https://www.dia-m.ru/news/ngs-eto-ne-tolko-illumina/?utm_source=biomolecula&utm_medium=banner_top&utm_campaign=genolab_jan_23
Подписаться
Оглавление

Содержание

  1. Молекулярка
    1. Статья с опровержением открытия (то есть про отрицательный результат) в Nature! И другие слова в описании не нужны
    2. И Т-лимфоцит не пройдет
  2. Генетика
    1. Спустя почти 30 лет после проекта «Геном человека» стартует новый проект про геном человека
    2. Редкие «мутационные подписи»
    3. Как разные млекопитающие накапливают мутации
  3. Цитология
    1. Миграция в «плотных» тканях
  4. Орнитология
    1. Городское освещение вредит птицам
  5. Медицина
    1. Иногда, чтобы вылечить, нужно добавить еще мутаций
  6. Палеонтология
    1. Птерозавры были с перьями еще когда это не было мейнстримом
  7. Вирусология
    1. Новая мРНК вакцина от COVID-19
    2. Ловушка для Омикрона
  8. Экология и эволюция
    1. Человек влияет на естественный отбор в популяциях лососей
    2. Утки и кулики тоже хотят внимания!
  9. Климат
    1. Совсем другая причина влияет на ускорение океанических течений
    2. Когда ловить и охранять рыб — расскажет климатическая модель
Биомолекула

SciNat за апрель 2022 #4: проект «Пангеном человека», пернатые птерозавры и отбор лососей

SciNat за апрель 2022 #4: проект «Пангеном человека», пернатые птерозавры и отбор лососей

  • 370
  • 0,0
  • 1
  • 4
Добавить в избранное print
Дайджест

На протяжении всей своей жизни клетки накапливают мутации. А накопление мутаций может приводить к возникновению онкологических заболеваний и, как предполагается, влияет на старение. Но не так много сведений имелось о том, с какой скоростью накапливаются мутации у различных видов (не человека и не модельных организмов) и что на это влияет. В работе, вышедшей в Nature, изучили скорость накопления мутаций у 16 видов млекопитающих и обнаружили множество интересных фактов. О них читайте в самой статье и нашем дайджесте. — Somatic mutation rates scale with lifespan across mammals.

Новые Science и Nature принесли нам разноплановые научные истории — и отбор в популяциях лососей, и проект «Пангеном человека», и вред, наносимый птицам городским освещением, и опровержение сдвига рамки считывания в мРНК гена CCR5, «мутационные подписи», молекулярные часы и многое другое. Мы расскажем о целых пятнадцати научных статьях и заметках — надеемся, что каждый найдет здесь для себя что-то интересное!

Молекулярка

Статья с опровержением открытия (то есть про отрицательный результат) в Nature! И другие слова в описании не нужны

Во время трансляции может произойти смена рамки считывания в рамку −1 (то есть сдвиг на один нуклеотид). Это происходит в некоторых участках мРНК, которые склонны к так называемому «проскальзыванию». В результате получаются белки с уникальными, вследствие смены рамки считывания, C-концами. Как пишут авторы статьи, которая опубликована в Nature, ранее было принято считать, что данный процесс происходит в мРНК гена CCR5. А новые результаты показали, что сдвига там нет. — Evaluating ribosomal frameshifting in CCR5 mRNA decoding.

И Т-лимфоцит не пройдет

В новом исследовании стала яснее причина того, как опухолевые или инфицированные клетки могут сопротивляться уничтожению цитотоксическими Т-лимфоцитами. — ESCRT-mediated membrane repair protects tumor-derived cells against T cell attack, Resisting attack by repairing the damage, «Биомолекула»: «Т-лимфоциты: путешественники и домоседы», «Т-клетки — марионетки, или как перепрограммировать Т-лимфоциты, чтобы вылечить рак».

Генетика

Редкие «мутационные подписи»

По мере развития опухоли в ее клетках накапливаются мутации. В зависимости от различных причин, в ней могут накапливаться мутации, специфичные для конкретной причины. Их называют «подписи» или «мутационные подписи». Они могут быть вызваны, например, курением, неправильной работой той или иной системы репарации, и многим другим. Некоторые такие «подписи» уже были найдены и изучены. В новой статье проанализировали 12 222 опухолевых образца; в результате удалось показать 58 ранее неизвестных «подписи». Авторы описали их, постарались объяснить причины, по которым они появились, а также представили варианты проведения терапии для отдельных пациентов, данные которых были проанализированы во время исследования. — Substitution mutational signatures in whole-genome–sequenced cancers in the UK population, A fresh look at somatic mutations in cancer.

Как разные млекопитающие накапливают мутации

На протяжении всей своей жизни клетки накапливают мутации. Теперь стало ясно, что долгоживущие животные накапливают соматические мутации медленнее, чем виды, живущее не так долго. Потенциально это объясняет, почему риск развития онкологических заболеваний не возрастает с увеличением продолжительности жизни. В исследовании было изучено 16 видов млекопитающих — колобус, кошка, корова, собака, хорек, жираф, обыкновенная морская свинья (не путать с морской свинкой), лошадь, человек, лев, мышь, голый землекоп, кролик, крыса, лемур и тигр. Обнаруженные соматические мутации преимущественно были вызваны эндогенными причинами (например, вследствие окислительного стресса); «мутационные подписи» у других млекопитающих примерно были похожи на таковые у человека. — Somatic mutation rates scale with lifespan across mammals, Mutational clocks tick differently across species, «Биомолекула»: «Генетическое разнообразие и мутагенез взаимозависимы?», «Преодолевшие старение. Часть II. Дети подземелья».

Цитология

Миграция в «плотных» тканях

О том, как клетки могут мигрировать в «плотные» по своей структуре, сложные для проникновения, ткани во время эмбрионального развития (а также иммунного ответа или метастазирования), было известно немного. Но в новой статье получилось узнать некоторые ответы, используя для этого плодовую мушку как модельный объект. — Cell division in tissues enables macrophage infiltration, «Биомолекула»: «Модельные организмы: дрозофила».

Орнитология

Городское освещение вредит птицам

Небольшая заметка в Science посвящена тому, какой вред приносит городское освещение для птиц, приводя к их гибели. В том числе, городским освещением можно считать различные световые перформансы. В заметке рассказывается про несколько наблюдений за птицами во время таких светошоу: наблюдали за поведением птиц, подсчитывали число погибших особей. — Bright lights, big pity, «Биомолекула»: «Особенности механизмов зрения птиц».

Медицина

Иногда, чтобы вылечить, нужно добавить еще мутаций

Интересной теме посвящена заметка в Science — лечению онкологических заболеваний путем «генерации» во время химиотерапии в опухолевых клетках бóльшего числа мутаций. Предполагается, что в таком случае опухолевые клетки и ткани станут подвержены иммунной системе пациента. В заметке рассмотрены разные мнения ученого сообщества на эту тему, а также приведены ссылки на уже проведенные исследования. — Surprising strategy would fight mutant cancer cells by making more mutations.

Палеонтология

Птерозавры были с перьями еще когда это не было мейнстримом

Вполне может оказаться, что оперение было еще у птерозавров. А это означает, что появление перьев можно датировать на 150 млн лет раньше, чем принято считать. Хотя здесь нужно быть аккуратными и все хорошо проверить (как и считают многие скептично настроенные ученые). — Pterosaurs may have flaunted colorful plumage long before the reign of dinosaurs, «Биомолекула»: «Антон Нелихов: „Палеонтологи и их питомцы“» (рецензия на книгу).

Перо птерозавра

Что-то темное — это маленькое перо длиной всего в 1,5 мм, которое украшало найденного птерозавра возрастом 113 млн лет.

Вирусология

Новая мРНК вакцина от COVID-19

Состоялся небольшой релиз, посвященный новой вакцине от COVID-19. Это мРНК вакцина, которую, в отличие от двух уже зарегистрированных таких вакцин, Moderna и Pfizer-BioNTech, легче хранить и которая стоит дешевле. Во всяком случае, так утверждают ее создатели — Arcturus Therapeutics. — An mRNA vaccine with a twist—it copies itself—protects against COVID-19.

Ловушка для Омикрона

Тот факт, что вариант Омикрон коронавируса SARS-CoV-2 мог быстро распространяться в популяции, в некоторой степени обусловлен его способностью уклоняться от антител. Удалось определить, какие антитела все равно могут его нейтрализовать и почему, а также как комбинации антител могут потенциально послужить основой для разработки вакцин. — Structural basis for potent antibody neutralization of SARS-CoV-2 variants including B.1.1.529, «Биомолекула»: SARS-CoV-2.

Экология и эволюция

Человек влияет на естественный отбор в популяциях лососей

Воздействие человека на окружающую среду и животный мир может приводить к тому, что человек по сути влияет на естественный отбор, воздействующий на живые организмы. Один из таких примеров — эволюционные изменения в популяциях атлантического лосося. Как оказалось, на эти популяции осуществляется воздействие со стороны человека через рыболовство, а также через вылов видов, которые лососи используются в качестве еды, например, мойву. — Rapid evolution in salmon life history induced by direct and indirect effects of fishing, A long evolutionary reach for fishing nets.

Утки и кулики тоже хотят внимания!

Важный вопрос охраны окружающей среды поднимается в новой статье Nature. Проведенное исследование показало, что наличие охраняемых территорий, например, заповедников, позволяет увеличивать популяции водных птиц (включая гусей, уток и куликов) — но только при активном участии человека. В исследовании изучили 1506 различных охраняемых территорий и 27 055 популяций водных птиц. Только 27% популяций увеличили свою численность после создания охраняемой территории. А для 21% популяций, наоборот, дела стали хуже. Авторы исследования проверили множество причин, которые могут влиять на то, что происходит с популяциями. И оказалось, что самая важная — чтобы среда была пригодна для жизни охраняемых видов. Например, чтобы реки и озера оставались чистыми, а люди убирали растения-сорняки и устанавливали ограждения от хищников. Вроде бы и очевидно, но интересно. — Protected areas have a mixed impact on waterbirds, but management helps, Do nature reserves work? It depends on the management.

Климат

Совсем другая причина влияет на ускорение океанических течений

В заметке Science обсуждается влияние глобального потепления на океанические течения. Как оказывается, оно их ускоряет. Было показано, что некоторые из течений ускорились на 15% за период с 1990 по 2013 годы. Ранее считалось, что причина в ветрах, но новое исследование показывает, что, по всей видимости, в этом «виноват» сам океан. Из-за потепления и прогрева океанических вод, близких к поверхности, эти слои воды становятся более стратифицированными, а течение в них ускоряется. В свою очередь, само ускорение течений имеет огромное влияние на будущее нашей планеты. — Surface warming–induced global acceleration of upper ocean currents, Global warming is speeding up ocean currents. Here’s why, «Биомолекула»: «Сара Драй: „Воды мира. Как были разгаданы тайны океанов, атмосферы, ледников и климата нашей планеты“» (рецензия на книгу).

Когда ловить и охранять рыб — расскажет климатическая модель

Использование климатических моделей позволяет точно прогнозировать необычно теплые температуры вод океана — так называемые морские тепловые волны (marine heatwaves). Эта информация может быть использована в охране природы и в работе морской промышленности. — Global seasonal forecasts of marine heatwaves, Marine heatwaves are reliably forecast by climate models.

Комментарии