Людмила Лешукова 0,0

В спецпроекте «Биология в России: люди и открытия» мы говорим об интереснейших работах отечественных ученых. Настало время вновь отправиться в Новосибирск, на это раз в Институт археологии и этнографии СО РАН. Наш собеседник — доктор географических наук Наталия Рудая, палеоэколог, занимающаяся реконструкцией климата и природы древней Сибири по пыльце и древней ДНК из озерных отложений. Как по микроскопическим пыльцевым зернам, сохранившимся в донных слоях, удается восстановить ландшафты тысячелетней давности? Как новые геохимические методы позволяют измерить температуру седых времен? Вместе с героем нового выпуска мы разберемся с этими вопросами!

Десятилетиями практическая белковая инженерия полагалась на направленную эволюцию — мощный, но слепой метод перебора тысяч случайных мутаций в пробирке. Сегодня правила игры меняются: эволюция переносится в компьютер. В этой статье (входящей в цикл «ИИ в биологии») мы проследим путь от хаоса к контролю над белковой эволюцией: начнем с тонкой настройки одиночными мутациями, а после научимся различать белки по нужным свойствам. Прогуляемся по белковой вселенной, вылавливая новые белки. Под конец станем переписывать белки по пространственному чертежу, как настоящие инженеры. Увидим, откуда берутся ферменты для промышленности и антитела для клиники, и разберемся, чем отличаются дизайн белков de novo (тот самый, за который дали Нобелевскую премию) и более приземленный, но зато уже прочно вошедший в практику редизайн. Разбирается в этой сложной области автор «Биомолекулы» Андрей Кузнецов с помощью Елены Кудряшовой — руководителя Лаборатории таргетной терапии и предиктивной диагностики Центрального университета.

В новой статье спецпроекта «Биология в России: люди и открытия» мы поговорили с Артемом Недолужко — научным руководителем Лаборатории палеогеномики Европейского Университета в Санкт-Петербурге. Артем рассказал о том, что такое палеогеномика и как устроена работа палеогенетика, а также о собственном научном пути и о взглядах на науку нынешнюю и будущую. Из этого интервью вы узнаете об экспедициях в скифскую «Долину царей» и раскопках древних курганов; расшифровке генома морских коров и тайнах вымерших видов, которые удалось раскрыть Артему и его коллегам.

Спецпроект «Биология в России: люди открытия» снова отправляется в Сибирь, только на этот раз в Институт цитологии и генетики СО РАН, — чтобы поговорить о 3D-геномике с руководителем Лаборатории генетики развития Нариманом Баттулиным. Как выяснилось, 3D-геномика богата на интересные детали и неожиданные повороты. Что такое «структурное эхо» митоза? Насколько сложно вывести генетическую линию «мышей-моржей», а главное, зачем это нужно? Нашли ли ученые ответ на загадку: зачем геному нужны ТАДы? Узнаем во время беседы. Приятного прочтения!

Предсказание пространственной структуры белка — задача, сформулированная еще Кристианом Анфинсеном, — на протяжении десятилетий решалась лишь косвенно. Ситуация радикально изменилась с появлением AlphaFold 1/2. Его успех был настолько значительным, что уже ознаменовался Нобелевской премией (в 2024 г.) и породил ощущение, что проблема в целом «закрыта». Однако история этим не закончилась: современная версия — AlphaFold 3 — объединяет эволюционный подход, унаследованный от предыдущих поколений, и диффузионные модели, пришедшие из генерации изображений. Такое сочетание позволяет выйти за пределы белковых структур и предсказывать целые «молекулярные сцены» с участием малых молекул или нуклеиновых кислот. Станет ли AlphaFold3 панацеей — или структуры белок-лигандных комплексов требуют новых подходов? Георгий Куракин, постоянный автор «Биомолекулы», пытается разобраться в этом вопросе с помощью Алексея Орлова, руководителя Лаборатории вычислительной биомедицины и молекулярной диагностики Центрального университета.

Проект «Биология в России: люди и открытия» продолжается. Сегодня мы — гости в двух лабораториях Зоологического института РАН: териологии и герпетологии. А это значит, что нас ждет беседа не с одним, а сразу с двумя зоологами. Говорить же мы будем о предмете, который их объединяет, — о любви к палеонтологии.

Следующее интервью спецпроекта «Биология в России: люди и открытия» мы взяли в Сибирском Федеральном Университете — сердце сибирской школы дендрохронологии, которая сегодня остается одним из мировых лидеров в области. Мы поговорили с академиком РАН Евгением Александровичем Вагановым, одним из создателей признанной во всем мире модели роста деревьев, опытным научным руководителем и первым ректором СФУ. Наш разговор получился разным: о детской мечте стать милиционером, о дипломном проекте, о десяти днях под проливным дождем в Якутии с американскими профессорами, не умеющими грести, о раскрытии тайн Тунгусского метеорита и о поддельных картинах. Получилась история о людях — сибирских ученых, которые, вопреки штормам девяностых, вывели нашу науку на мировой уровень и помогли обрести голос сибирскому лесу.