-
Статья на конкурс «био/мол/текст»: В октябре 2016 года группа российских биоинформатиков выиграла этап престижных научных соревнований ENCODE-DREAM, приуроченный к семинару по применению методов анализа данных и машинного обучения в биологии, проходящему в рамках международной конференции ISCB-RECOMB по регуляторной и системной геномике. Предложенный российской командой алгоритм для предсказания мест связывания белков, регулирующих экспрессию генов, был признан лучшим. Однако история победы биоинформатической команды под руководством Ивана Кулаковского — это больше, чем просто «история успеха» (хотя и это дорогого стоит); эта история о том, как на наших глазах формируется и начинает работать принципиально новая модель организации науки.
-
2967Статья на конкурс «био/мол/текст»: Сто лет назад Гилберт Н. Льюис рисовал химические формулы с точками, обозначающими электроны, а Нильс Бор формулировал постулаты квантовой теории и объяснял строение атома. Эта статья о том, как эволюционировали представления ученых о химической связи, как эти представления помогли увидеть структуру молекул, а знания о молекулярной структуре помогли развитию теории, и как ученые пришли к искусству моделирования живых белков в действии.
-
Статья на конкурс «био/мол/текст»: Белки — главные биологические молекулы. Они выполняют множество разнообразных функций: каталитическую, структурную, транспортную, рецепторную и многие другие. Даже всем известная ДНК играет лишь роль «флешки», храня информацию о белках, в то время как белки — сами «файлы». Жизнь на Земле по праву можно назвать белковой. Но так ли много мы знаем о структуре и функционировании этих веществ? До сих пор тайной остается фолдинг белка — процесс пространственной упаковки белковой молекулы, принятия белком строго определенной формы, в которой он выполняет свои функции.
-
Как миллиарды нейронов мозга связаны между собой, а нервная активность формирует мысли? В конце 2015 года ученые приблизились к ответу на эти вопросы. В проекте Blue Brain была создана детальная реконструкция небольшого участка моторной коры — 31 тысяча нейронов, связанных друг с другом восьмью миллионами связей. Активность нейронной сети смоделировали на суперкомпьютере. Это позволило ученым проверить важнейшие принципы работы мозга многих млекопитающих, в том числе человека.
-
2098Ученые из лаборатории профессора Филиппа Хайтовича в Исследовательском центре по биотехнологиям и биомедицине Сколтеха работают с большими массивами данных, полученных на секвенаторах и масс-спектрометрах в партнерских лабораториях из разных уголков земного шара. Все это делается для того, чтобы раскрыть тайны эволюции и работы головного мозга человека и животных, а также решить множество других научных и практических задач.
-
Институт биоинформатики существует в Петербурге с 2013 года. За несколько лет малоизвестные курсы по биоинформатике, открытые в 2010 на базе Академического университета РАН, превратились в годовую программу, на которой студентов (биологов и информатиков) учат видеть и решать серьезные биоинформатические проблемы. Миссия института — популяризовать биоинформатику и создать сообщество ученых, способных развивать это направление в России. Здесь мы расскажем, как устроен Институт биоинформатики, как в нём «делают» биоинформатиков, какие проблемы в целом стоят перед этой наукой и почему ее важно (и круто) изучать.
-
Комикс на конкурс «био/мол/текст»: Современная наука перестала быть уделом мечтателей и любителей; решения для некоторых задач ищут в течение десятилетий целыми научными коллективами. Чем больше мы знаем о мире, тем сложнее становятся модели, тем тяжелее обнаружить новые факты «невооруженным глазом».
-
Если сотрудник лаборатории клеточного гемостаза и тромбоза ФНКЦ ДГОИ в разговоре замечает: «Жизнь сложна», то это не обязательно значит, что ему тяжело живется (хотя ученому в России сейчас (да и всегда) действительно приходится непросто). Смысл внутрилабораторной шутки двойной: специальностью команды, ее путеводной звездой и идеологической базой является исследование динамики сложных биологических систем, закономерностей их устройства и регуляции, методов исследования и методов воздействия на них. Гематология, тромбоциты, гемостаз и тромбоз для нее составляют только главную область применения этого подхода. Правда, очень важную область.
-
Математика помогает находить неуловимые прямым наблюдением механизмы и объяснять сложные, многофакторные процессы. В работе, недавно опубликованной в Nature, с помощью математики была изучена продолжительность клеточного цикла у разных поколений клеток. В результате появилась модель, помогающая прогнозировать скорость клеточного деления, и был установлен один из «агентов влияния» — циркадный ритм.
-
Многие знают, что океан загрязняется пластиковыми отходами, но непонятно, какая это часть от всего объема производимого в мире пластика. Из 275 млн тонн произведенного в 2010 году пластика от 5 до 13 млн тонн попало в океан (1,8–4,7%). Опасность пластика заключается в том, что он со временем разрушается на мелкие частички, которые могут поглощаться морскими беспозвоночными. А тут, в пищевой цепи, и до нас недалеко. В начале 2015 года «многопрофильный» коллектив исследователей разработал математическую модель, прогнозирующую наше будущее к 2025 году, и дал рекомендации «чистого» развития.
