Подписаться
Людмила Лешукова

Людмила Лешукова 0,0

VK

  • Молекулярная поверхность: что в облике тебе моём? Обзор
    «Сухая» биология Биомембраны Биофизика Структурная биология
    Молекулярная поверхность: что в облике тебе моём?
    3189 1,6
    Компьютерное моделирование биологических молекул зачастую основано не на квантовой механике, описывающей строение вещества максимально корректно, а на наборе приближений, уводящих нас от физических «истоков», но позволяющих решать практически важные задачи с использованием ЭВМ. Одним из таких упрощений является концепция молекулярных поверхностей, представляющая молекулу в виде твердого тела, на поверхности которого распределены какие-либо физические свойства. Несмотря на кажущийся примитивизм, этот подход является довольно плодотворным, внося свою лепту в решение актуальных проблем молекулярной биологии, — например, дизайна новых антибиотиков и изучения молекулярных механизмов заболеваний.
    8 Антон Чугунов 05 января 2015
  • Появление и эволюция клеточной мембраны Новость
    Биомембраны Микробиология Структурная биология Цитология Эволюционная биология
    Появление и эволюция клеточной мембраны
    14120 6,1
    У всех современных организмов клеточная мембрана играет принципиальную роль в энергетическом обмене и других биохимических процессах. Новые исследования эволюции мембран позволяют ответить на многие каверзные вопросы: как мембрана появилась у нашего далекого предка LUCA, почему мембраны бактерий и архей так непохожи и каким образом эукариоты обзавелись мембранными органеллами.
    1 Виктория Коржова 31 декабря 2014
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    Вирусные геномы в системе эволюции
    Обзор
    Вирусология Генетика МГЭ Эволюционная биология
    Вирусные геномы в системе эволюции
    13279 6,4
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: Изучение виромов (популяций вирусов, объединенных общей средой обитания) практикуется в современной вирусологии всё чаще. Подобный подход приносит неожиданные результаты — концентрация вирусов в природе, оказывается, чрезвычайно высока. Например, в морской среде количество вирусных частиц превосходит количество клеток в разы. При этом вирусные частицы способны к передаче генетической информации. Исследования, опубликованные в 2010 году, показали, что агенты переноса генов (АПГ, особая разновидность вирусоподобных частиц, участвующих в горизонтальном переносе генов) привносят в геном бактерий новые фрагменты значительно чаще, чем считалось ранее. А если вирусные частицы настолько распространены в биосфере, и большая часть из них способна к переносу генов, то важно рассмотреть вирусы в рамках общей модели эволюции.
    0 Юрий Лапочкин 28 ноября 2014
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    Виртуальные тропы реальных лекарств
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Драг-дизайн Медицина Структурная биология
    Виртуальные тропы реальных лекарств
    3876 1,9
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: В наше время компьютерные методы используются практически во всех областях науки. Создание новых лекарств не является исключением. Многие вещества, которые легко получить из природы, например, выделив экстракт из листьев какого-нибудь растения, уже давно исследованы на наличие лекарственной активности. Поэтому сейчас лекарства часто «изобретают» на компьютере, а потом уже проверяют экспериментально. В статье обсуждаются различные аспекты метода молекулярного докинга, используемые в решении этой задачи.
    1 Полина Шичкова 28 ноября 2014
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    ACSN — глобальный атлас сигнальных путей. От молекулярной географии рака к новым информационным технологиям в биологии
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Процессы
    ACSN — глобальный атлас сигнальных путей. От молекулярной географии рака к новым информационным технологиям в биологии
    2332 1,1
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: Современная молекулярная биология испытывает серьезный системный кризис, связанный с «перепроизводсвом» экспериментальных данных. Но адаптация передовых информационных методов, таких, как технология Google Maps для визуализации молекулярно-биологической информации (система навигации NaviCell) в сочетании с биоинформатическими методами моделирования и анализа, открывает новые возможности для использования данных высокопроизводительных методик.
    2 Мария Кондратова 26 ноября 2014
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    Биоинформатика в мире РНК-структур
    Обзор
    «Сухая» биология РНК Структурная биология
    Биоинформатика в мире РНК-структур
    5023 2,5
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: Амбициозный проект «Геном человека», завершившийся в 2003 году, был призван расшифровать всю ДНК, содержащуюся в человеческом геноме. Считалось, что проект поможет понять, как функционируют гены, каким образом они определяют состояние клетки и организма человека в целом, а также даст толчок развитию медицины и биологических наук. Однако исследования показали, что вся сложность клетки как целостной системы не сводится к одному лишь геному. Функционирование и роль молекулы РНК в регуляции клеточных процессов во многом зависят от ее пространственной организации, изучение которой — сложная задача, справиться с которой под силу только биоинформатике.
    0 Александр 25 ноября 2014
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    Такие разные синонимы
    Обзор
    «Сухая» биология РНК
    Такие разные синонимы
    2308 1,1
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: Аминокислота — «кирпичик» белковой последовательности — закодирована в геноме тремя нуклеотидами, при этом не всегда единственным образом. Здравый смысл подсказывает, что можно выбрать случайный триплет для данной аминокислоты и что от этого выбора ничего не зависит. Оказывается, здравый смысл в этом случае неправ.
    1 Данила Бредихин 25 ноября 2014
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    CRISPR-системы: иммунизация прокариот
    Обзор
    CRISPR/CAS Генная инженерия ДНК Микробиология
    CRISPR-системы: иммунизация прокариот
    12435 5,6
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: CRISPR — это система специфического иммунитета прокариот, характерная как для бактерий, так и для архей. CRISPR-структуры впервые были описаны почти 30 лет назад, однако их функция долгое время оставалась загадкой. CRISPR-системы состоят из геномных кассет, в которые записывается информация о вирусных или плазмидных инвазиях, и Cas-белков, обеспечивающих молекулярный механизм иммунитета. В ответ на инфекцию клетка с CRISPR вырезает из чужеродного генома небольшой фрагмент и встраивает его в кассету. Благодаря такому механизму роста, CRISPR-системы являются уникальным примером эволюции «по Ламарку». Высокоэффективное узнавание ДНК, лежащее в основе работы CRISPR, оказалось привлекательно и для практического использования, и сейчас CRISPR-системы служат для точных манипуляций с самыми различными геномами, в том числе и с геномом человека.
    6 Ирена Артамонова 14 ноября 2014
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    Что хотел сказать автор?
    Обзор
    «Сухая» биология
    Что хотел сказать автор?
    483 0,2
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: На уроках литературы этот вопрос не раз ставил в тупик юных любителей точных наук. И если разумному существу не всегда под силу уловить смысл текста, то как нелегко, должно быть, обучить этому машину. А между тем, непостижимое количество сведений хранится именно в текстовой форме: от научных статей до больничных карт, от патентов до записей в блогах, — погребенная в бумажной и цифровой форме информация ждет своего автоматического читателя!
    0 Мария Шкроб 13 ноября 2014
  • Победитель «Био/мол/текст»-2014
    Лучший обзор
    Поиск иголки в стоге сена за 10 минут — подсвети себе LAMPой
    Обзор
    Биотехнологии Генетика ДНК
    Поиск иголки в стоге сена за 10 минут — подсвети себе LAMPой
    7488 3,7
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: Современные биологи в большинстве своём работают с генами. Ген — участок молекулы ДНК, кодирующий белок или РНК. Изучая активность гена и изменения в его работе, чаще всего пользуются методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) и различными её модификациями. Метод позволяет найти ген и сделать множество его копий. Однако прибор и реактивы для проведения ПЦР дóроги, а время, необходимое на реакцию, составляет около двух часов. В данной статье описывается аналог полимеразной реакции — LAMP (loop-mediated isothermal amplification), позволяющий провести то же исследование в 10 раз быстрее, дешевле и, что крайне важно, более специфично. Также рассмотрены перспективы применения LAMP в фундаментальных и клинических исследованиях.
    5 Егор Приказюк 12 ноября 2014