Подписаться
Ekaterina Dagkesamanskaya

Ekaterina Dagkesamanskaya 0,0

  • Пространственно-временное моделирование в биологии Обзор
    «Сухая» биология Процессы
    Пространственно-временное моделирование в биологии
    7571 3,7
    Долгое время биология была описательной и феноменологической наукой, мало приспособленной для прогнозирования и рационализации наблюдаемых явлений. С появлением компьютерной техники математика, наконец, стала осваиваться на такой, на первый взгляд, от нее далекой территории. Изначально, наиболее востребованными в биологии были методы математической статистики, которые позволяют корректно обработать данные экспериментов и оценить статистическую значимость делаемых выводов. Однако со временем, с подачи химии и физики (или биохимии и биофизики) в биологии стали использоваться сложные математические модели, позволяющие не только обрабатывать данные реальных экспериментов, но и способные предсказывать протекание биологических процессов в ходе виртуальных (in silico) экспериментов. Вниманию читателей предлагается перевод статьи Иво Сбальцарини, переработанной специально для «Биомолекулы» и рассказывающей о современных подходах в компьютерном пространственно-временнóм моделировании биологических систем.
    3 Анна Кизилова 01 августа 2012
  • Семья — женское изобретение Новость
    «Сухая» биология Антропология Вопросы пола Эволюционная биология Этология
    Семья — женское изобретение
    1696 0,3
    Согласно социалистической доктрине, семья — это ячейка общества. Однако даже если отвлечься от этого официоза, само понятие семьи неразрывно связано со всей историей человечества. Впрочем, семья существовало не всегда, и на примере большинства животных (включая приматов) мы видим, что можно обходиться и без этого. Большинство эволюционных биологов сходится на том, что становлению человечества как вида сопутствовал переход от полигамии к моногамным отношениям, которые и находятся в основе института семьи. Результаты недавно проведенного математического моделирования показывают, что решающим фактором в этом изменении предпочтений мог стать выбор женщин, которые предпочли отдавать свое сердце не альфа-самцам, а более заботливым и постоянным спутникам жизни.
    11 Антон Чугунов 12 июля 2012
  • Калиевый канал <em>in silico</em> Новость
    «Сухая» биология Ионные каналы Структурная биология
    Калиевый канал in silico
    4156 2,0
    Несмотря на то, что за несколько десятилетий существования метода моделирования молекулярной динамики (МД) сущность подхода практически не поменялась, совершенствование алгоритмов и взрывное развитие компьютерных мощностей позволяет достигать все новых рубежей. Американские исследователи провели моделирование МД потенциал-чувствительного калиевого канала, в результате чего удалось в деталях проследить процесс активации / инактивации этого белка, «рассмотрев» подробности, ранее известные лишь гипотетически.
    9 Антон Чугунов 01 мая 2012
  • Упреки в нарциссомике Новость
    «Сухая» биология Биотехнологии Генетика Диагностика Персонализированная медицина
    Упреки в нарциссомике
    1171 0,6
    Последнее десятилетие в биологических науках было ознаменовано взрывным развитием геномных технологий и появлением способов собирать почти астрономические объемы данных о молекулярных особенностях организма. Однако ученые до сих пор не могут похвастать тем, что ориентируются в этом океане данных, хотя в нем, несомненно, «растворена» информация о предрасположенности к заболеваниям и другие важные для медицины, здравоохранения и даже криминалистики сведения. Американские исследователи положили начало по-настоящему персональной геномике, идентифицировав на основе анализа огромного количества молекулярной информации начинающийся у своего руководителя сахарный диабет 2-го типа.
    2 Антон Чугунов 17 марта 2012
  • «Био/мол/текст»-2011
    Лучший обзор
    Формирование мембранного потенциала покоя
    Обзор
    Ионные каналы Нейробиология
    Формирование мембранного потенциала покоя
    87812 40,4
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: Потенциал покоя — это важное явление в жизни всех клеток организма, и важно знать, как он формируется. Однако это сложный динамический процесс, трудный для восприятия целиком, особенно для студентов младших курсов (биологических, медицинских и психологических специальностей) и неподготовленных читателей. Впрочем, при рассмотрении по пунктам, вполне возможно понять его основные детали и этапы. В работе вводится понятие потенциала покоя и выделяются основные этапы его формирования с использованием образных метафор, помогающих понять и запомнить молекулярные механизмы формирования потенциала покоя.
    30 Вячеслав Фёдорович Сазонов 01 ноября 2011
  • Ахиллесова пята биологической сложности Новость
    «Сухая» биология Биомолекулы Структурная биология Эволюционная биология
    Ахиллесова пята биологической сложности
    2106 1,0
    Сложность устройства биомолекулярных систем многократно возрастает в ряду прокариоты → одноклеточные эукариоты → многоклеточные эукариоты, — и одновременно на многие порядки снижается размер популяций. Чем более высоко развит организм, тем сложнее устроена сеть взаимодействий белковых молекул между собой, — и, по-видимому, само возникновение многоклеточности обязано замысловатым белок–белковым взаимодействиям. Оригинальное компьютерное исследование структурной стабильности родственных белков из различных групп организмов показывает, что эта сложность может быть следствием не эволюционных адаптаций, а «залатыванием» белковых дефектов, постепенно накапливающихся в популяциях ограниченного размера под действием генетического дрейфа.
    7 Антон Чугунов 30 мая 2011
  • За пределами порядка Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Структурная биология
    За пределами порядка
    3377 1,7
    Несмотря на то, что одна из догм молекулярной биологии утверждает необходимость существования уникальной упорядоченной структуры молекулы белка для воплощения его функции, многие из белков функционируют и прекрасно себя «чувствуют» в состоянии полного «беспорядка». Исследования последних лет показывают, что такие неструктурированные белки отнюдь не исключение, а вполне себе правило.
    7 Антон Чугунов 20 марта 2011
  • Компьютерные игры в молекулярную биофизику биологических мембран Обзор
    «Сухая» биология Биомембраны Биофизика Структурная биология
    Компьютерные игры в молекулярную биофизику биологических мембран
    6594 2,0
    Двадцатый век стал веком междисциплинарных исследований, когда грань между «классическими» науками практически стёрлась. В XXI столетии тенденция усиливается — слияние «обычной» (хотя тоже междисциплинарной!) молекулярной биофизики и того, что по-английски называют theoretical computer science, породило необыкновенную область — компьютерный, или in silico, эксперимент. В этой статье рассказывается о методической подоплёке подхода in silico и о его конкретном использовании для имитационного изучения «жизни» биологических мембран и населяющих их белковых молекул.
    4 Антон Чугунов 23 ноября 2010
  • Перевалило за тысячу: третья фаза геномики человека Новость
    Генетика ДНК Персонализированная медицина Секвенирование ДНК
    Перевалило за тысячу: третья фаза геномики человека
    2917 1,4
    Лишь десять лет назад всего двух пальцев было достаточно, чтобы сосчитать отсеквенированные человеческие геномы. В прошлом году для этого нужны были уже пальцы двух рук. Однако сейчас уже непонятно, найдётся ли нужное количество пальцев в роте солдат, чтобы продолжать вести такой подсчёт. Исследовательский консорциум «1000 геномов» сообщает о завершении «пилотной» фазы проекта, в которой получено 179 полных генетических последовательностей, ещё для почти 700 индивидуумов «прочли» только кодирующие участки ДНК, а для двух групп родители–ребёнок (получается, ещё шесть геномов) секвенирование выполнили с особенной тщательностью, чтобы изучить скорость возникновения мутаций. Персональная генетическая медицина всё продолжает приближаться.
    6 Антон Чугунов 29 октября 2010
  • Криминальное чтиво, в <em>Nature</em> Обзор
    Биология Карьера Мнения Образование Онкология
    Криминальное чтиво, в Nature
    1509 0,8
    В сентябре в мировом лидере научной периодики — журнале Nature — вышла статья о выявлении факта сознательного вредительства в небольшой американской научной лаборатории. То, что в Америке всё идет вкривь и вкось — и школьники стреляют, и машины угоняют, и медицинская страховка дорожает — это и так все знают. И вот в ещё одной лаборатории пост-док пойман на сознательной порче результатов аспирантки. Возникает вопрос — зачем же писать о таком банальном происшествии в уважаемом научном журнале? А дело в том, что проблема честности в науке сейчас встаёт особенно остро, и бороться с ней собираются самыми серьёзными способами, включая, кажется, и полицию.
    9 Петр Старокадомский 20 октября 2010