Hoshí Paráfron 0,0

Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: В 1990-х казалось, что аптамеры вот-вот вытеснят антитела. Спустя десятилетия — всего несколько препаратов, а в обзорах все чаще звучит: «высокий потенциал, но мало реализован». В этой статье мы разбираемся, что дело может быть не в самих аптамерах, а в способе их поиска — методе SELEX, который на практике напоминает лотерею. На фоне успехов AlphaFold мы объясняем, почему прямой перенос этого подхода на аптамеры не работает, и как вместо случайного отбора перейти к рациональному дизайну. Наконец, мы рассказываем, как платформа Xelari заменяет месяцы лабораторного перебора полным компьютерным проектированием аптамеров и почему у этих почти забытых молекул снова появился шанс.

Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Белки — это молекулярные машины, отточенные эволюцией на протяжении сотен миллионов и даже миллиардов лет. Мы пока не способны воспроизвести этот длинный путь естественной эволюции, но уже активно учимся направлено конструировать белки под конкретные задачи. И помогают нам в этом большие массивы данных и искусственный интеллект (ИИ). Сначала он научился предсказывать трехмерную структуру природных белков, а теперь на очереди — дизайн: создание новых функций и уверенная оптимизация уже существующих. В статье разбираем, как генеративные модели придумывают форму будущего белка, подбирают к ней аминокислотную последовательность и как вместе с лабораторными экспериментами проверяется, что такой белок действительно работает.

Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Науку и бизнес часто разводят по разным берегам: прикладные исследования есть, но прямой маршрут от открытия к инвестициям редок. Есть ли исключения? Можно ли превратить научное исследование в бизнес? Истории таких компаний, как Constructive.Bio, перепрограммировавшей геном прокариот; Colossal Biosciences, работающей над воссозданием видов; и ISMO Bio-Photonics, смоделировавшей легкие на микрочипе, показывают, что можно. О том, на основе каких идей удалось построить эти стартапы и на какие научные концепции они опирались, читайте в этой статье.

Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Если бы незадачливый путешественник во времени случайно убил асгардархей, на базе которых сформировались эукариоты, то каким был бы наш мир? Был бы он обречен оставаться скучным и лишенным сложных многоклеточных форм? Не совсем. Гигантские серные бактерии имели бы шанс развиться в клетки со сложной структурой, напоминающие эукариот, и в сложные многоклеточные организмы. В этой заметке в жанре альтернативной эволюции я использую генеративный искусственный интеллект, чтобы представить, как выглядел бы этот мир — и показать эволюционный потенциал обитателей сероводородных озер.

Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Диатомовые водоросли — самые распространенные одноклеточные водоросли морей. Одной из причин этого является их высокая аллелопатическая активность, если сказать простыми словами, влияние растений на другие организмы с помощью выделяемых веществ. Прочитав данную статью, читатель узнает об изученной в лабораторных опытах аллелопатии у представителей диатомовых водорослей друг на друга и на представителей других отделов. И о том, какими именно веществами действуют диатомовые друг на друга и другие микроводоросли. А также о способах проведения экспериментов в исследованиях данного вопроса.

Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Глубоко в почве, среди крупинок песка и частиц гумуса, живет крошечное существо размером 0,2–0,5 мм — коллембола Megalothorax. Коллемболы населяют нашу планету практически повсеместно: их можно найти во льдах, в горах, в лесах и полях, в человеческих постройках, гротах, цветочных горшках... Но многие даже не подозревают, что за удивительные существа живут у них под носом. Чтобы увидеть движущуюся точку, достаточно острого зрения, однако, приблизив объект под микроскопом, можно разглядеть множество особенностей, делающих коллембол непохожими друг на друга. На теле этих созданий есть волоски, составляющие подробную карту, — по расположению нескольких волосков исследователь с уверенностью заявляет, какой перед нами вид. На голове некоторых коллембол также присутствует «нос», происхождение которого представляет сложную загадку, над которой работают современные коллембологи. В статье мы заглянем в мир этих невидимок, рассмотрим их уникальные «документы» — волоски-сенсиллы (и кое-что еще) и попробуем разгадать загадку их необычного «носа».

Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Вы когда-нибудь гадали, глядя на бактерию, что там у нее в геноме? Что, если среди множества генов где-то уже записана подсказка к спасению целого вида — и даже экосистемы? Дело SM254 начинается не в лаборатории, а в глубинах шахты, где медь и тьма закалили микроб, способный выживать в экстремальных условиях и, возможно, противостоять возбудителю синдрома белого носа у летучих мышей — грибку, вызвавшему массовую гибель рукокрылых и серьезные экологические последствия. Это рассказ о расследовании, которое пока не дает однозначных ответов, но открывает направление — туда, где микробы могут стать союзниками в восстановлении хрупкого баланса жизни.