-
Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: ДНК — не такая уж скучная и «правильная» молекула, как принято считать. На ней уживаются вместе очень непохожие последовательности — и кодирующие, и регуляторные, и повторяющиеся, и мобильные элементы генома, и невесть еще какие. Те, что не служат матрицей для синтеза белка и/или РНК, могут, тем не менее, в нем активно участвовать в другом качестве — как в случае промоторов, на которых начинается транскрипция ДНК. Предсказание положения промоторов в пока неизученных геномах имеет огромное значение для аннотации геномов и биотехнологии. И это — один из самых старых, можно сказать, «проклятых вопросов» биоинформатики, который все еще далек от окончательного решения. Как так вышло и возможно ли в принципе точно «вылавливать» промоторные последовательности ДНК — в том числе из неведомых геномов, которые нам поставляет секвенирование нового поколения?
-
517Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Все мы давно привыкли к структуре ДНК. В этой изящной молекуле при помощи одной цепи можно однозначно восстановить вторую. Это свойство не только обеспечивает стабильность и прочность ДНК, но и делает возможными такие процессы, как репликация и транскрипция. По сути, открытие структуры ДНК положило начало современной молекулярной биологии. Однако, несмотря на всю красоту двойной спирали, нуклеотиды могут взаимодействовать и без ее образования. И нет, речь идет не про образование вторичной структуры РНК или ДНК. В новом исследовании изучалось именно взаимодействие между двумя цепями нуклеотидов как в ДНК, лишь с более короткими молекулами длинной в несколько десятков пар нуклеотидов. Только, в отличие от ДНК, связь между цепочками была не стопроцентной, то есть не все нуклеотиды подходили друг к другу.
-
99В этой книге приведены основные сведения о генетике как науке. Много внимания уделено истории, мало — мутациям. Есть информация о некоторых сферах применения, и даже сделана попытка рассказать школьникам младшего школьного возраста о системе CRISPR-Cas9. Согласитесь, амбициозно? Получилось ли у авторов справится с задачей, предлагаем решить самостоятельно.
-
На фоне конкуренции между Microsoft, Google, Meta, Amazon и другими техногигантами за звание обладателя лучшего чат-бота, достижения аналогичных моделей в биохимии и структурной биологии остаются слегка за кадром. А успехи есть, и еще какие! В этой статье спецпроекта «Искусственный интеллект в биологии» «Биомолекула» постарается исправить несправедливость и расскажет, как работают «большие языковые модели» на последовательностях биомолекул и к чему их можно применить в биологии. Мы также обсудим аналогии между биополимерами и привычными нам текстами, которые позволяют применять языковые модели к белкам и ДНК. Не забудем поговорить и про нашумевший AlphaFold — причем будем его не только хвалить! Ну и как всегда, поделимся кейсами, которые уже меняют структурную и другие области биологии.
-
253Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Что может быть увлекательнее, чем когда ученые называют открытые молекулы в честь любимых персонажей игры! В «Биомолекуле» уже обсуждались молекулы-«стрелочники» Wnt, но они не единственные в многоклеточных организмах, которые лучше других разбираются, как жить эту жизнь (в какие клетки делиться и какие ткани создавать). В этой статье пойдет речь еще об одном «умнике» — еже, который также командует и говорит клеткам, что им делать.
-
«Жизнь, которую мы создали» — книга специалиста по древней ДНК Бет Шапиро. В ней автор повествует и обсуждает долгое и непрерывное взаимодействие человека и природы. Всегда ли оно во вред? Может ли человек полностью изменить окружающий мир под себя? Имеет ли наука на это право? На все эти вопросы вы получите аргументы ученых, способных заглядывать не только в прошлое, но и отчасти в будущее.
-
В последний месяц каждого сезона мы традиционно (а на самом деле — уже целый год!) публикуем подборки обзоров из журналов серии Nature Reviews. Это — первый в 2023 году и пятый по счету выпуск рубрики, посвященной научным обзорам по биологии, медицине и наукам о Земле (предыдущий осенний выпуск 2022 года читайте по ссылке). Мы собрали и рассказали о статьях на биологические, медицинские, экологические, географические темы. В этой подборке вы вновь встретите разнообразные истории из мира психологии одиночества, секвенирования не менее одиночных клеток, перспектив в терапии рака, исследованиях циркадных ритмов, иммунологических прорывах, влиянии стресса на организм и новостях из мира ксенотрансплантации. Приятного чтения!
-
396Постер на конкурс «Био/Мол/Текст»: Центральная догма молекулярной биологии гласит, что с гена должна считаться РНК, а с нее 一 белок. Однако не все так просто. Есть альтернативный сплайсинг, когда из одного гена получается несколько вариантов белка. А еще в клетке присутствует целый ряд посттранскрипционных модификаций РНК, которые меняют аминокислотную последовательность будущих пептидов. Например, удаление аминогруппы азотистых оснований в молекуле РНК или включение в нее нуклеотидов, также известное как РНК-редактирование (RNA-editing). Процесс редактирования несколько похож на автозамены T9, потому что результат порой оказывается немного неожиданным. И на клетке это может сказываться неблагоприятно. Например, замена проходит с целью получения нового полезного белка, а в результате получается опасный онкогенный продукт. Феномен редактирования РНК уже давно не дает покоя эволюционным и молекулярным биологам. Его понимание поможет найти ключ к ответу на множество вопросов: от белкового разнообразия позвоночных до механизмов химиорезистентности злокачественных опухолей.
-
Это — четвертый выпуск рубрики, посвященной научным обзорам по биологии, медицине и наукам о Земле (предыдущий выпуск читайте по ссылке). Наступили последние дни осени, а это означает, что пришло время рассказать о научных обзорах, вышедших в серии журналов Nature Reviews в сентябре, октябре, ноябре. Мы собрали и рассказали о статьях на биологические, медицинские, экологические, географические темы. Приятного чтения!
-
Пожалуй, самым распространенным «мокрым» методом в биологии является выделение нуклеиновых кислот. Именно от этого первого шага нередко зависит и результат многостадийного эксперимента — скажем, секвенирования важнейшего генома. Сколь разнообразны представители жизни на планете, столь же обширны и подходы к извлечению ДНК и РНК из клеток. Об этом — новая статья цикла «Ультрасовременные методы».
