Подписаться
Александр Югай

Александр Югай 0,0

  • Молекулярная динамика
    Молекулярная динамика биомолекул. Часть I. История полувековой давности
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биофизика
    Молекулярная динамика биомолекул. Часть I. История полувековой давности
    10310 4,8
    В 2007 году у всех, кто занимается или просто интересуется компьютерным моделированием биомолекул, есть повод отметить два скромных юбилея — 50 лет первому опубликованному компьютерному расчету молекулярной динамики и 30 лет первому расчету динамики белковой глобулы. В данном обзоре кратко представлена история развития методов молекулярной механики, а также их последующее применение в компьютерной биологии.
    2 Антон Полянский 02 августа 2007
  • Физическая водобоязнь Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биофизика Структурная биология
    Физическая водобоязнь
    10208 3,5
    Лист лотоса, по которому вода бегает, собравшись в шарики, водоотталкивающие поверхности и защитные составы для обуви, плавающие в бульоне кружки масла — всё это примеры свойства молекул, называемого гидрофобностью. Помимо этого, гидрофобный эффект играет важную биологическую роль: сворачивание и правильная работа белковых молекул, формирование биомембран, распознавание молекулами друг друга также «запрограммированы» с использованием гидрофобных свойств. Интересно, что гидрофобный эффект не сводится к «обычным» физическим взаимодействиям: за ним стоит Второй закон термодинамики и величина, именуемая энтропией.
    5 Антон Чугунов 16 января 2013
  • «Био/мол/текст»-2020/2021
    Свободная тема
    Конструкторское бюро белков
    Обзор
    CAR-T «Сухая» биология Биология Биомолекулы Драг-дизайн Структурная биология
    Конструкторское бюро белков
    4025 1,4
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Создание новых белков с заранее выбранной функцией? Что? Да!!! Нужна вакцина? Дизайним белок! Нужно вылечить рак? Дизайним белок! Звучит очень заманчиво, но реально ли это? Rosetta — программа, разработанная в Институте белкового дизайна под руководством Дэвида Бейкера, дает утвердительный ответ на этот вопрос. С ее помощью ученым удалось справиться с целиакией, создать лекарство широкого спектра от вируса гриппа и научить иммунные клетки находить и убивать раковые. Несколько компаний сейчас занимаются выводом этих разработок на рынок. В этой статье мы разберемся, как работает Rosetta и какие проблемы белковый дизайн позволяет решать уже сегодня.
    0 Павел Буслаев 15 марта 2021
  • ИИ в биологии
    Победитель «Био/мол/текст»-2025/2026
    Искусственный интеллект в биологии
    От структуры к функции: революция ИИ в белковом дизайне
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биотехнологии Медицина
    От структуры к функции: революция ИИ в белковом дизайне
    529 0,0
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Белки — это молекулярные машины, отточенные эволюцией на протяжении сотен миллионов и даже миллиардов лет. Мы пока не способны воспроизвести этот длинный путь естественной эволюции, но уже активно учимся направлено конструировать белки под конкретные задачи. И помогают нам в этом большие массивы данных и искусственный интеллект (ИИ). Сначала он научился предсказывать трехмерную структуру природных белков, а теперь на очереди — дизайн: создание новых функций и уверенная оптимизация уже существующих. В статье разбираем, как генеративные модели придумывают форму будущего белка, подбирают к ней аминокислотную последовательность и как вместе с лабораторными экспериментами проверяется, что такой белок действительно работает.
    0 Андрей Кузнецов 08 декабря 2025
  • Яды — высокоточное оружие: компьютерное исследование природных нейротоксинов Обзор
    Биомембраны Нейробиология Эволюционная биология
    Яды — высокоточное оружие: компьютерное исследование природных нейротоксинов
    5857 2,1
    Биологическая эволюция — общая форма существования живой материи. При детальном рассмотрении оказывается, что виды почти никогда не эволюционируют поодиночке: обычно в этом принимают участие их экологические партнеры, и изменение происходит в парах паразит—хозяин или хищник—жертва. Более того, коэволюцию часто можно проследить на молекулярном уровне, когда один вид совершенствует систему нападения, а второй вслед за ним — систему защиты (и наоборот). Параллель с холодной войной здесь настолько очевидна, что соответствующий феномен даже получил название эволюционной «гонки вооружений». Примером наиболее эффективных и элегантных систем нападения служат животные яды, содержащие в своем составе нейротоксины — вещества, воздействующие на нервную систему и мышцы жертвы.
    2 Антон Чугунов 10 декабря 2013
  • Сверхпроводящие магниты и рецепторы биомембран: Лаборатория биомолекулярной ЯМР-спектроскопии ИБХ РАН Обзор
    Биотехнологии Места Структурная биология
    Сверхпроводящие магниты и рецепторы биомембран: Лаборатория биомолекулярной ЯМР-спектроскопии ИБХ РАН
    3186 1,3
    В первой статье рубрики «Места» мы расскажем, как сотрудники самой крупной ЯМР-лаборатории к востоку от Праги и к западу от Сеула (то есть, в Москве, в Институте биоорганической химии РАН) создают изотопно-меченные биомолекулы, изучают мембранные белки, нейротоксины и люциферины, горят на работе и даже свадьбу справляют возле спектрометра.
    3 Антон Чугунов 13 октября 2015
  • «Био/мол/текст»-2025/2026
    Свободная тема
    Осторожно, папарацци! Или как «сфотографировать» GPCR в комплексе с G-белком и лигандом
    Обзор
    GPCR Структурная биология
    Осторожно, папарацци! Или как «сфотографировать» GPCR в комплексе с G-белком и лигандом
    165 0,0
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: «Биомолекула» не раз писала о важности GPCR в нашем организме. Долгое время ученым не удавалось получить активные структуры GPCR в комплексе с G-белком и лигандом — природа тщательно скрывала от исследователей молекулярные механизмы работы этих рецепторов. Однако появление новых технологических подходов позволило преодолеть эту преграду. В этой статье мы расскажем о четырех способах стабилизировать активный комплекс GPCR–лиганд–G-белок. Рассмотренные подходы позволяют раскрыть молекулярные механизмы активации рецепторов и открывают новые пути для рационального дизайна лекарств, помогая фармакологам с хирургической точностью находить новые терапевтические средства.
    0 Тамара Сорокина 18 декабря 2025
  • Современные лекарства
    Ингибиторы Ras: в поисках Грааля таргетной терапии
    Новость
    Биомолекулы Биотехнологии Медицина Фармакология
    Ингибиторы Ras: в поисках Грааля таргетной терапии
    2667 0,9
    K-Ras, один из первых найденных онкогенов, десятилетиями оставался недостижимым для лекарств. Неприступная мишень таргетной терапии была покорена благодаря новым подходам к скринингу, тщательной работе медицинских химиков и структурных биологов. Развитие этого направления может открыть дорогу к лечению одной из самых смертельных опухолей — рака поджелудочной железы.
    0 Виктор Татарский 08 октября 2021
  • Современные лекарства
    АМТ-061 — генная терапия, способная на революцию в лечении гемофилии
    Новость
    Биотехнологии Вирусология Генная инженерия Медицина Фармакология
    АМТ-061 — генная терапия, способная на революцию в лечении гемофилии
    3199 1,3
    В 2018 году голландская компания uniQure запустила клинические испытания этранакогена дезапарвовека (АМТ-061) — препарата для генной терапии гемофилии B. Это лекарство может стать первой на рынке генной терапией гемофилии и привести к настоящему прорыву. Именно поэтому препарат получил от Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) специальный статус breakthrough therapy designation, обеспечивающий ускоренное рассмотрение препарата ведомством.
    0 Юрий Тарасов 19 декабря 2019
  • Современные лекарства
    Три поколения лекарств
    Обзор
    CAR-T Биомолекулы Биотехнологии Медицина Фармакология
    Три поколения лекарств
    23816 9,9
    Этой статьей мы открываем спецпроект, который расскажет о состоянии сегодняшней фармацевтической индустрии, о том, как она складывалась исторически и о наиболее замечательных лекарствах прошлого, настоящего и будущего. Прогресс в естественных науках увлек за собой и фармацевтику, создав базу для рационального «конструирования» лекарств, в том числе на основе биологических молекул. Многие знают про случайное открытие и последующее выделение из плесневого гриба пеницилла первого антибиотика, революционизировавшего лечение инфекционных болезней и способствовавшего спасению миллионов человеческих жизней во всем мире. Однако далеко не всем известно о достижениях, позволивших синтезировать малые лекарственные молекулы, в промышленных масштабах получать продуцируемые живыми клетками биопрепараты, а также создавать лекарства самой прогрессивной на сегодняшний день передовой (advanced) терапии. Обо всем этом, а также об истории развития фарминдустрии, ее современном состоянии и будущих перспективах, и расскажет наша статья.
    8 Юрий Тарасов 07 октября 2019