-
Не успев пережить триумф нейросетей (в лице AlphaFold) в предсказании строения белков, структурная биоинформатика взялась за обратную задачу: подбор последовательности для заданной трехмерной укладки. Но решение этой проблемы пока сдерживается фундаментальными ограничениями, присущими и самой программе AlphaFold. В этой колонке я постараюсь объяснить, почему нейросети в структурной биоинформатике не стоит считать панацеей.
-
Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Депрессию часто называют болезнью 21 века, спрос на антидепрессанты постоянно растет. Однако современные препараты далеко не всегда справляются со своей задачей, в связи с чем увеличивается потребность в разработке новых методов и стратегий лечения депрессии. Одно из перспективных исследований в этой области связано с лактатом — молекулой, выделяемой организмом во время занятий спортом.
-
Пожалуй, самым распространенным «мокрым» методом в биологии является выделение нуклеиновых кислот. Именно от этого первого шага нередко зависит и результат многостадийного эксперимента — скажем, секвенирования важнейшего генома. Сколь разнообразны представители жизни на планете, столь же обширны и подходы к извлечению ДНК и РНК из клеток. Об этом — новая статья цикла «Ультрасовременные методы».
-
Современные работы о появлении в ДНК короткоживущих неканонических пар нуклеотидов оценивают их время жизни в 0,1–10 мс. Эти пары могут быть представлены в том числе редкими таутомерами. Недавня теоретическая статья Джима Аль-Халили и соавторов утверждает, что любые таутомеры в ДНК должны неправдоподобно быстро разваливаться, а протон водородной связи должен постоянно туннелировать между комплементарными нуклеотидами. Потребность опровергнуть английских ученых заставила меня написать продолжение нашей прошлогодней публикации. Чтобы было не скучно читать, я постарался написать о роли квантовой физики и роли физиков в понимании таутомерных свойств ДНК и РНК.
-
Сванте Паабо — шведский ученый и «крестный отец» палеогеномики — направления молекулярной антропологии, связанного с исследованием древней ДНК. Команда исследователей под его руководством расшифровала геном неандертальца и открыла новую группу гоминид — денисовцев, — а в октябре 2022 года Паабо получил Нобелевскую премию по физиологии или медицине «за открытия, касающиеся геномов вымерших гоминид и эволюции человека».
-
Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Как связана потеря Y-хромосомы с заболеваниями сердечно-сосудистой системы? Ученые из Национальных институтов здравоохранения провели исследование, в ходе которого удалили Y-хромосому из клеток красного костного мозга у мышей и выявили изменения в тканях сердца. А при изучении данного явления у человека было обнаружено, что мужчины, в большом количестве клеток которых отсутствовала Y-хромосома, имели повышенный риск сердечно-сосудистых заболеваний.
-
Это — третий выпуск рубрики, посвященной научным обзорам по биологии, медицине и наукам о Земле (предыдущий выпуск читайте по ссылке). Наступают последние деньки августа, а это значит: пришло время рассказать о том, что было полезного и интересного в летних обзорах журналов серии Nature Reviews. Мы собрали и рассказали о статьях на биологические, медицинские, экологические, географические темы. Приятного чтения!
-
Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) изменил биологию и медицину 80-х годов XX века, позволив быстро и точно диагностировать наследственные заболевания и инфекции, определять патогенов и свободно манипулировать генами. Интереснейшая его модификация — цифровая ПЦР — быстро завоевывает пространство лабораторной диагностики XXI века, когда требуется абсолютное количественное определение ДНК. В каком случае это нужно и каким образом может быть реализовано на современном оборудовании — читайте в нашей статье спецпроекта «Ультрасовременные методы».
