Сергей Мошковский 33,7

«Границы ключ переломлен пополам...» Многие морские водоемы из предыдущего выпуска нашего сериала по известным всем причинам оказались недоступными. Давайте погрузимся в пресную воду вместе с героиней очередного листа календаря — рыбкой данио рерио. В далекую доинтернетную эпоху каждый интересующийся биологией школьник нес домой в полиэтиленовом пакете аквариумных рыбок с птичьего рынка. Среди них были жители тропических Америк — пецилии, меченосцы, гуппи, — и азиаты — данио, барбусы, гурами. Никто не мог предполагать, что одна из этих декоративных рыбок уже через пару десятков лет будет полноправным участником исследований в биологии развития и нейронауках, помогать лечить болезни сердца и рак!

Писать тексты по нашему календарю сложно — потому что очень не хочется превращать их в выдержки из учебника по истории науки или «Википедии». Поэтому, наверное, интереснее найти для этих эссе личную интонацию, связанную с какими-то событиями из жизни автора. В этом месяце тот самый случай, когда сделать это проще. Дело в том, что я с детства интересуюсь птицами. Много лет наблюдал их в природе как любитель, и даже работал с ними в лаборатории как профессионал. Птица для человека — это чудо, с которым связан гигантский ментальный и культурный пласт, от бессознательного до рационального. Крылья античных богов и ангелов, легенда об Икаре, палома Пикассо, журавлик оригами, двуглавый орел и самолет... Сколько всего! А теперь немного о роли птиц в науке.

Бессмертные, вечно делящиеся клетки злокачественной опухоли человека и других организмов служат наиболее распространенной биологической моделью современных молекулярных исследований. Если говорить об изучении многоклеточных организмов, то эксперименты в клеточных системах представляют собой промежуточную стадию между работой в пробирке, на разрушенных клетках и тканях — in vitro, — и анализом явлений в целых живых организмах — in vivo. Для исследований, проводимых на искусственно выращиваемых клеточных культурах, даже специально придумали название — in cello. Хотя организм, из которого происходит большинство стандартных клеточных культур — человек, эти клетки представляют собой совершенно особенную модель. Мне показалось, что нашу сагу о модельных организмах надо закончить своего рода бонусом — рассказом о раковых клетках.

Омиксные технологии — в первую очередь, геномика и протеомика, — работают с огромными объемами данных, поэтому без автоматизации процессов не обойтись. В этой статье спецпроекта «Автоматизация в биологии» мы поговорим о том, что можно и что нельзя автоматизировать в этих областях, и как это реализовано в современных приборах.

Наука, ученые... Туманное понятие, рисующее перед взором обывателя ряд образов от комических до пугающих. Здесь и рассеянный, но мудрый старик-профессор в круглых очках; и растяпа географ Паганель из книжки Жюля Верна; и какой-нибудь зловещий доктор из популярных комиксов. Отношение общества к науке в широком смысле самое различное. Одни считают, что ученые — дармоеды, которые за казенный счет удовлетворяют свое любопытство или даже играют с огнем, выпуская из лаборатории джиннов вроде коронавируса; другие — романтизируют это занятие, думая, что сидящие в лаборатории или в обсерватории ежедневно совершают какие-то открытия. Задача этого спецпроекта портала «Биомолекула», на котором ученые пишут для ученых и глубоко интересующихся биомедициной людей, объяснить молодым и начинающим, что их ждет, если они всерьез рассматривают науку как дело своей жизни.

Узнав о Спецпроекте по мультиомиксным технологиям, который начал выходить на «Биомолекуле», я немного растерялся. Ведь объединение результатов разных омиксных подходов — не особо увлекательная тема. Можно описывать принципы методов, а еще интереснее — новые результаты их использования. Скажем, в современном мире продвижение новых методов как таковых — необходимая с точки зрения коммерческих разработчиков процедура. При этом сами методы бессодержательны с точки зрения фундаментальной биологии или медицины. В музее мы смотрим на статую Венеры Милосской, но мало кто из обычных посетителей интересуется, какими инструментами ее создали. Рационально мыслящие исследователи не станут выбирать способы работы по принципу их новизны или «крутизны». Они возьмут тот резец, которым проще и лучше изваять свою скульптуру, в этом случае — верифицированную или опровергнутую научную гипотезу. Поэтому описание методов как таковых и их сочетаний часто скучны для неспециалистов… Несмотря на все сомнения в полезности мультиомиксов на популярном уровне, сейчас я пишу эти строки. Перефразируя известное высказывание, не сомневается тот, кто ничего не делает. Мы с коллегами почти десять лет назад стали работать в области протеогеномики — интеллектуальной комбинации результатов секвенирования нуклеиновых кислот и панорамного протеомного анализа. Вот поэтому я и считаю неправильным скрывать эту историю от читателей, если могу рассказать о своем опыте из первых рук. Буду писать из головы — выдумывать ничего не придется, как в популярном нынче жанре «тру крайм».