https://siriusbiotech.ru/?erid=2Vfnxx5qDku
Подписаться
  • ИИ в биологии
    Как языковые модели покорили мир белков
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биотехнологии ДНК Синтетическая биология
    Как языковые модели покорили мир белков
    3176 0,6
    На фоне конкуренции между Microsoft, Google, Meta, Amazon и другими техногигантами за звание обладателя лучшего чат-бота, достижения аналогичных моделей в биохимии и структурной биологии остаются слегка за кадром. А успехи есть, и еще какие! В этой статье спецпроекта «Искусственный интеллект в биологии» «Биомолекула» постарается исправить несправедливость и расскажет, как работают «большие языковые модели» на последовательностях биомолекул и к чему их можно применить в биологии. Мы также обсудим аналогии между биополимерами и привычными нам текстами, которые позволяют применять языковые модели к белкам и ДНК. Не забудем поговорить и про нашумевший AlphaFold — причем будем его не только хвалить! Ну и как всегда, поделимся кейсами, которые уже меняют структурную и другие области биологии.
    1 Мария Кадукова 07 марта 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Свободная тема
    <em>Sonic Hedgehog</em> и его удивительная молекулярная семья Ёжиков (<em>Hedgehog</em>)
    Обзор
    Биомолекулы Биотехнологии ДНК Процессы Цитология
    Sonic Hedgehog и его удивительная молекулярная семья Ёжиков (Hedgehog)
    1469 0,1
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Что может быть увлекательнее, чем когда ученые называют открытые молекулы в честь любимых персонажей игры! В «Биомолекуле» уже обсуждались молекулы-«стрелочники» Wnt, но они не единственные в многоклеточных организмах, которые лучше других разбираются, как жить эту жизнь (в какие клетки делиться и какие ткани создавать). В этой статье пойдет речь еще об одном «умнике» — еже, который также командует и говорит клеткам, что им делать.
    1 Диана Трач 29 февраля 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Свободная тема
    МикроРНК в канцерогенезе: тонкая грань между спасением и разрушением
    Обзор
    Биомолекулы Онкология РНК Цитология
    МикроРНК в канцерогенезе: тонкая грань между спасением и разрушением
    2101 0,3
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: В последнее время исследования микроРНК (miRNA) стали важным направлением в изучении канцерогенеза, расширяя наше понимание этого опасного процесса. Они продемонстрировали большую роль этих небольших регуляторов, выполняющих функции как ценных инструментов, повышающих эффективность лечения, так и инициаторов процессов опухолеобразования. Хотя микроРНК и закодированы в небольшой части генома, в нормальных физиологических условиях они выполняют ряд ключевых функций в развитии, дифференцировке клеток, регуляции экспрессии генов, клеточном цикле и апоптозе.
    0 Павел Леонов 01 февраля 2024
  • Победитель «Био/мол/текст»-2023/2024
    Свободная тема
    Настоящее и будущее генетических тестов
    Обзор
    Генетика Персонализированная медицина Секвенирование ДНК
    Настоящее и будущее генетических тестов
    1653 0,5
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: За последние 10–15 лет в мире появились компании, которые на основе анализа ДНК сообщают клиенту информацию о его персональной предрасположенности к большому количеству различных заболеваний, о склонностях к каким-либо видам спорта или об особенностях характера. Эти компании дают оценку вашего персонального риска, в основном используя информацию из опубликованных научных работ. Например, о том какие участки ДНК и как сильно ассоциированы с болезнью или признаком. Однако на сегодняшний день для большинства многофакторных болезней и признаков генетики умеют оценивать риски с достаточно ограниченной точностью. Основная причина в том, что мы еще достаточно мало знаем о том, как работает наша ДНК. Ниже я расскажу, какие точности у этих тестов, чем вы рискуете, проходя их, что думает об этом экспертное сообщество и мое видение того, как эти тесты войдут в нашу жизнь в ближайшие 10 лет.
    3 Максим Стручалин 17 октября 2023
  • «Био/мол/текст»-2022/2023
    Наглядно о ненаглядном
    Т9 для транскриптов: что такое редактирование РНК и зачем оно нужно?
    Обзор
    Биомембраны Биомолекулы Генная инженерия ДНК
    Т9 для транскриптов: что такое редактирование РНК и зачем оно нужно?
    556 0,2
    Постер на конкурс «Био/Мол/Текст»: Центральная догма молекулярной биологии гласит, что с гена должна считаться РНК, а с нее 一 белок. Однако не все так просто. Есть альтернативный сплайсинг, когда из одного гена получается несколько вариантов белка. А еще в клетке присутствует целый ряд посттранскрипционных модификаций РНК, которые меняют аминокислотную последовательность будущих пептидов. Например, удаление аминогруппы азотистых оснований в молекуле РНК или включение в нее нуклеотидов, также известное как РНК-редактирование (RNA-editing). Процесс редактирования несколько похож на автозамены T9, потому что результат порой оказывается немного неожиданным. И на клетке это может сказываться неблагоприятно. Например, замена проходит с целью получения нового полезного белка, а в результате получается опасный онкогенный продукт. Феномен редактирования РНК уже давно не дает покоя эволюционным и молекулярным биологам. Его понимание поможет найти ключ к ответу на множество вопросов: от белкового разнообразия позвоночных до механизмов химиорезистентности злокачественных опухолей.
    2 Лоринэ Арзуманян 17 февраля 2023
  • Ультрасовременные методы
    Выделяем нуклеиновые кислоты: эволюция методов
    Обзор
    Биология Биомолекулы Биотехнологии ДНК РНК
    Выделяем нуклеиновые кислоты: эволюция методов
    19239 5,3
    Пожалуй, самым распространенным «мокрым» методом в биологии является выделение нуклеиновых кислот. Именно от этого первого шага нередко зависит и результат многостадийного эксперимента — скажем, секвенирования важнейшего генома. Сколь разнообразны представители жизни на планете, столь же обширны и подходы к извлечению ДНК и РНК из клеток. Об этом — новая статья цикла «Ультрасовременные методы».
    1 Элина Стоянова 28 октября 2022
  • Квантовая механика против ДНК Обзор
    Биофизика ДНК Структурная биология
    Квантовая механика против ДНК
    1390 0,5
    Современные работы о появлении в ДНК короткоживущих неканонических пар нуклеотидов оценивают их время жизни в 0,1–10 мс. Эти пары могут быть представлены в том числе редкими таутомерами. Недавня теоретическая статья Джима Аль-Халили и соавторов утверждает, что любые таутомеры в ДНК должны неправдоподобно быстро разваливаться, а протон водородной связи должен постоянно туннелировать между комплементарными нуклеотидами. Потребность опровергнуть английских ученых заставила меня написать продолжение нашей прошлогодней публикации. Чтобы было не скучно читать, я постарался написать о роли квантовой физики и роли физиков в понимании таутомерных свойств ДНК и РНК.
    0 Денис Семёнов 18 октября 2022
  • Ультрасовременные методы
    Цифровая ПЦР: измеряя истину
    Обзор
    Биология Биотехнологии Генная инженерия ДНК
    Цифровая ПЦР: измеряя истину
    8667 2,6
    Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) изменил биологию и медицину 80-х годов XX века, позволив быстро и точно диагностировать наследственные заболевания и инфекции, определять патогенов и свободно манипулировать генами. Интереснейшая его модификация — цифровая ПЦР — быстро завоевывает пространство лабораторной диагностики XXI века, когда требуется абсолютное количественное определение ДНК. В каком случае это нужно и каким образом может быть реализовано на современном оборудовании — читайте в нашей статье спецпроекта «Ультрасовременные методы».
    0 Алексей Феоктистов 22 июля 2022
  • Аферез
    NETs: почему ДНК помогает болезни и как очистить кровь от опасного мусора
    Обзор
    Биомолекулы ДНК Медицина Онкология Персонализированная медицина
    NETs: почему ДНК помогает болезни и как очистить кровь от опасного мусора
    2494 0,9
    Когда ДНК из ядра попадает наружу клетки, это осложняет атеросклероз, рак, COVID-19 и может запускать сепсис. Но нейтрофилы — клетки нашего врожденного иммунитета, — специально выбрасывают сети из ДНК, чтобы опутать опасные крупные частицы и остановить болезнь. Но на деле свойства этих сетей часто оборачиваются вредом здоровью и поддержкой болезни. В этой статье спецпроекта по терапевтическому аферезу мы разберемся, почему происходит нетоз, как он разрушает здоровье и чем можно это вылечить.
    0 Александр Хазанов 08 апреля 2022
  • Победитель «Био/мол/текст»-2021/2022
    Академия & бизнес
    Внеклеточная ДНК приподнимает завесу тайны беременности
    Обзор
    Биотехнологии ДНК Здравоохранение Медицина
    Внеклеточная ДНК приподнимает завесу тайны беременности
    3012 0,9
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Раньше диагностика плода во время беременности проводилась только при помощи инвазивных методов. Для этого специальными инструментами проходят через стенку матки и отбирают образец хориона, плаценты, околоплодных вод или крови ребенка, и этот процесс ассоциирован с риском выкидыша. Но все изменилось, когда исследователь Деннис Ло открыл ее — внеклеточную ДНК плода в плазме матери. С ее помощью стало возможно проводить широкие скрининговые исследования — и только беременных из группы риска отправлять на инвазивную диагностику. Из этой статьи вы узнаете историю метода пренатального неинвазивного тестирования, его возможности, а также в каких других смежных областях он сейчас используется.
    1 Василиса Ковалева 23 февраля 2022