23karpova.ss@gmail.com 0,0

Еще одна интересная беседа в рамках СП «Биология в России: люди и открытия» у редакции «Биомолекулы» состоялась с Андреем Кульбачинским — ярким представителем московской школы молекулярной генетики. Он руководит лабораторией в Институте биологии гена РАН и является профессором биологического факультета МГУ.

Десятилетиями практическая белковая инженерия полагалась на направленную эволюцию — мощный, но слепой метод перебора тысяч случайных мутаций в пробирке. Сегодня правила игры меняются: эволюция переносится в компьютер. В этой статье (входящей в цикл «ИИ в биологии») мы проследим путь от хаоса к контролю над белковой эволюцией: начнем с тонкой настройки одиночными мутациями, а после научимся различать белки по нужным свойствам. Прогуляемся по белковой вселенной, вылавливая новые белки. Под конец станем переписывать белки по пространственному чертежу, как настоящие инженеры. Увидим, откуда берутся ферменты для промышленности и антитела для клиники, и разберемся, чем отличаются дизайн белков de novo (тот самый, за который дали Нобелевскую премию) и более приземленный, но зато уже прочно вошедший в практику редизайн. Разбирается в этой сложной области автор «Биомолекулы» Андрей Кузнецов с помощью Елены Кудряшовой — руководителя Лаборатории таргетной терапии и предиктивной диагностики Центрального университета.

В новой статье спецпроекта «Биология в России: люди и открытия» мы поговорили с Артемом Недолужко — научным руководителем Лаборатории палеогеномики Европейского Университета в Санкт-Петербурге. Артем рассказал о том, что такое палеогеномика и как устроена работа палеогенетика, а также о собственном научном пути и о взглядах на науку нынешнюю и будущую. Из этого интервью вы узнаете об экспедициях в скифскую «Долину царей» и раскопках древних курганов; расшифровке генома морских коров и тайнах вымерших видов, которые удалось раскрыть Артему и его коллегам.

Слышали ли вы когда-нибудь о «кроличьей лихорадке», как часто называют туляремию? Не удивлюсь, если нет. Между тем она довольно актуальна для жителей России. Ведь бактерии, вызывающие ее, прекрасно «чувствуют» себя на территории нашей страны, особенно в Северо-Западном, Центральном и Сибирском регионах, а также на Дальнем Востоке. Эта статья, продолжающая спецпроект «Вакцинация», поможет разобраться, чем опасна туляремия и что нужно о ней знать, чтобы не заразиться.

Спецпроект «Биология в России: люди открытия» снова отправляется в Сибирь, только на этот раз в Институт цитологии и генетики СО РАН, — чтобы поговорить о 3D-геномике с руководителем Лаборатории генетики развития Нариманом Баттулиным. Как выяснилось, 3D-геномика богата на интересные детали и неожиданные повороты. Что такое «структурное эхо» митоза? Насколько сложно вывести генетическую линию «мышей-моржей», а главное, зачем это нужно? Нашли ли ученые ответ на загадку: зачем геному нужны ТАДы? Узнаем во время беседы. Приятного прочтения!

Предсказание пространственной структуры белка — задача, сформулированная еще Кристианом Анфинсеном, — на протяжении десятилетий решалась лишь косвенно. Ситуация радикально изменилась с появлением AlphaFold 1/2. Его успех был настолько значительным, что уже ознаменовался Нобелевской премией (в 2024 г.) и породил ощущение, что проблема в целом «закрыта». Однако история этим не закончилась: современная версия — AlphaFold 3 — объединяет эволюционный подход, унаследованный от предыдущих поколений, и диффузионные модели, пришедшие из генерации изображений. Такое сочетание позволяет выйти за пределы белковых структур и предсказывать целые «молекулярные сцены» с участием малых молекул или нуклеиновых кислот. Станет ли AlphaFold3 панацеей — или структуры белок-лигандных комплексов требуют новых подходов? Георгий Куракин, постоянный автор «Биомолекулы», пытается разобраться в этом вопросе с помощью Алексея Орлова, руководителя Лаборатории вычислительной биомедицины и молекулярной диагностики Центрального университета.