filipchenko-90@mail.ru 0,0

Любое живое существо — невероятно сложная структура. Можно было бы ожидать, что после смерти эта структура будет постепенно разрушаться и все жизненные процессы будут затухать. Но оказывается, что клетки в мертвом теле продолжают активно работать, отчаянно пытаясь выжить. Эта статья расскажет о танатотранскриптоме и о том, перевозит ли Харон в обе стороны.

Институт биоинформатики существует в Петербурге с 2013 года. За несколько лет малоизвестные курсы по биоинформатике, открытые в 2010 на базе Академического университета РАН, превратились в годовую программу, на которой студентов (биологов и информатиков) учат видеть и решать серьезные биоинформатические проблемы. Миссия института — популяризовать биоинформатику и создать сообщество ученых, способных развивать это направление в России. Здесь мы расскажем, как устроен Институт биоинформатики, как в нём «делают» биоинформатиков, какие проблемы в целом стоят перед этой наукой и почему ее важно (и круто) изучать.

Наверное, каждому в детстве приходилось оживлять черно-белую картинку при помощи карандашей и красок. Вместо строгих линий перед глазами оживали облака и солнце, пестрящие разными оттенками бабочки и цветы. Подобным творчеством занимаются ученые в своих лабораториях, только краски они для этого используют специальные, флуоресцентные. Чтобы увидеть такую картинку, недостаточно обычного глаза, а нужны специальные микроскопы, позволяющие разглядеть изображение в его полной красе. Такие краски позволяют нам понять, как же работает живая клетка, какие процессы в ней происходят. А теперь давай узнаем, мой юный друг, как же всё это работает!

Некоторые бактерии способны сохранять фрагменты геномов инфекционных агентов, используя в качестве исходного материала не только ДНК, но и РНК. Такие бактерии могут развивать иммунитет к вирусам с РНК-геномами. Кроме того, благодаря CRISPR-системе, использующей РНК, бактериальный иммунитет учится реагировать на наиболее активные гены патогенов.

Параллельный анализ молекул РНК, которые синтезируются сальмонеллами и клетками человека во время инфекции, показал, как бактериальная малая РНК изменяет транскрипционные профили не только клеток сальмонеллы, но и клеток человека.

Мышечная дистрофия Дюшенна — тяжелейшее Х-связанное заболевание, эффективного лечения которого до сих пор нет. В одном из последних номеров Science вышли целых три статьи об успешном тестировании на мышиных моделях технологии CRISPR/Cas9 для лечения этой болезни. Может быть, у этого подхода есть шанс добраться и до клиник?

Сегодня диагностика рака требует анализа пробы ткани — биопсии. И несмотря на то, что эту процедуру зачастую уже можно выполнить малоинвазивно, она малоприятна и может дать ложноотрицательный результат из-за того, что будет проведена неаккуратно и «не попадет» в опухоль. Кроме того, в случае отрицательного результата (когда худшие подозрения не подтвердились) биопсия увеличивает риск развития рака в будущем, а для некоторых пациентов забор материала просто невозможен. Всех этих и многих других недостатков позволяет избежать так называемая «жидкая биопсия» — анализ циркулирующих в крови молекул и опухолевых клеток. Она позволяет определять диагноз, прогноз и курс лечения, правда, точность технологии пока оставляет желать лучшего. Тем не менее уже известны циркулирующие эпигенетические биомаркеры, позволяющие диагностировать рак на ранней стадии (к примеру, анализ метилирования гена SEPT9). Недавнее исследование российских ученых, подтвержденное зарубежными коллегами, позволяет в ходе «жидкой биопсии» идентифицировать целый пласт источников циркулирующих биомаркеров. Спектр новых возможностей метода еще предстоит изучить, а основа для этих исследований — анализ свойств циркулирующей в крови ДНК.