olgaponamoreva@mail.ru 0,0

Слышали ли вы когда-нибудь о «кроличьей лихорадке», как часто называют туляремию? Не удивлюсь, если нет. Между тем она довольно актуальна для жителей России. Ведь бактерии, вызывающие ее, прекрасно «чувствуют» себя на территории нашей страны, особенно в Северо-Западном, Центральном и Сибирском регионах, а также на Дальнем Востоке. Эта статья, продолжающая спецпроект «Вакцинация», поможет разобраться, чем опасна туляремия и что нужно о ней знать, чтобы не заразиться.

Спецпроект «Биология в России: люди открытия» снова отправляется в Сибирь, только на этот раз в Институт цитологии и генетики СО РАН, — чтобы поговорить о 3D-геномике с руководителем Лаборатории генетики развития Нариманом Баттулиным. Как выяснилось, 3D-геномика богата на интересные детали и неожиданные повороты. Что такое «структурное эхо» митоза? Насколько сложно вывести генетическую линию «мышей-моржей», а главное, зачем это нужно? Нашли ли ученые ответ на загадку: зачем геному нужны ТАДы? Узнаем во время беседы. Приятного прочтения!

Предсказание пространственной структуры белка — задача, сформулированная еще Кристианом Анфинсеном, — на протяжении десятилетий решалась лишь косвенно. Ситуация радикально изменилась с появлением AlphaFold 1/2. Его успех был настолько значительным, что уже ознаменовался Нобелевской премией (в 2024 г.) и породил ощущение, что проблема в целом «закрыта». Однако история этим не закончилась: современная версия — AlphaFold 3 — объединяет эволюционный подход, унаследованный от предыдущих поколений, и диффузионные модели, пришедшие из генерации изображений. Такое сочетание позволяет выйти за пределы белковых структур и предсказывать целые «молекулярные сцены» с участием малых молекул или нуклеиновых кислот. Станет ли AlphaFold3 панацеей — или структуры белок-лигандных комплексов требуют новых подходов? Георгий Куракин, постоянный автор «Биомолекулы», пытается разобраться в этом вопросе с помощью Алексея Орлова, руководителя Лаборатории вычислительной биомедицины и молекулярной диагностики Центрального университета.

«Биология в России: люди и открытия» — это спецпроект, который рассказывает об успешных биологах, работающих в нашей стране. На этот раз мы отправляемся в Институт проблем экологии и эволюции имени А. Н. Северцова РАН, расположенный прямо напротив Нескучного сада в Москве. Там нас ждет беседа с доктором биологических наук Алексеем Тиуновым, который заведует лабораторией почвенной зоологии и общей энтомологии. Вместе с ним мы постараемся выяснить, каково это — быть почвенным зоологом, и ответы на какие вопросы ищет экология сегодня.

Сегодня молекулярную динамику можно запускать на обычной рабочей станции — и это кажется само собой разумеющимся. Но еще сорок лет назад смоделировать один белок (даже пептид!) было выдающимся техническим достижением, доступным считанным лабораториям с доступом к машинам размером с комнату. В продолжении спецпроекта о Молекулярной динамике рассказываем, как она (МД) прошла этот путь: от специализированных силовых полей и параллельных суперкомпьютеров до графических процессоров, сделавших микросекундные расчеты рутиной. А искусственный интеллект — это конец этой истории или начало новой?