https://extendedlab.ru/?utm_source=utm_source%3Dbiomolecula.ru&utm_medium=utm_medium%3Dbanner&utm_campaign=utm_campaign%3Dbiomolecula&utm_content=utm_content%3Dperehod_ot_biomolekula&utm_term=utm_term%3Dbiomolecula
Подписаться
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Своя работа
    Игра в «поймай промотор»
    Обзор
    Биомолекулы ДНК РНК
    Игра в «поймай промотор»
    533 0,1
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: ДНК — не такая уж скучная и «правильная» молекула, как принято считать. На ней уживаются вместе очень непохожие последовательности — и кодирующие, и регуляторные, и повторяющиеся, и мобильные элементы генома, и невесть еще какие. Те, что не служат матрицей для синтеза белка и/или РНК, могут, тем не менее, в нем активно участвовать в другом качестве — как в случае промоторов, на которых начинается транскрипция ДНК. Предсказание положения промоторов в пока неизученных геномах имеет огромное значение для аннотации геномов и биотехнологии. И это — один из самых старых, можно сказать, «проклятых вопросов» биоинформатики, который все еще далек от окончательного решения. Как так вышло и возможно ли в принципе точно «вылавливать» промоторные последовательности ДНК — в том числе из неведомых геномов, которые нам поставляет секвенирование нового поколения?
    0 Михаил Орлов 08 апреля 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Школьная
    Что было раньше — курица или первичный бульон? Коацерваты
    Обзор
    Биомембраны Биомолекулы РНК Эволюционная биология
    Что было раньше — курица или первичный бульон? Коацерваты
    621 0,2
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Все организмы на Земле состоят из клеток, и люди достаточно много знают о них: все они окружены липидной мембраной, делятся, сильно различаются между организмами. Тем более удивительно, что до сих пор существуют проблемы с теорией того, как клетка возникла. Скорее всего, появление длинных нуклеиновых кислот предшествовало появлению первых клеток. Этот этап развития часто называют РНК-миром. Про то, как развивались нуклеиновые кислоты и чего они достигли, можно почитать — и даже посмотреть смешные комиксы. Но остается вопрос, чем-то похожий на то, как человек произошел от обезьяны: как из нуклеиновых кислот произошли клетки, и какие при этом были промежуточные стадии, и что нам это может рассказать про биологию клетки сейчас?
    0 Кирилл Вакулин 03 апреля 2024
  • Победитель «Био/мол/текст»-2023/2024
    Школьная
    Молекулярная коммутация — новый механизм регуляции генов и не только
    Обзор
    Биомолекулы ДНК Процессы
    Молекулярная коммутация — новый механизм регуляции генов и не только
    872 0,3
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Все мы давно привыкли к структуре ДНК. В этой изящной молекуле при помощи одной цепи можно однозначно восстановить вторую. Это свойство не только обеспечивает стабильность и прочность ДНК, но и делает возможными такие процессы, как репликация и транскрипция. По сути, открытие структуры ДНК положило начало современной молекулярной биологии. Однако, несмотря на всю красоту двойной спирали, нуклеотиды могут взаимодействовать и без ее образования. И нет, речь идет не про образование вторичной структуры РНК или ДНК. В новом исследовании изучалось именно взаимодействие между двумя цепями нуклеотидов как в ДНК, лишь с более короткими молекулами длинной в несколько десятков пар нуклеотидов. Только, в отличие от ДНК, связь между цепочками была не стопроцентной, то есть не все нуклеотиды подходили друг к другу.
    0 Дмитрий Козлов 02 апреля 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Своя работа
    Сиквенс лишним не бывает или Зачем мы повторно секвенируем вирусы?
    Обзор
    SARS-CoV-2 Вирусология Грипп Секвенирование ДНК
    Сиквенс лишним не бывает или Зачем мы повторно секвенируем вирусы?
    360 0,1
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: ОРВИ срывает планы, мешает жить и иногда может протекать долго и тяжело. Возбудителями сезонных простудных заболеваний является целый ряд вирусов, но особый интерес у исследователей вызывают наиболее опасные вирусы, которые могут приводить к смерти: вирусы гриппа, SARS-СoV-2 и РСВ. Но почему всего для нескольких вирусов, вызывающих ОРВИ, в базах данных можно найти 17 миллионов последовательностей геномов? Зачем исследователям повторно определять последовательности геномов вирусов? О том, что повторное секвенирование не такое уж повторное и зачем нам столько данных о генетике вирусов, читайте в этой статье.
    0 Никита Ёлшин 27 марта 2024
  • ИИ в биологии
    Как языковые модели покорили мир белков
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биотехнологии ДНК Синтетическая биология
    Как языковые модели покорили мир белков
    2100 0,6
    На фоне конкуренции между Microsoft, Google, Meta, Amazon и другими техногигантами за звание обладателя лучшего чат-бота, достижения аналогичных моделей в биохимии и структурной биологии остаются слегка за кадром. А успехи есть, и еще какие! В этой статье спецпроекта «Искусственный интеллект в биологии» «Биомолекула» постарается исправить несправедливость и расскажет, как работают «большие языковые модели» на последовательностях биомолекул и к чему их можно применить в биологии. Мы также обсудим аналогии между биополимерами и привычными нам текстами, которые позволяют применять языковые модели к белкам и ДНК. Не забудем поговорить и про нашумевший AlphaFold — причем будем его не только хвалить! Ну и как всегда, поделимся кейсами, которые уже меняют структурную и другие области биологии.
    1 Мария Кадукова 07 марта 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Свободная тема
    <em>Sonic Hedgehog</em> и его удивительная молекулярная семья Ёжиков (<em>Hedgehog</em>)
    Обзор
    Биомолекулы Биотехнологии ДНК Процессы Цитология
    Sonic Hedgehog и его удивительная молекулярная семья Ёжиков (Hedgehog)
    650 0,1
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Что может быть увлекательнее, чем когда ученые называют открытые молекулы в честь любимых персонажей игры! В «Биомолекуле» уже обсуждались молекулы-«стрелочники» Wnt, но они не единственные в многоклеточных организмах, которые лучше других разбираются, как жить эту жизнь (в какие клетки делиться и какие ткани создавать). В этой статье пойдет речь еще об одном «умнике» — еже, который также командует и говорит клеткам, что им делать.
    1 Диана Трач 29 февраля 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Свободная тема
    МикроРНК в канцерогенезе: тонкая грань между спасением и разрушением
    Обзор
    Биомолекулы Онкология РНК Цитология
    МикроРНК в канцерогенезе: тонкая грань между спасением и разрушением
    1175 0,3
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: В последнее время исследования микроРНК (miRNA) стали важным направлением в изучении канцерогенеза, расширяя наше понимание этого опасного процесса. Они продемонстрировали большую роль этих небольших регуляторов, выполняющих функции как ценных инструментов, повышающих эффективность лечения, так и инициаторов процессов опухолеобразования. Хотя микроРНК и закодированы в небольшой части генома, в нормальных физиологических условиях они выполняют ряд ключевых функций в развитии, дифференцировке клеток, регуляции экспрессии генов, клеточном цикле и апоптозе.
    0 Павел Леонов 01 февраля 2024
  • Победитель «Био/мол/текст»-2023/2024
    Свободная тема
    Настоящее и будущее генетических тестов
    Обзор
    Генетика Персонализированная медицина Секвенирование ДНК
    Настоящее и будущее генетических тестов
    1253 0,5
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: За последние 10–15 лет в мире появились компании, которые на основе анализа ДНК сообщают клиенту информацию о его персональной предрасположенности к большому количеству различных заболеваний, о склонностях к каким-либо видам спорта или об особенностях характера. Эти компании дают оценку вашего персонального риска, в основном используя информацию из опубликованных научных работ. Например, о том какие участки ДНК и как сильно ассоциированы с болезнью или признаком. Однако на сегодняшний день для большинства многофакторных болезней и признаков генетики умеют оценивать риски с достаточно ограниченной точностью. Основная причина в том, что мы еще достаточно мало знаем о том, как работает наша ДНК. Ниже я расскажу, какие точности у этих тестов, чем вы рискуете, проходя их, что думает об этом экспертное сообщество и мое видение того, как эти тесты войдут в нашу жизнь в ближайшие 10 лет.
    3 Максим Стручалин 17 октября 2023
  • «Био/мол/текст»-2022/2023
    Наглядно о ненаглядном
    Т9 для транскриптов: что такое редактирование РНК и зачем оно нужно?
    Обзор
    Биомембраны Биомолекулы Генная инженерия ДНК
    Т9 для транскриптов: что такое редактирование РНК и зачем оно нужно?
    477 0,2
    Постер на конкурс «Био/Мол/Текст»: Центральная догма молекулярной биологии гласит, что с гена должна считаться РНК, а с нее 一 белок. Однако не все так просто. Есть альтернативный сплайсинг, когда из одного гена получается несколько вариантов белка. А еще в клетке присутствует целый ряд посттранскрипционных модификаций РНК, которые меняют аминокислотную последовательность будущих пептидов. Например, удаление аминогруппы азотистых оснований в молекуле РНК или включение в нее нуклеотидов, также известное как РНК-редактирование (RNA-editing). Процесс редактирования несколько похож на автозамены T9, потому что результат порой оказывается немного неожиданным. И на клетке это может сказываться неблагоприятно. Например, замена проходит с целью получения нового полезного белка, а в результате получается опасный онкогенный продукт. Феномен редактирования РНК уже давно не дает покоя эволюционным и молекулярным биологам. Его понимание поможет найти ключ к ответу на множество вопросов: от белкового разнообразия позвоночных до механизмов химиорезистентности злокачественных опухолей.
    2 Лоринэ Арзуманян 17 февраля 2023
  • Ультрасовременные методы
    Выделяем нуклеиновые кислоты: эволюция методов
    Обзор
    Биология Биомолекулы Биотехнологии ДНК РНК
    Выделяем нуклеиновые кислоты: эволюция методов
    13287 5,3
    Пожалуй, самым распространенным «мокрым» методом в биологии является выделение нуклеиновых кислот. Именно от этого первого шага нередко зависит и результат многостадийного эксперимента — скажем, секвенирования важнейшего генома. Сколь разнообразны представители жизни на планете, столь же обширны и подходы к извлечению ДНК и РНК из клеток. Об этом — новая статья цикла «Ультрасовременные методы».
    1 Элина Стоянова 28 октября 2022