus hemagglutinin using surface plasmon resonance. Analytical Biochemistry. 342, 312-317;
  25. Blanca I. Escudero-Abarca, Soo Hwan Suh, Matthew D. Moore, Hari P. Dwivedi, Lee-Ann Jaykus. (2014). Selection, Characterization and Application of Nucleic Acid Aptamers for the Capture and Detection of Human Norovirus Strains. PLoS ONE. 9, e106805;
  26. Ling Meng, Liu Yang, Xiangxuan Zhao, Lucy Zhang, Haizhen Zhu, et. al.. (2012). Targeted Delivery of Chemotherapy Agents Using a Liver Cancer-Specific Aptamer. PLoS ONE. 7, e33434;
  27. Hui William Chen, Colin D. Medley, Kwame Sefah, Dihua Shangguan, Zhiwen Tang, et. al.. (2008). Molecular Recognition of Small-Cell Lung Cancer Cells Using Aptamers. ChemMedChem. 3, 991-1001;
  28. Camille L. A. Hamula, Hongquan Zhang, Le Luo Guan, Xing-Fang Li, X. Chris Le. (2008). Selection of Aptamers against Live Bacterial Cells. Anal. Chem.. 80, 7812-7819;
  29. Shaohua Li, Hua Xu, Hongmei Ding, Yanping Huang, Xiaoxiao Cao, et. al.. (2009). Identification of an aptamer targeting hnRNP A1 by tissue slide‐based SELEX. J. Pathol.. 218, 327-336;
  30. Jing Mi, Yingmiao Liu, Zahid N Rabbani, Zhongguang Yang, Johannes H Urban, et. al.. (2010). In vivo selection of tumor-targeting RNA motifs. Nat Chem Biol. 6, 22-24.
https://www.dia-m.ru/news/programma-vebinarov-i-meropriyatiy-diaem/

Комментарии