https://siriusbiotech.ru/?erid=2Vfnxx5qDku
Подписаться
Айдар Фаткуллов

Айдар Фаткуллов 0,0

VK

  • По карте интерактома можно найти неожиданные связи между болезнями Новость
    «Сухая» биология Диагностика Здравоохранение Метаболизм Цитология
    По карте интерактома можно найти неожиданные связи между болезнями
    440 0,2
    Даже из неполной карты интерактома (схемы молекулярных взаимодействий в клетке), доступной на данный момент, можно извлечь полезную информацию о связях между болезнями. Кластеры белков, участвующих в патогенезе различных заболеваний, на карте интерактома могут располагаться на разном удалении друг от друга и даже перекрываться. Расстояние между кластерами отражает сходство симптомов болезней, а также вероятность того, что обе болезни разовьются у одного человека.
    0 Юлия Кондратенко 12 марта 2015
  • Молекулярная поверхность: что в облике тебе моём? Обзор
    «Сухая» биология Биомембраны Биофизика Структурная биология
    Молекулярная поверхность: что в облике тебе моём?
    3274 1,6
    Компьютерное моделирование биологических молекул зачастую основано не на квантовой механике, описывающей строение вещества максимально корректно, а на наборе приближений, уводящих нас от физических «истоков», но позволяющих решать практически важные задачи с использованием ЭВМ. Одним из таких упрощений является концепция молекулярных поверхностей, представляющая молекулу в виде твердого тела, на поверхности которого распределены какие-либо физические свойства. Несмотря на кажущийся примитивизм, этот подход является довольно плодотворным, внося свою лепту в решение актуальных проблем молекулярной биологии, — например, дизайна новых антибиотиков и изучения молекулярных механизмов заболеваний.
    8 Антон Чугунов 05 января 2015
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    ACSN — глобальный атлас сигнальных путей. От молекулярной географии рака к новым информационным технологиям в биологии
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Процессы
    ACSN — глобальный атлас сигнальных путей. От молекулярной географии рака к новым информационным технологиям в биологии
    2472 1,1
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: Современная молекулярная биология испытывает серьезный системный кризис, связанный с «перепроизводсвом» экспериментальных данных. Но адаптация передовых информационных методов, таких, как технология Google Maps для визуализации молекулярно-биологической информации (система навигации NaviCell) в сочетании с биоинформатическими методами моделирования и анализа, открывает новые возможности для использования данных высокопроизводительных методик.
    2 Мария Кондратова 26 ноября 2014
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    Биоинформатика в мире РНК-структур
    Обзор
    «Сухая» биология РНК Структурная биология
    Биоинформатика в мире РНК-структур
    5477 2,5
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: Амбициозный проект «Геном человека», завершившийся в 2003 году, был призван расшифровать всю ДНК, содержащуюся в человеческом геноме. Считалось, что проект поможет понять, как функционируют гены, каким образом они определяют состояние клетки и организма человека в целом, а также даст толчок развитию медицины и биологических наук. Однако исследования показали, что вся сложность клетки как целостной системы не сводится к одному лишь геному. Функционирование и роль молекулы РНК в регуляции клеточных процессов во многом зависят от ее пространственной организации, изучение которой — сложная задача, справиться с которой под силу только биоинформатике.
    0 Александр 25 ноября 2014
  • Обо всех РНК на свете, больших и малых Обзор
    Генетика РНК РНК-интерференция
    Обо всех РНК на свете, больших и малых
    36601 16,0
    Ещё двадцать лет назад молекулярная биология не знала такого удивительного феномена, как РНК-интерференция. Сегодня же у учёных не вызывает сомнения, что это явление принимает участие в широчайшем спектре физиологических процессов у всех живых существ, а её молекулярные посредники — короткие РНК — по разнообразию и специфичности не уступают антителам крови. У простейших РНК-интерференция обеспечивает иммунитет, в частности — защиту от вирусов. У более развитых организмов этот механизм включается в борьбу не только (и не столько) с внешними, но и с внутригеномными паразитами, а также становится важнейшим регулятором активности генов. На сегодняшний день идентифицированы уже тысячи коротких регуляторных РНК, а механизм РНК-интерференции изучен очень подробно, однако бесспорно и то, что мы наблюдаем пока только верхушку этого айсберга.
    4 Петр Старокадомский 09 июня 2010
  • Калиевый канал <em>in silico</em> Новость
    «Сухая» биология Ионные каналы Структурная биология
    Калиевый канал in silico
    4237 2,0
    Несмотря на то, что за несколько десятилетий существования метода моделирования молекулярной динамики (МД) сущность подхода практически не поменялась, совершенствование алгоритмов и взрывное развитие компьютерных мощностей позволяет достигать все новых рубежей. Американские исследователи провели моделирование МД потенциал-чувствительного калиевого канала, в результате чего удалось в деталях проследить процесс активации / инактивации этого белка, «рассмотрев» подробности, ранее известные лишь гипотетически.
    9 Антон Чугунов 01 мая 2012
  • Дизайнерские ферменты на службе общества Новость
    «Сухая» биология Биомолекулы Драг-дизайн Структурная биология
    Дизайнерские ферменты на службе общества
    1670 0,8
    Ферменты — лучшие катализаторы биохимических реакций, протекающих в живых организмах, — могут функционировать и вне клетки, работая на пользу человечества. Однако не для каждой реакции существуют природные белки, способные ускорить её ход. Если раньше создание новых ферментов осуществляли, оптимизируя уже существующие белки по механизму, аналогичному естественной эволюции, то теперь учёным удалось сконструировать несколько белков полностью на компьютере, проектируя их функцию «с нуля».
    0 Антон Чугунов 21 марта 2008
  • ИИ в биологии
    Как языковые модели покорили мир белков
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биотехнологии ДНК Синтетическая биология
    Как языковые модели покорили мир белков
    3227 0,6
    На фоне конкуренции между Microsoft, Google, Meta, Amazon и другими техногигантами за звание обладателя лучшего чат-бота, достижения аналогичных моделей в биохимии и структурной биологии остаются слегка за кадром. А успехи есть, и еще какие! В этой статье спецпроекта «Искусственный интеллект в биологии» «Биомолекула» постарается исправить несправедливость и расскажет, как работают «большие языковые модели» на последовательностях биомолекул и к чему их можно применить в биологии. Мы также обсудим аналогии между биополимерами и привычными нам текстами, которые позволяют применять языковые модели к белкам и ДНК. Не забудем поговорить и про нашумевший AlphaFold — причем будем его не только хвалить! Ну и как всегда, поделимся кейсами, которые уже меняют структурную и другие области биологии.
    1 Мария Кадукова 07 марта 2024
  • «Био/мол/текст»-2024/2025
    Свободная тема
    Искусство имитации: Как химики создают молекулы, вдохновленные природой
    Новость
    Биомолекулы Биофизика Процессы
    Искусство имитации: Как химики создают молекулы, вдохновленные природой
    219 0,0
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Белки — это удивительные молекулы, чья структура определяет функцию, позволяя выполнять сложнейшие задачи, такие как транспорт кислорода, иммунная защита, реакции на многочисленные стимулы и катализ химических реакций. На протяжении десятилетий ученые стремились не только понять механизмы их работы, но и воссоздать эти свойства в искусственных системах. Однако воспроизвести сложный функционал белков на других субстратах требует невероятной изобретательности и очень тонкого подхода. Современные достижения в органической химии, молекулярном дизайне и методах синтеза открывают путь к созданию искусственных аналогов природных белков. И хотя эти аналоги еще далеки от полного воспроизведения их природных функций, они уже демонстрируют любопытные результаты. Эта статья расскажет историю одного из таких аналогов.
    2 Вадим Гайдук 03 марта 2025
  • «Био/мол/текст»-2024/2025
    Школьная
    Биокомпьютеры и понг: искусственные вычислительные системы на основе нервных клеток
    Новость
    «Сухая» биология Нейробиология
    Биокомпьютеры и понг: искусственные вычислительные системы на основе нервных клеток
    260 0,0
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Стремительное распространение нейросетей в наши дни привело к более углубленному изучению альтернативных полностью цифровым компьютерам моделей. На определенном типе задач человеческий мозг обладает на порядок большей вычислительной производительностью, чем кристаллический процессор. Это и послужило вдохновением для создания системы, базированной на живых нейронах и способной к машинному обучению. Названная органоидом, она контактирует с кремниевым чипом для связи с внешней средой. За счет своей структуры разработка может оказаться эффективнее цифровых компьютеров и стать ведущей в области нейросетей.
    0 Мария Псиола 11 февраля 2025