-
На фоне конкуренции между Microsoft, Google, Meta, Amazon и другими техногигантами за звание обладателя лучшего чат-бота, достижения аналогичных моделей в биохимии и структурной биологии остаются слегка за кадром. А успехи есть, и еще какие! В этой статье спецпроекта «Искусственный интеллект в биологии» «Биомолекула» постарается исправить несправедливость и расскажет, как работают «большие языковые модели» на последовательностях биомолекул и к чему их можно применить в биологии. Мы также обсудим аналогии между биополимерами и привычными нам текстами, которые позволяют применять языковые модели к белкам и ДНК. Не забудем поговорить и про нашумевший AlphaFold — причем будем его не только хвалить! Ну и как всегда, поделимся кейсами, которые уже меняют структурную и другие области биологии.
-
1351Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Что может быть увлекательнее, чем когда ученые называют открытые молекулы в честь любимых персонажей игры! В «Биомолекуле» уже обсуждались молекулы-«стрелочники» Wnt, но они не единственные в многоклеточных организмах, которые лучше других разбираются, как жить эту жизнь (в какие клетки делиться и какие ткани создавать). В этой статье пойдет речь еще об одном «умнике» — еже, который также командует и говорит клеткам, что им делать.
-
«Жизнь, которую мы создали» — книга специалиста по древней ДНК Бет Шапиро. В ней автор повествует и обсуждает долгое и непрерывное взаимодействие человека и природы. Всегда ли оно во вред? Может ли человек полностью изменить окружающий мир под себя? Имеет ли наука на это право? На все эти вопросы вы получите аргументы ученых, способных заглядывать не только в прошлое, но и отчасти в будущее.
-
В последний месяц каждого сезона мы традиционно (а на самом деле — уже целый год!) публикуем подборки обзоров из журналов серии Nature Reviews. Это — первый в 2023 году и пятый по счету выпуск рубрики, посвященной научным обзорам по биологии, медицине и наукам о Земле (предыдущий осенний выпуск 2022 года читайте по ссылке). Мы собрали и рассказали о статьях на биологические, медицинские, экологические, географические темы. В этой подборке вы вновь встретите разнообразные истории из мира психологии одиночества, секвенирования не менее одиночных клеток, перспектив в терапии рака, исследованиях циркадных ритмов, иммунологических прорывах, влиянии стресса на организм и новостях из мира ксенотрансплантации. Приятного чтения!
-
551Постер на конкурс «Био/Мол/Текст»: Центральная догма молекулярной биологии гласит, что с гена должна считаться РНК, а с нее 一 белок. Однако не все так просто. Есть альтернативный сплайсинг, когда из одного гена получается несколько вариантов белка. А еще в клетке присутствует целый ряд посттранскрипционных модификаций РНК, которые меняют аминокислотную последовательность будущих пептидов. Например, удаление аминогруппы азотистых оснований в молекуле РНК или включение в нее нуклеотидов, также известное как РНК-редактирование (RNA-editing). Процесс редактирования несколько похож на автозамены T9, потому что результат порой оказывается немного неожиданным. И на клетке это может сказываться неблагоприятно. Например, замена проходит с целью получения нового полезного белка, а в результате получается опасный онкогенный продукт. Феномен редактирования РНК уже давно не дает покоя эволюционным и молекулярным биологам. Его понимание поможет найти ключ к ответу на множество вопросов: от белкового разнообразия позвоночных до механизмов химиорезистентности злокачественных опухолей.
-
Это — четвертый выпуск рубрики, посвященной научным обзорам по биологии, медицине и наукам о Земле (предыдущий выпуск читайте по ссылке). Наступили последние дни осени, а это означает, что пришло время рассказать о научных обзорах, вышедших в серии журналов Nature Reviews в сентябре, октябре, ноябре. Мы собрали и рассказали о статьях на биологические, медицинские, экологические, географические темы. Приятного чтения!
-
Пожалуй, самым распространенным «мокрым» методом в биологии является выделение нуклеиновых кислот. Именно от этого первого шага нередко зависит и результат многостадийного эксперимента — скажем, секвенирования важнейшего генома. Сколь разнообразны представители жизни на планете, столь же обширны и подходы к извлечению ДНК и РНК из клеток. Об этом — новая статья цикла «Ультрасовременные методы».
-
Современные работы о появлении в ДНК короткоживущих неканонических пар нуклеотидов оценивают их время жизни в 0,1–10 мс. Эти пары могут быть представлены в том числе редкими таутомерами. Недавня теоретическая статья Джима Аль-Халили и соавторов утверждает, что любые таутомеры в ДНК должны неправдоподобно быстро разваливаться, а протон водородной связи должен постоянно туннелировать между комплементарными нуклеотидами. Потребность опровергнуть английских ученых заставила меня написать продолжение нашей прошлогодней публикации. Чтобы было не скучно читать, я постарался написать о роли квантовой физики и роли физиков в понимании таутомерных свойств ДНК и РНК.
-
Сванте Паабо — шведский ученый и «крестный отец» палеогеномики — направления молекулярной антропологии, связанного с исследованием древней ДНК. Команда исследователей под его руководством расшифровала геном неандертальца и открыла новую группу гоминид — денисовцев, — а в октябре 2022 года Паабо получил Нобелевскую премию по физиологии или медицине «за открытия, касающиеся геномов вымерших гоминид и эволюции человека».
-
Это — третий выпуск рубрики, посвященной научным обзорам по биологии, медицине и наукам о Земле (предыдущий выпуск читайте по ссылке). Наступают последние деньки августа, а это значит: пришло время рассказать о том, что было полезного и интересного в летних обзорах журналов серии Nature Reviews. Мы собрали и рассказали о статьях на биологические, медицинские, экологические, географические темы. Приятного чтения!
